Merge pull request #473 in SNORT/snort3 from ~JOCORNET/snort3:prevent_profiler_reentrance to master

Squashed commit of the following:

commit 82c885365cb68fb0ca4fc920176d790c55f4ef35
Author: Joel Cornett <joel.cornett@gmail.com>
Date:   Mon May 9 17:25:07 2016 -0400

    fixed formatting

commit f25f307aca52a7d48f27ef03740cb68e766fc746
Author: Joel Cornett <joel.cornett@gmail.com>
Date:   Mon May 9 16:09:04 2016 -0400

    removed unused test case

commit a86c9f19a7193375e9b029154db9e0d69d840f3b
Author: Joel Cornett <joel.cornett@gmail.com>
Date:   Mon May 9 16:06:49 2016 -0400

    added refcount to profiler context to prevent reentrance

Merge pull request #472 in SNORT/snort3 from filecapture to master

* commit '3aaa5bdc3510b65c79cdb9d6439d557d9b653be7':
  update Cmake file
  Fix the link error in automake
  Add file_module file
  move file module to file api

update Cmake file

Merge pull request #470 in SNORT/snort3 from ~JOCORNET/snort3:options_cleanup to master

* commit '014667c540e52c2d0e1e5e6ebda2978f090fa01f':
  updated extra CMakeLists.txt from template
  moved daq build foo to top level
  removed unused macros & cleaned up
  removed ENABLE_SIDE_CHANNEL
  added large pcap options to config.cmake.h.in
  more updates
  cleanup cmake options

Merge branch 'master' of https://bitbucket-eng-rtp1.cisco.com/bitbucket/scm/snort/snort3.git into capture

Merge pull request #474 in SNORT/snort3 from ~JOCORNET/snort3:piglet_mode_leak_fix to master

* commit 'f2f6e6666e1badb896b41f769a81ec46f668c7b8':
  fixed leak due to early exit in piglet mode

fixed leak due to early exit in piglet mode

Fix the link error in automake

Add file_module file

updated extra CMakeLists.txt from template

moved daq build foo to top level

move file module to file api

removed unused macros & cleaned up

removed ENABLE_SIDE_CHANNEL

added large pcap options to config.cmake.h.in

more updates

cleanup cmake options

Merge pull request #469 in SNORT/snort3 from host_memleak2 to master

* commit '768507c544e86d0a2db71c0050be2ebcd0763b55':
  Fixed nits.
  Work around invalid memory leak report. Fix compiler warnings.

Fixed nits.

Work around invalid memory leak report. Fix compiler warnings.

Merge pull request #468 in SNORT/snort3 from nhttp44 to master

* commit 'aa149d6a15b65c554af363cbb8a1934117c3c816':
  NHI Double Decode

NHI Double Decode

Merge pull request #467 in SNORT/snort3 from capture_unit to master

* commit '1932dcce6e63ea6ee71ac11197c99529b3b8ae83':
  fixed unit test dropping files

fixed unit test dropping files

build 197

Squashed commit of the following:

commit 517940ed41c816656adfeff2d2a48dcc3e777822
Author: Russ Combs <rucombs@cisco.com>
Date:   Sat Apr 30 07:44:47 2016 -0400

    fix autotools build of extras
    fix cmake build of extras
    fix cmake visibility of flow and log libs
    fix nhi unit test stubs
    remove useless dev_notes.txt from utils/test/

build 196

Merge pull request #465 in SNORT/snort3 from crc/cmake to master

* commit 'c652a633a0eaf41c0cb4bbf15dbc757560064fa3':
  fix cmake c std and packaging

fix cmake c std and packaging

Merge pull request #459 in SNORT/snort3 from ha-sc to master

* commit '8dc406a905d94ce9093e98f300eae2e35862cb42':
  Missed two THREAD_LOCAL attributes on object pointers.
  Fixed errors in handling of connector configuration.  Previously the module created a static configuration list and then handed off a copy of this to side_channel.  This had some errors and was confusing.  Moved to a totally dynamically allocated config_set.  The module creates a vector of pointers and then hands this over to the side_channel.  No copying.  And no memory leaks.

Missed two THREAD_LOCAL attributes on object pointers.

Merge pull request #464 in SNORT/snort3 from ~JOCORNET/snort3:fix_extras_build to master

* commit 'dd2b42f8bfb84ce15e9cef007cfefd69dc8fccce':
  removing BUILDING_SO ifdefs and get daqs to build as -std=gnu99 -module

removing BUILDING_SO ifdefs and get daqs to build as -std=gnu99 -module

Merge pull request #463 in SNORT/snort3 from crc/scan to master

* commit 'd66e6a7d95dadc611aec2317767a728c8bd67d11':
  fix static analysis issues

fix static analysis issues

Merge pull request #462 in SNORT/snort3 from delete_alt_data to master

* commit 'ff20305fd19fc0797264f745fdb8d36ed352114f':
  Delete unused THREAD_LOCAL g_alt_data

Delete unused THREAD_LOCAL g_alt_data

Merge pull request #435 in SNORT/snort3 from ~JOCORNET/snort3:refactor_extras to master

* commit '783a2f028723b9a7b5f5c58f35d1d50e5c922adc':
  fixed merge conflicts
  fix merge conflicts in extra
  rename examples -> src
  rename examples -> src
  re-added extra/COPYING
  updated snort email address in configure.ac
  updated LICENSE + README
  merged in changes
  fixed make distcheck, cmake & make install
  imported refactored extras
  rebased from master

Fixed errors in handling of connector configuration.  Previously the module created a static configuration list and then handed off a copy of this to side_channel.  This had some errors and was confusing.  Moved to a totally dynamically allocated config_set.  The module creates a vector of pointers and then hands this over to the side_channel.  No copying.  And no memory leaks.

fixed merge conflicts

fix merge conflicts in extra

rename examples -> src

rename examples -> src

re-added extra/COPYING

updated snort email address in configure.ac

updated LICENSE + README

merged in changes

fixed make distcheck, cmake & make install

imported refactored extras

rebased from master

Merge pull request #458 in SNORT/snort3 from protocol_warnings to master

* commit '94de721b0862e68517deb01d52b899586c1c36ad':
  Fixed warnings due to protocol update.

Fixed warnings due to protocol update.

Merge pull request #456 in SNORT/snort3 from protocol1 to master

* commit 'eed6be9d525c7aa3a2d4f262e0b52241a5f476d9':
  Updated protocol types in extra sub-dir.
  Updates based on review.  Updated dev_notes.txt.
  Fix some bugs found during testing and uncrustify.
  Removed perf_flow.h which had been removed from master.
  ProtocolId and IpProtocol updates.
  Add IpProtocol and ProtocolId enums.

Merge pull request #457 in SNORT/snort3 from cap_build2 to master

* commit '3531ba4d015229c8dc404d762d0b8b75bdade775':
  fixed crossed static / dynamic inclusion for packet capture

fixed crossed static / dynamic inclusion for packet capture

Merge pull request #454 in SNORT/snort3 from stream_tcp_state_handling to master

* commit '12a43bb4e01c86831bcba4fefc4a33ea73e14662':
  fix copyright, uncrustify, alpha order file lists in Makefile.am
  make state machine allocation thread safe
  more changes to support tcp sm as flyweight/singleton, delete redundant typecasts of tracker objects

fix copyright, uncrustify, alpha order file lists in Makefile.am

Updated protocol types in extra sub-dir.

Merge pull request #455 in SNORT/snort3 from ~JOCORNET/snort3:fix_error_message_for_memcap to master

* commit 'de01fb42408cd1b92ae6c2bb585d469b58b32764':
  foo

foo

Merge pull request #453 in SNORT/snort3 from ~JOCORNET/snort3:fix_daqs_cmake_build to master

* commit 'c67f769d947b7201aa7d77044095f92eeec63e0c':
  build daq modules as .so (instead of .dylib)

build daq modules as .so (instead of .dylib)

make state machine allocation thread safe

more changes to support tcp sm as flyweight/singleton, delete redundant typecasts of tracker objects

use packet helper functions to determine packet direction (client or server)

Merge pull request #448 in SNORT/snort3 from dce_smb to master

* commit 'd0526e8cc127e06790ccd2e8151ca29a6356568c':
  Code review comments
  Fix build warning
  Port of dce request tracking infrastructure, SmbInspect function

Merge pull request #452 in SNORT/snort3 from stream_tcp_cleanup_tweak to master

* commit '76bd441402ad3a9c2e867fd281c980bdfd5d2fa1':
  flush queued segments first when cleaning up a session

flush queued segments first when cleaning up a session

Merge pull request #451 in SNORT/snort3 from stream_tcp_cleanup_fix to master

* commit '11085f3ece10fc5beac307a01991099564bc7e38':
  delete splitter on session restart, origanize cleanup sequence a little more logical
  simplify session cleanup/restart handling on timeout/reset/prune, rename paremeters to following coding standard, fix out of order tcp stat

delete splitter on session restart, origanize cleanup sequence a little more logical

fix packet_capture module ctor

build 195; fix packet_capture build

Merge pull request #450 in SNORT/snort3 from cap_build to master

* commit 'd70dd309fe7910be005401525cd7ad61604b1412':
  fixed broken build

simplify session cleanup/restart handling on timeout/reset/prune, rename paremeters to following coding standard, fix out of order tcp stat

fixed broken build

Merge pull request #445 in SNORT/snort3 from session_capture to master

* commit '76d3a46109a09326dc8e66d3fa66863f97e4287c':
  fixed lua default in packet capture
  added lua config option to start capture at startup
  added early bail to failed capture init. minor refactoring.
  removed old declarations
  stubbed pcap file handling. updated error handling in capture_init.
  fixed copyrights. removed useless code.
  fixed sigabrt. fixed command naming.
  fixed header guard. moved commands to CaptureModule. added option to build dynamically.
  added peg counts
  fixed output formatting for shell command
  fixed compiler warning
  added console interface for packet capture
  completed PacketCapture code with exception of shell interface
  bpf filter added.
  added bpf code. still need to fix segfault.
  added bpf code. still need to fix segfault.
  added bpf code. still need to fix segfault.
  packet capture works internally. no external interface. bpf under dev

fixed lua default in packet capture

Merge pull request #449 in SNORT/snort3 from ha-sc to master

* commit '043ff988caed8f785a000401c5ccd45b3f2e17e7':
  Fix two memory leaks, a few build warnings, and removed a remnant #include.

Fix two memory leaks, a few build warnings, and removed a remnant #include.

added lua config option to start capture at startup

added early bail to failed capture init. minor refactoring.

removed old declarations

Code review comments

stubbed pcap file handling. updated error handling in capture_init.

fixed copyrights. removed useless code.

Merge pull request #420 in SNORT/snort3 from ha-sc to master

* commit 'f805a510ec3a17a14f632c5af0004bbcfc078516':
  Forgot one fix..
  Code review fixes.
  Additional code review patches.
  Merge and review fixes.
  Code review fixes.
  Remove ha.h as an include in flow.h as it caused a build error for 'extra'
  Update CMake scripts and dev_notes.
  HA-SC effort.
  Interim ha commit
  Initial UDP HA.
  Review comment fixes.
  Fix some HA-SC memory leaks.
  Remove ha.h as an include in flow.h as it caused a build error for 'extra'
  Update CMake scripts and dev_notes.
  HA-SC effort.
  Interim ha commit
  Initial UDP HA.

Merge pull request #447 in SNORT/snort3 from unit_test to master

* commit 'de27ee8dd80f9dadd933bf2236a3f007c029cfa3':
  NHI unit testing

Forgot one fix..

Code review fixes.

Fix build warning

fixed sigabrt. fixed command naming.

fixed header guard. moved commands to CaptureModule. added option to build dynamically.

Port of dce request tracking infrastructure, SmbInspect function

Merge pull request #446 in SNORT/snort3 from ~JOCORNET/snort3:memory_absolute_cap to master

* commit '3de1963ba5dd2af590f8ec7546671a142aa81475':
  changed memory to use absolute instead of relative cap

added peg counts

changed memory to use absolute instead of relative cap

fixed output formatting for shell command

NHI unit testing

fixed compiler warning

added console interface for packet capture

completed PacketCapture code with exception of shell interface