]> git.ipfire.org Git - thirdparty/zstd.git/commitdiff
removed LRM exploratory experiment
authorYann Collet <cyan@fb.com>
Thu, 15 Mar 2018 23:26:08 +0000 (16:26 -0700)
committerYann Collet <cyan@fb.com>
Thu, 15 Mar 2018 23:26:08 +0000 (16:26 -0700)
contrib/long_distance_matching/Makefile [deleted file]
contrib/long_distance_matching/README.md [deleted file]
contrib/long_distance_matching/ldm.c [deleted file]
contrib/long_distance_matching/ldm.h [deleted file]
contrib/long_distance_matching/ldm_common.c [deleted file]
contrib/long_distance_matching/ldm_params.h [deleted file]
contrib/long_distance_matching/main.c [deleted file]

diff --git a/contrib/long_distance_matching/Makefile b/contrib/long_distance_matching/Makefile
deleted file mode 100644 (file)
index 6ed1fab..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,36 +0,0 @@
-# ################################################################
-# Copyright (c) 2017-present, Facebook, Inc.
-# All rights reserved.
-#
-# This source code is licensed under both the BSD-style license (found in the
-# LICENSE file in the root directory of this source tree) and the GPLv2 (found
-# in the COPYING file in the root directory of this source tree).
-# ################################################################
-
-# This Makefile presumes libzstd is installed, using `sudo make install`
-
-CPPFLAGS+= -I../../lib/common
-CFLAGS  ?= -O3
-DEBUGFLAGS = -Wall -Wextra -Wcast-qual -Wcast-align -Wshadow \
-            -Wstrict-aliasing=1 -Wswitch-enum -Wdeclaration-after-statement \
-            -Wstrict-prototypes -Wundef -Wpointer-arith -Wformat-security \
-            -Wvla -Wformat=2 -Winit-self -Wfloat-equal -Wwrite-strings \
-            -Wredundant-decls
-CFLAGS  += $(DEBUGFLAGS) $(MOREFLAGS)
-FLAGS    = $(CPPFLAGS) $(CFLAGS)
-
-LDFLAGS += -lzstd
-
-.PHONY: default all clean
-
-default: all
-
-all: ldm
-
-ldm: ldm_common.c ldm.c main.c
-       $(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) $^ $(LDFLAGS) -o $@
-
-clean:
-       @rm -f core *.o tmp* result* *.ldm *.ldm.dec \
-       ldm
-       @echo Cleaning completed
diff --git a/contrib/long_distance_matching/README.md b/contrib/long_distance_matching/README.md
deleted file mode 100644 (file)
index 771a6c3..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,102 +0,0 @@
-This is a compression algorithm focused on finding long distance matches.
-
-It is based upon lz4 and uses nearly the same block format (github.com/lz4/lz4/blob/dev/doc/lz4_Block_format.md). The number of bytes to encode the offset is four instead of two in lz4 to reflect the longer distance matching. The block format is described in `ldm.h`.
-
-### Build
-
-Run `make`.
-
-### Compressing a file
-
-`ldm <filename>`
-
-Decompression and verification can be enabled by defining `DECOMPRESS_AND_VERIFY` in `main.c`.
-The output file names are as follows:
-- `<filename>.ldm` : compressed file
-- `<filename>.ldm.dec` : decompressed file
-
-### Parameters
-
-There are various parameters that can be tuned. These parameters can be tuned in `ldm.h` or, alternatively if `ldm_params.h` is included, in `ldm_params.h` (for easier configuration).
-
-The parameters are as follows and must all be defined:
-- `LDM_MEMORY_USAGE` : the memory usage of the underlying hash table in bytes.
-- `HASH_BUCKET_SIZE_LOG` : the log size of each bucket in the hash table (used in collision resolution).
-- `LDM_LAG` : the lag (in bytes) in inserting entries into the hash table.
-- `LDM_WINDOW_SIZE_LOG` : the log maximum window size when searching for matches.
-- `LDM_MIN_MATCH_LENGTH` : the minimum match length.
-- `INSERT_BY_TAG` : insert entries into the hash table as a function of the hash. This increases speed by reducing the number of hash table lookups and match comparisons. Certain hashes will never be inserted.
-- `USE_CHECKSUM`  : store a checksum with the hash table entries for faster comparison. This halves the number of entries the hash table can contain.
-
-The optional parameter `HASH_ONLY_EVERY_LOG` is the log inverse frequency of insertion into the hash table. That is, an entry is inserted approximately every `1 << HASH_ONLY_EVERY_LOG` times. If this parameter is not defined, the value is computed as a function of the window size and memory usage to approximate an even coverage of the window.
-
-
-### Benchmark
-
-Below is a comparison of various compression methods on a tar of four versions of llvm (versions `3.9.0`, `3.9.1`, `4.0.0`, `4.0.1`) with a total size of `727900160` B.
-
-| Method | Size | Ratio |
-|:---|---:|---:|
-|lrzip -p 32 -n -w 1 | `369968714` | `1.97`|
-|ldm | `209391361` | `3.48`|
-|lz4 | `189954338` | `3.83`|
-|lrzip -p 32 -l -w 1 | `163940343` | `4.44`|
-|zstd -1 | `126080293` | `5.77`|
-|lrzip -p 32 -n | `124821009` | `5.83`|
-|lrzip -p 32 -n -w 1 & zstd -1 | `120317909` | `6.05`|
-|zstd -3 -o | `115290952` | `6.31`|
-|lrzip -p 32 -g -L 9 -w 1 | `107168979` | `6.79`|
-|zstd -6 -o | `102772098` | `7.08`|
-|zstd -T16 -9 | `98040470` | `7.42`|
-|lrzip -p 32 -n -w 1 & zstd -T32 -19 | `88050289` | `8.27`|
-|zstd -T32 -19 | `83626098` | `8.70`|
-|lrzip -p 32 -n & zstd -1 | `36335117` | `20.03`|
-|ldm & zstd -6 | `32856232` | `22.15`|
-|lrzip -p 32 -g -L 9 | `32243594` | `22.58`|
-|lrzip -p 32 -n & zstd -6 | `30954572` | `23.52`|
-|lrzip -p 32 -n & zstd -T32 -19 | `26472064` | `27.50`|
-
-The method marked `ldm` was run with the following parameters:
-
-| Parameter | Value |
-|:---|---:|
-| `LDM_MEMORY_USAGE`    |   `23`|
-|`HASH_BUCKET_SIZE_LOG` |    `3`|
-|`LDM_LAG`              |    `0`|
-|`LDM_WINDOW_SIZE_LOG`  |   `28`|
-|`LDM_MIN_MATCH_LENGTH`|   `64`|
-|`INSERT_BY_TAG`        |    `1`|
-|`USE_CHECKSUM`         |    `1`|
-
-The compression speed was `220.5 MB/s`.
-
-### Parameter selection
-
-Below is a brief discussion of the effects of the parameters on the speed and compression ratio.
-
-#### Speed
-
-A large bottleneck in terms of speed is finding the matches and comparing to see if they are greater than the minimum match length. Generally:
-- The fewer matches found (or the lower the percentage of the literals matched), the slower the algorithm will behave.
-- Increasing `HASH_ONLY_EVERY_LOG` results in fewer inserts and, if `INSERT_BY_TAG` is set, fewer lookups in the table. This has a large effect on speed, as well as compression ratio.
-- If `HASH_ONLY_EVERY_LOG` is not set, its value is calculated based on `LDM_WINDOW_SIZE_LOG` and `LDM_MEMORY_USAGE`. Increasing `LDM_WINDOW_SIZE_LOG` has the effect of increasing `HASH_ONLY_EVERY_LOG` and increasing `LDM_MEMORY_USAGE` decreases `HASH_ONLY_EVERY_LOG`.
-- `USE_CHECKSUM` generally improves speed with hash table lookups.
-
-#### Compression ratio
-
-The compression ratio is highly correlated with the coverage of matches. As a long distance matcher, the algorithm was designed to "optimize" for long distance matches outside the zstd compression window. The compression ratio after recompressing the output of the long-distance matcher with zstd was a more important signal in development than the raw compression ratio itself.
-
-Generally, increasing `LDM_MEMORY_USAGE` will improve the compression ratio. However when using the default computed value of `HASH_ONLY_EVERY_LOG`, this increases the frequency of insertion and lookup in the table and thus may result in a decrease in speed. 
-
-Below is a table showing the speed and compression ratio when compressing the llvm tar (as described above) using different settings for `LDM_MEMORY_USAGE`. The other parameters were the same as used in the benchmark above.
-
-| `LDM_MEMORY_USAGE` | Ratio | Speed (MB/s) | Ratio after zstd -6  |
-|---:| ---: | ---: | ---: |
-| `18` | `1.85` | `232.4` | `10.92` |
-| `21` | `2.79` | `233.9` | `15.92` |
-| `23` | `3.48` | `220.5` | `18.29` |
-| `25` | `4.56` | `140.8` | `19.21` |
-
-### Compression statistics
-
-Compression statistics (and the configuration) can be enabled/disabled via `COMPUTE_STATS` and `OUTPUT_CONFIGURATION` in `ldm.h`.
diff --git a/contrib/long_distance_matching/ldm.c b/contrib/long_distance_matching/ldm.c
deleted file mode 100644 (file)
index 37b188b..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,856 +0,0 @@
-#include <limits.h>
-#include <stdint.h>
-#include <stdio.h>
-#include <stdlib.h>
-#include <string.h>
-
-#include "ldm.h"
-
-#define LDM_HASHTABLESIZE (1 << (LDM_MEMORY_USAGE))
-#define LDM_HASHTABLESIZE_U32 ((LDM_HASHTABLESIZE) >> 2)
-#define LDM_HASHTABLESIZE_U64 ((LDM_HASHTABLESIZE) >> 3)
-
-#if USE_CHECKSUM
-  #define LDM_HASH_ENTRY_SIZE_LOG 3
-#else
-  #define LDM_HASH_ENTRY_SIZE_LOG 2
-#endif
-
-// Entries are inserted into the table HASH_ONLY_EVERY + 1 times "on average".
-#ifndef HASH_ONLY_EVERY_LOG
-  #define HASH_ONLY_EVERY_LOG (LDM_WINDOW_SIZE_LOG-((LDM_MEMORY_USAGE)-(LDM_HASH_ENTRY_SIZE_LOG)))
-#endif
-
-#define HASH_ONLY_EVERY ((1 << (HASH_ONLY_EVERY_LOG)) - 1)
-
-#define HASH_BUCKET_SIZE (1 << (HASH_BUCKET_SIZE_LOG))
-#define NUM_HASH_BUCKETS_LOG ((LDM_MEMORY_USAGE)-(LDM_HASH_ENTRY_SIZE_LOG)-(HASH_BUCKET_SIZE_LOG))
-
-#define HASH_CHAR_OFFSET 10
-
-// Take the first match in the hash bucket only.
-//#define ZSTD_SKIP
-
-static const U64 prime8bytes = 11400714785074694791ULL;
-
-// Type of the small hash used to index into the hash table.
-typedef U32 hash_t;
-
-#if USE_CHECKSUM
-typedef struct LDM_hashEntry {
-  U32 offset;
-  U32 checksum;
-} LDM_hashEntry;
-#else
-typedef struct LDM_hashEntry {
-  U32 offset;
-} LDM_hashEntry;
-#endif
-
-struct LDM_compressStats {
-  U32 windowSizeLog, hashTableSizeLog;
-  U32 numMatches;
-  U64 totalMatchLength;
-  U64 totalLiteralLength;
-  U64 totalOffset;
-
-  U32 matchLengthHistogram[32];
-
-  U32 minOffset, maxOffset;
-  U32 offsetHistogram[32];
-};
-
-typedef struct LDM_hashTable LDM_hashTable;
-
-struct LDM_CCtx {
-  size_t isize;             /* Input size */
-  size_t maxOSize;          /* Maximum output size */
-
-  const BYTE *ibase;        /* Base of input */
-  const BYTE *ip;           /* Current input position */
-  const BYTE *iend;         /* End of input */
-
-  // Maximum input position such that hashing at the position does not exceed
-  // end of input.
-  const BYTE *ihashLimit;
-
-  // Maximum input position such that finding a match of at least the minimum
-  // match length does not exceed end of input.
-  const BYTE *imatchLimit;
-
-  const BYTE *obase;        /* Base of output */
-  BYTE *op;                 /* Output */
-
-  const BYTE *anchor;       /* Anchor to start of current (match) block */
-
-  LDM_compressStats stats;            /* Compression statistics */
-
-  LDM_hashTable *hashTable;
-
-  const BYTE *lastPosHashed;          /* Last position hashed */
-  U64 lastHash;
-
-  const BYTE *nextIp;                 // TODO: this is redundant (ip + step)
-  const BYTE *nextPosHashed;
-  U64 nextHash;
-
-  unsigned step;                      // ip step, should be 1.
-
-  const BYTE *lagIp;
-  U64 lagHash;
-};
-
-struct LDM_hashTable {
-  U32 numBuckets;          // The number of buckets.
-  U32 numEntries;          // numBuckets * HASH_BUCKET_SIZE.
-
-  LDM_hashEntry *entries;
-  BYTE *bucketOffsets;     // A pointer (per bucket) to the next insert position.
-};
-
-static void HASH_destroyTable(LDM_hashTable *table) {
-  free(table->entries);
-  free(table->bucketOffsets);
-  free(table);
-}
-
-/**
- * Create a hash table that can contain size elements.
- * The number of buckets is determined by size >> HASH_BUCKET_SIZE_LOG.
- *
- * Returns NULL if table creation failed.
- */
-static LDM_hashTable *HASH_createTable(U32 size) {
-  LDM_hashTable *table = malloc(sizeof(LDM_hashTable));
-  if (!table) return NULL;
-
-  table->numBuckets = size >> HASH_BUCKET_SIZE_LOG;
-  table->numEntries = size;
-  table->entries = calloc(size, sizeof(LDM_hashEntry));
-  table->bucketOffsets = calloc(size >> HASH_BUCKET_SIZE_LOG, sizeof(BYTE));
-
-  if (!table->entries || !table->bucketOffsets) {
-    HASH_destroyTable(table);
-    return NULL;
-  }
-
-  return table;
-}
-
-static LDM_hashEntry *getBucket(const LDM_hashTable *table, const hash_t hash) {
-  return table->entries + (hash << HASH_BUCKET_SIZE_LOG);
-}
-
-static unsigned ZSTD_NbCommonBytes (size_t val) {
-  if (MEM_isLittleEndian()) {
-    if (MEM_64bits()) {
-#    if defined(_MSC_VER) && defined(_WIN64)
-      unsigned long r = 0;
-      _BitScanForward64( &r, (U64)val );
-      return (unsigned)(r>>3);
-#     elif defined(__GNUC__) && (__GNUC__ >= 3)
-      return (__builtin_ctzll((U64)val) >> 3);
-#     else
-      static const int DeBruijnBytePos[64] = { 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 2,
-                                               0, 3, 1, 3, 1, 4, 2, 7,
-                                               0, 2, 3, 6, 1, 5, 3, 5,
-                                               1, 3, 4, 4, 2, 5, 6, 7,
-                                               7, 0, 1, 2, 3, 3, 4, 6,
-                                               2, 6, 5, 5, 3, 4, 5, 6,
-                                               7, 1, 2, 4, 6, 4, 4, 5,
-                                               7, 2, 6, 5, 7, 6, 7, 7 };
-      return DeBruijnBytePos[
-          ((U64)((val & -(long long)val) * 0x0218A392CDABBD3FULL)) >> 58];
-#     endif
-  } else { /* 32 bits */
-#     if defined(_MSC_VER)
-      unsigned long r=0;
-      _BitScanForward( &r, (U32)val );
-      return (unsigned)(r>>3);
-#     elif defined(__GNUC__) && (__GNUC__ >= 3)
-      return (__builtin_ctz((U32)val) >> 3);
-#     else
-      static const int DeBruijnBytePos[32] = { 0, 0, 3, 0, 3, 1, 3, 0,
-                                               3, 2, 2, 1, 3, 2, 0, 1,
-                                               3, 3, 1, 2, 2, 2, 2, 0,
-                                               3, 1, 2, 0, 1, 0, 1, 1 };
-      return DeBruijnBytePos[
-          ((U32)((val & -(S32)val) * 0x077CB531U)) >> 27];
-#     endif
-    }
-  } else {  /* Big Endian CPU */
-    if (MEM_64bits()) {
-#     if defined(_MSC_VER) && defined(_WIN64)
-      unsigned long r = 0;
-      _BitScanReverse64( &r, val );
-      return (unsigned)(r>>3);
-#     elif defined(__GNUC__) && (__GNUC__ >= 3)
-      return (__builtin_clzll(val) >> 3);
-#     else
-      unsigned r;
-      /* calculate this way due to compiler complaining in 32-bits mode */
-      const unsigned n32 = sizeof(size_t)*4;
-      if (!(val>>n32)) { r=4; } else { r=0; val>>=n32; }
-      if (!(val>>16)) { r+=2; val>>=8; } else { val>>=24; }
-      r += (!val);
-      return r;
-#       endif
-    } else { /* 32 bits */
-#     if defined(_MSC_VER)
-      unsigned long r = 0;
-      _BitScanReverse( &r, (unsigned long)val );
-      return (unsigned)(r>>3);
-#     elif defined(__GNUC__) && (__GNUC__ >= 3)
-      return (__builtin_clz((U32)val) >> 3);
-#     else
-      unsigned r;
-      if (!(val>>16)) { r=2; val>>=8; } else { r=0; val>>=24; }
-      r += (!val);
-      return r;
-#     endif
-    }
-  }
-}
-
-// From lib/compress/zstd_compress.c
-static size_t ZSTD_count(const BYTE *pIn, const BYTE *pMatch,
-                         const BYTE *const pInLimit) {
-    const BYTE * const pStart = pIn;
-    const BYTE * const pInLoopLimit = pInLimit - (sizeof(size_t)-1);
-
-    while (pIn < pInLoopLimit) {
-        size_t const diff = MEM_readST(pMatch) ^ MEM_readST(pIn);
-        if (!diff) {
-          pIn += sizeof(size_t);
-          pMatch += sizeof(size_t);
-          continue;
-        }
-        pIn += ZSTD_NbCommonBytes(diff);
-        return (size_t)(pIn - pStart);
-    }
-
-    if (MEM_64bits()) {
-      if ((pIn < (pInLimit - 3)) && (MEM_read32(pMatch) == MEM_read32(pIn))) {
-        pIn += 4;
-        pMatch += 4;
-      }
-    }
-    if ((pIn < (pInLimit - 1)) && (MEM_read16(pMatch) == MEM_read16(pIn))) {
-      pIn += 2;
-      pMatch += 2;
-    }
-    if ((pIn < pInLimit) && (*pMatch == *pIn)) {
-      pIn++;
-    }
-    return (size_t)(pIn - pStart);
-}
-
-/**
- * Count number of bytes that match backwards before pIn and pMatch.
- *
- * We count only bytes where pMatch > pBase and pIn > pAnchor.
- */
-static size_t countBackwardsMatch(const BYTE *pIn, const BYTE *pAnchor,
-                                  const BYTE *pMatch, const BYTE *pBase) {
-  size_t matchLength = 0;
-  while (pIn > pAnchor && pMatch > pBase && pIn[-1] == pMatch[-1]) {
-    pIn--;
-    pMatch--;
-    matchLength++;
-  }
-  return matchLength;
-}
-
-/**
- * Returns a pointer to the entry in the hash table matching the hash and
- * checksum with the "longest match length" as defined below. The forward and
- * backward match lengths are written to *pForwardMatchLength and
- * *pBackwardMatchLength.
- *
- * The match length is defined based on cctx->ip and the entry's offset.
- * The forward match is computed from cctx->ip and entry->offset + cctx->ibase.
- * The backward match is computed backwards from cctx->ip and
- * cctx->ibase only if the forward match is longer than LDM_MIN_MATCH_LENGTH.
- */
-static LDM_hashEntry *HASH_getBestEntry(const LDM_CCtx *cctx,
-                                        const hash_t hash,
-                                        const U32 checksum,
-                                        U64 *pForwardMatchLength,
-                                        U64 *pBackwardMatchLength) {
-  LDM_hashTable *table = cctx->hashTable;
-  LDM_hashEntry *bucket = getBucket(table, hash);
-  LDM_hashEntry *cur;
-  LDM_hashEntry *bestEntry = NULL;
-  U64 bestMatchLength = 0;
-#if !(USE_CHECKSUM)
-  (void)checksum;
-#endif
-  for (cur = bucket; cur < bucket + HASH_BUCKET_SIZE; ++cur) {
-    const BYTE *pMatch = cur->offset + cctx->ibase;
-
-    // Check checksum for faster check.
-#if USE_CHECKSUM
-    if (cur->checksum == checksum &&
-        cctx->ip - pMatch <= LDM_WINDOW_SIZE) {
-#else
-    if (cctx->ip - pMatch <= LDM_WINDOW_SIZE) {
-#endif
-      U64 forwardMatchLength = ZSTD_count(cctx->ip, pMatch, cctx->iend);
-      U64 backwardMatchLength, totalMatchLength;
-
-      // Only take matches where the forward match length is large enough
-      // for speed.
-      if (forwardMatchLength < LDM_MIN_MATCH_LENGTH) {
-        continue;
-      }
-
-      backwardMatchLength =
-          countBackwardsMatch(cctx->ip, cctx->anchor,
-                              cur->offset + cctx->ibase,
-                              cctx->ibase);
-
-      totalMatchLength = forwardMatchLength + backwardMatchLength;
-
-      if (totalMatchLength >= bestMatchLength) {
-        bestMatchLength = totalMatchLength;
-        *pForwardMatchLength = forwardMatchLength;
-        *pBackwardMatchLength = backwardMatchLength;
-
-        bestEntry = cur;
-#ifdef ZSTD_SKIP
-        return cur;
-#endif
-      }
-    }
-  }
-  if (bestEntry != NULL) {
-    return bestEntry;
-  }
-  return NULL;
-}
-
-/**
- * Insert an entry into the hash table. The table uses a "circular buffer",
- * with the oldest entry overwritten.
- */
-static void HASH_insert(LDM_hashTable *table,
-                        const hash_t hash, const LDM_hashEntry entry) {
-  *(getBucket(table, hash) + table->bucketOffsets[hash]) = entry;
-  table->bucketOffsets[hash]++;
-  table->bucketOffsets[hash] &= HASH_BUCKET_SIZE - 1;
-}
-
-static void HASH_outputTableOccupancy(const LDM_hashTable *table) {
-  U32 ctr = 0;
-  LDM_hashEntry *cur = table->entries;
-  LDM_hashEntry *end = table->entries + (table->numBuckets * HASH_BUCKET_SIZE);
-  for (; cur < end; ++cur) {
-    if (cur->offset == 0) {
-      ctr++;
-    }
-  }
-
-  // The number of buckets is repeated as a check for now.
-  printf("Num buckets, bucket size: %d (2^%d), %d\n",
-         table->numBuckets, NUM_HASH_BUCKETS_LOG, HASH_BUCKET_SIZE);
-  printf("Hash table size, empty slots, %% empty: %u, %u, %.3f\n",
-         table->numEntries, ctr,
-         100.0 * (double)(ctr) / table->numEntries);
-}
-
-// TODO: This can be done more efficiently, for example by using builtin
-// functions (but it is not that important as it is only used for computing
-// stats).
-static int intLog2(U64 x) {
-  int ret = 0;
-  while (x >>= 1) {
-    ret++;
-  }
-  return ret;
-}
-
-void LDM_printCompressStats(const LDM_compressStats *stats) {
-  printf("=====================\n");
-  printf("Compression statistics\n");
-  printf("Window size, hash table size (bytes): 2^%u, 2^%u\n",
-          stats->windowSizeLog, stats->hashTableSizeLog);
-  printf("num matches, total match length, %% matched: %u, %llu, %.3f\n",
-          stats->numMatches,
-          stats->totalMatchLength,
-          100.0 * (double)stats->totalMatchLength /
-              (double)(stats->totalMatchLength + stats->totalLiteralLength));
-  printf("avg match length: %.1f\n", ((double)stats->totalMatchLength) /
-                                         (double)stats->numMatches);
-  printf("avg literal length, total literalLength: %.1f, %llu\n",
-         ((double)stats->totalLiteralLength) / (double)stats->numMatches,
-         stats->totalLiteralLength);
-  printf("avg offset length: %.1f\n",
-         ((double)stats->totalOffset) / (double)stats->numMatches);
-  printf("min offset, max offset: %u, %u\n",
-         stats->minOffset, stats->maxOffset);
-
-  printf("\n");
-  printf("offset histogram | match length histogram\n");
-  printf("offset/ML, num matches, %% of matches | num matches, %% of matches\n");
-
-  {
-    int i;
-    int logMaxOffset = intLog2(stats->maxOffset);
-    for (i = 0; i <= logMaxOffset; i++) {
-      printf("2^%*d: %10u    %6.3f%% |2^%*d:  %10u    %6.3f \n",
-             2, i,
-             stats->offsetHistogram[i],
-             100.0 * (double) stats->offsetHistogram[i] /
-                     (double) stats->numMatches,
-             2, i,
-             stats->matchLengthHistogram[i],
-             100.0 * (double) stats->matchLengthHistogram[i] /
-                     (double) stats->numMatches);
-    }
-  }
-  printf("\n");
-  printf("=====================\n");
-}
-
-/**
- * Return the upper (most significant) NUM_HASH_BUCKETS_LOG bits.
- */
-static hash_t getSmallHash(U64 hash) {
-  return hash >> (64 - NUM_HASH_BUCKETS_LOG);
-}
-
-/**
- * Return the 32 bits after the upper NUM_HASH_BUCKETS_LOG bits.
- */
-static U32 getChecksum(U64 hash) {
-  return (hash >> (64 - 32 - NUM_HASH_BUCKETS_LOG)) & 0xFFFFFFFF;
-}
-
-#if INSERT_BY_TAG
-static U32 lowerBitsFromHfHash(U64 hash) {
-  // The number of bits used so far is NUM_HASH_BUCKETS_LOG + 32.
-  // So there are 32 - NUM_HASH_BUCKETS_LOG bits left.
-  // Occasional hashing requires HASH_ONLY_EVERY_LOG bits.
-  // So if 32 - LDMHASHLOG < HASH_ONLY_EVERY_LOG, just return lower bits
-  // allowing for reuse of bits.
-  if (32 - NUM_HASH_BUCKETS_LOG < HASH_ONLY_EVERY_LOG) {
-    return hash & HASH_ONLY_EVERY;
-  } else {
-    // Otherwise shift by
-    // (32 - NUM_HASH_BUCKETS_LOG - HASH_ONLY_EVERY_LOG) bits first.
-    return (hash >> (32 - NUM_HASH_BUCKETS_LOG - HASH_ONLY_EVERY_LOG)) &
-           HASH_ONLY_EVERY;
-  }
-}
-#endif
-
-/**
- * Get a 64-bit hash using the first len bytes from buf.
- *
- * Giving bytes s = s_1, s_2, ... s_k, the hash is defined to be
- * H(s) = s_1*(a^(k-1)) + s_2*(a^(k-2)) + ... + s_k*(a^0)
- *
- * where the constant a is defined to be prime8bytes.
- *
- * The implementation adds an offset to each byte, so
- * H(s) = (s_1 + HASH_CHAR_OFFSET)*(a^(k-1)) + ...
- */
-static U64 getHash(const BYTE *buf, U32 len) {
-  U64 ret = 0;
-  U32 i;
-  for (i = 0; i < len; i++) {
-    ret *= prime8bytes;
-    ret += buf[i] + HASH_CHAR_OFFSET;
-  }
-  return ret;
-
-}
-
-static U64 ipow(U64 base, U64 exp) {
-  U64 ret = 1;
-  while (exp) {
-    if (exp & 1) {
-      ret *= base;
-    }
-    exp >>= 1;
-    base *= base;
-  }
-  return ret;
-}
-
-static U64 updateHash(U64 hash, U32 len,
-                      BYTE toRemove, BYTE toAdd) {
-  // TODO: this relies on compiler optimization.
-  // The exponential can be calculated explicitly as len is constant.
-  hash -= ((toRemove + HASH_CHAR_OFFSET) *
-          ipow(prime8bytes, len - 1));
-  hash *= prime8bytes;
-  hash += toAdd + HASH_CHAR_OFFSET;
-  return hash;
-}
-
-/**
- * Update cctx->nextHash and cctx->nextPosHashed
- * based on cctx->lastHash and cctx->lastPosHashed.
- *
- * This uses a rolling hash and requires that the last position hashed
- * corresponds to cctx->nextIp - step.
- */
-static void setNextHash(LDM_CCtx *cctx) {
-  cctx->nextHash = updateHash(
-      cctx->lastHash, LDM_HASH_LENGTH,
-      cctx->lastPosHashed[0],
-      cctx->lastPosHashed[LDM_HASH_LENGTH]);
-  cctx->nextPosHashed = cctx->nextIp;
-
-#if LDM_LAG
-  if (cctx->ip - cctx->ibase > LDM_LAG) {
-    cctx->lagHash = updateHash(
-      cctx->lagHash, LDM_HASH_LENGTH,
-      cctx->lagIp[0], cctx->lagIp[LDM_HASH_LENGTH]);
-    cctx->lagIp++;
-  }
-#endif
-}
-
-static void putHashOfCurrentPositionFromHash(LDM_CCtx *cctx, U64 hash) {
-  // Hash only every HASH_ONLY_EVERY times, based on cctx->ip.
-  // Note: this works only when cctx->step is 1.
-#if LDM_LAG
-  if (cctx -> lagIp - cctx->ibase > 0) {
-#if INSERT_BY_TAG
-    U32 hashEveryMask = lowerBitsFromHfHash(cctx->lagHash);
-    if (hashEveryMask == HASH_ONLY_EVERY) {
-#else
-    if (((cctx->ip - cctx->ibase) & HASH_ONLY_EVERY) == HASH_ONLY_EVERY) {
-#endif
-      U32 smallHash = getSmallHash(cctx->lagHash);
-
-#   if USE_CHECKSUM
-      U32 checksum = getChecksum(cctx->lagHash);
-      const LDM_hashEntry entry = { cctx->lagIp - cctx->ibase, checksum };
-#   else
-      const LDM_hashEntry entry = { cctx->lagIp - cctx->ibase };
-#   endif
-
-      HASH_insert(cctx->hashTable, smallHash, entry);
-    }
-  } else {
-#endif // LDM_LAG
-#if INSERT_BY_TAG
-    U32 hashEveryMask = lowerBitsFromHfHash(hash);
-    if (hashEveryMask == HASH_ONLY_EVERY) {
-#else
-    if (((cctx->ip - cctx->ibase) & HASH_ONLY_EVERY) == HASH_ONLY_EVERY) {
-#endif
-      U32 smallHash = getSmallHash(hash);
-
-#if USE_CHECKSUM
-      U32 checksum = getChecksum(hash);
-      const LDM_hashEntry entry = { cctx->ip - cctx->ibase, checksum };
-#else
-      const LDM_hashEntry entry = { cctx->ip - cctx->ibase };
-#endif
-      HASH_insert(cctx->hashTable, smallHash, entry);
-    }
-#if LDM_LAG
-  }
-#endif
-
-  cctx->lastPosHashed = cctx->ip;
-  cctx->lastHash = hash;
-}
-
-/**
- * Copy over the cctx->lastHash, and cctx->lastPosHashed
- * fields from the "next" fields.
- *
- * This requires that cctx->ip == cctx->nextPosHashed.
- */
-static void LDM_updateLastHashFromNextHash(LDM_CCtx *cctx) {
-  putHashOfCurrentPositionFromHash(cctx, cctx->nextHash);
-}
-
-/**
- * Insert hash of the current position into the hash table.
- */
-static void LDM_putHashOfCurrentPosition(LDM_CCtx *cctx) {
-  U64 hash = getHash(cctx->ip, LDM_HASH_LENGTH);
-
-  putHashOfCurrentPositionFromHash(cctx, hash);
-}
-
-size_t LDM_initializeCCtx(LDM_CCtx *cctx,
-                          const void *src, size_t srcSize,
-                          void *dst, size_t maxDstSize) {
-  cctx->isize = srcSize;
-  cctx->maxOSize = maxDstSize;
-
-  cctx->ibase = (const BYTE *)src;
-  cctx->ip = cctx->ibase;
-  cctx->iend = cctx->ibase + srcSize;
-
-  cctx->ihashLimit = cctx->iend - LDM_HASH_LENGTH;
-  cctx->imatchLimit = cctx->iend - LDM_MIN_MATCH_LENGTH;
-
-  cctx->obase = (BYTE *)dst;
-  cctx->op = (BYTE *)dst;
-
-  cctx->anchor = cctx->ibase;
-
-  memset(&(cctx->stats), 0, sizeof(cctx->stats));
-#if USE_CHECKSUM
-  cctx->hashTable = HASH_createTable(LDM_HASHTABLESIZE_U64);
-#else
-  cctx->hashTable = HASH_createTable(LDM_HASHTABLESIZE_U32);
-#endif
-
-  if (!cctx->hashTable) return 1;
-
-  cctx->stats.minOffset = UINT_MAX;
-  cctx->stats.windowSizeLog = LDM_WINDOW_SIZE_LOG;
-  cctx->stats.hashTableSizeLog = LDM_MEMORY_USAGE;
-
-  cctx->lastPosHashed = NULL;
-
-  cctx->step = 1;   // Fixed to be 1 for now. Changing may break things.
-  cctx->nextIp = cctx->ip + cctx->step;
-  cctx->nextPosHashed = 0;
-
-  return 0;
-}
-
-void LDM_destroyCCtx(LDM_CCtx *cctx) {
-  HASH_destroyTable(cctx->hashTable);
-}
-
-/**
- * Finds the "best" match.
- *
- * Returns 0 if successful and 1 otherwise (i.e. no match can be found
- * in the remaining input that is long enough).
- *
- * forwardMatchLength contains the forward length of the match.
- */
-static int LDM_findBestMatch(LDM_CCtx *cctx, const BYTE **match,
-                             U64 *forwardMatchLength, U64 *backwardMatchLength) {
-
-  LDM_hashEntry *entry = NULL;
-  cctx->nextIp = cctx->ip + cctx->step;
-
-  while (entry == NULL) {
-    U64 hash;
-    hash_t smallHash;
-    U32 checksum;
-#if INSERT_BY_TAG
-    U32 hashEveryMask;
-#endif
-    setNextHash(cctx);
-
-    hash = cctx->nextHash;
-    smallHash = getSmallHash(hash);
-    checksum = getChecksum(hash);
-#if INSERT_BY_TAG
-    hashEveryMask = lowerBitsFromHfHash(hash);
-#endif
-
-    cctx->ip = cctx->nextIp;
-    cctx->nextIp += cctx->step;
-
-    if (cctx->ip > cctx->imatchLimit) {
-      return 1;
-    }
-#if INSERT_BY_TAG
-    if (hashEveryMask == HASH_ONLY_EVERY) {
-
-      entry = HASH_getBestEntry(cctx, smallHash, checksum,
-                                forwardMatchLength, backwardMatchLength);
-    }
-#else
-    entry = HASH_getBestEntry(cctx, smallHash, checksum,
-                              forwardMatchLength, backwardMatchLength);
-#endif
-
-    if (entry != NULL) {
-      *match = entry->offset + cctx->ibase;
-    }
-
-    putHashOfCurrentPositionFromHash(cctx, hash);
-
-  }
-  setNextHash(cctx);
-  return 0;
-}
-
-void LDM_encodeLiteralLengthAndLiterals(
-    LDM_CCtx *cctx, BYTE *pToken, const U64 literalLength) {
-  /* Encode the literal length. */
-  if (literalLength >= RUN_MASK) {
-    U64 len = (U64)literalLength - RUN_MASK;
-    *pToken = (RUN_MASK << ML_BITS);
-    for (; len >= 255; len -= 255) {
-      *(cctx->op)++ = 255;
-    }
-    *(cctx->op)++ = (BYTE)len;
-  } else {
-    *pToken = (BYTE)(literalLength << ML_BITS);
-  }
-
-  /* Encode the literals. */
-  memcpy(cctx->op, cctx->anchor, literalLength);
-  cctx->op += literalLength;
-}
-
-void LDM_outputBlock(LDM_CCtx *cctx,
-                     const U64 literalLength,
-                     const U32 offset,
-                     const U64 matchLength) {
-  BYTE *pToken = cctx->op++;
-
-  /* Encode the literal length and literals. */
-  LDM_encodeLiteralLengthAndLiterals(cctx, pToken, literalLength);
-
-  /* Encode the offset. */
-  MEM_write32(cctx->op, offset);
-  cctx->op += LDM_OFFSET_SIZE;
-
-  /* Encode the match length. */
-  if (matchLength >= ML_MASK) {
-    U64 matchLengthRemaining = matchLength;
-    *pToken += ML_MASK;
-    matchLengthRemaining -= ML_MASK;
-    MEM_write32(cctx->op, 0xFFFFFFFF);
-    while (matchLengthRemaining >= 4*0xFF) {
-      cctx->op += 4;
-      MEM_write32(cctx->op, 0xffffffff);
-      matchLengthRemaining -= 4*0xFF;
-    }
-    cctx->op += matchLengthRemaining / 255;
-    *(cctx->op)++ = (BYTE)(matchLengthRemaining % 255);
-  } else {
-    *pToken += (BYTE)(matchLength);
-  }
-}
-
-// TODO: maxDstSize is unused. This function may seg fault when writing
-// beyond the size of dst, as it does not check maxDstSize. Writing to
-// a buffer and performing checks is a possible solution.
-//
-// This is based upon lz4.
-size_t LDM_compress(const void *src, size_t srcSize,
-                    void *dst, size_t maxDstSize) {
-  LDM_CCtx cctx;
-  const BYTE *match = NULL;
-  U64 forwardMatchLength = 0;
-  U64 backwardsMatchLength = 0;
-
-  if (LDM_initializeCCtx(&cctx, src, srcSize, dst, maxDstSize)) {
-    // Initialization failed.
-    return 0;
-  }
-
-#ifdef OUTPUT_CONFIGURATION
-  LDM_outputConfiguration();
-#endif
-
-  /* Hash the first position and put it into the hash table. */
-  LDM_putHashOfCurrentPosition(&cctx);
-
-  cctx.lagIp = cctx.ip;
-  cctx.lagHash = cctx.lastHash;
-
-  /**
-   * Find a match.
-   * If no more matches can be found (i.e. the length of the remaining input
-   * is less than the minimum match length), then stop searching for matches
-   * and encode the final literals.
-   */
-  while (!LDM_findBestMatch(&cctx, &match, &forwardMatchLength,
-                           &backwardsMatchLength)) {
-
-#ifdef COMPUTE_STATS
-    cctx.stats.numMatches++;
-#endif
-
-     cctx.ip -= backwardsMatchLength;
-     match -= backwardsMatchLength;
-
-    /**
-     * Write current block (literals, literal length, match offset, match
-     * length) and update pointers and hashes.
-     */
-    {
-      const U64 literalLength = cctx.ip - cctx.anchor;
-      const U32 offset = cctx.ip - match;
-      const U64 matchLength = forwardMatchLength +
-                              backwardsMatchLength -
-                              LDM_MIN_MATCH_LENGTH;
-
-      LDM_outputBlock(&cctx, literalLength, offset, matchLength);
-
-#ifdef COMPUTE_STATS
-      cctx.stats.totalLiteralLength += literalLength;
-      cctx.stats.totalOffset += offset;
-      cctx.stats.totalMatchLength += matchLength + LDM_MIN_MATCH_LENGTH;
-      cctx.stats.minOffset =
-          offset < cctx.stats.minOffset ? offset : cctx.stats.minOffset;
-      cctx.stats.maxOffset =
-          offset > cctx.stats.maxOffset ? offset : cctx.stats.maxOffset;
-      cctx.stats.offsetHistogram[(U32)intLog2(offset)]++;
-      cctx.stats.matchLengthHistogram[
-          (U32)intLog2(matchLength + LDM_MIN_MATCH_LENGTH)]++;
-#endif
-
-      // Move ip to end of block, inserting hashes at each position.
-      cctx.nextIp = cctx.ip + cctx.step;
-      while (cctx.ip < cctx.anchor + LDM_MIN_MATCH_LENGTH +
-                       matchLength + literalLength) {
-        if (cctx.ip > cctx.lastPosHashed) {
-          // TODO: Simplify.
-          LDM_updateLastHashFromNextHash(&cctx);
-          setNextHash(&cctx);
-        }
-        cctx.ip++;
-        cctx.nextIp++;
-      }
-    }
-
-    // Set start of next block to current input pointer.
-    cctx.anchor = cctx.ip;
-    LDM_updateLastHashFromNextHash(&cctx);
-  }
-
-  /* Encode the last literals (no more matches). */
-  {
-    const U64 lastRun = cctx.iend - cctx.anchor;
-    BYTE *pToken = cctx.op++;
-    LDM_encodeLiteralLengthAndLiterals(&cctx, pToken, lastRun);
-  }
-
-#ifdef COMPUTE_STATS
-  LDM_printCompressStats(&cctx.stats);
-  HASH_outputTableOccupancy(cctx.hashTable);
-#endif
-
-  {
-    const size_t ret = cctx.op - cctx.obase;
-    LDM_destroyCCtx(&cctx);
-    return ret;
-  }
-}
-
-void LDM_outputConfiguration(void) {
-  printf("=====================\n");
-  printf("Configuration\n");
-  printf("LDM_WINDOW_SIZE_LOG: %d\n", LDM_WINDOW_SIZE_LOG);
-  printf("LDM_MIN_MATCH_LENGTH, LDM_HASH_LENGTH: %d, %d\n",
-         LDM_MIN_MATCH_LENGTH, LDM_HASH_LENGTH);
-  printf("LDM_MEMORY_USAGE: %d\n", LDM_MEMORY_USAGE);
-  printf("HASH_ONLY_EVERY_LOG: %d\n", HASH_ONLY_EVERY_LOG);
-  printf("HASH_BUCKET_SIZE_LOG: %d\n", HASH_BUCKET_SIZE_LOG);
-  printf("LDM_LAG: %d\n", LDM_LAG);
-  printf("USE_CHECKSUM: %d\n", USE_CHECKSUM);
-  printf("INSERT_BY_TAG: %d\n", INSERT_BY_TAG);
-  printf("HASH_CHAR_OFFSET: %d\n", HASH_CHAR_OFFSET);
-  printf("=====================\n");
-}
diff --git a/contrib/long_distance_matching/ldm.h b/contrib/long_distance_matching/ldm.h
deleted file mode 100644 (file)
index 4adadbd..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,197 +0,0 @@
-#ifndef LDM_H
-#define LDM_H
-
-#include "mem.h"    // from /lib/common/mem.h
-
-//#include "ldm_params.h"
-
-// =============================================================================
-// Modify the parameters in ldm_params.h if "ldm_params.h" is included.
-// Otherwise, modify the parameters here.
-// =============================================================================
-
-#ifndef LDM_PARAMS_H
-  // Defines the size of the hash table.
-  // Note that this is not the number of buckets.
-  // Currently this should be less than WINDOW_SIZE_LOG + 4.
-  #define LDM_MEMORY_USAGE 23
-
-  // The number of entries in a hash bucket.
-  #define HASH_BUCKET_SIZE_LOG 3 // The maximum is 4 for now.
-
-  // Defines the lag in inserting elements into the hash table.
-  #define LDM_LAG 0
-
-  // The maximum window size when searching for matches.
-  // The maximum value is 30
-  #define LDM_WINDOW_SIZE_LOG 28
-
-  // The minimum match length.
-  // This should be a multiple of four.
-  #define LDM_MIN_MATCH_LENGTH 64
-
-  // If INSERT_BY_TAG, insert entries into the hash table as a function of the
-  // hash. Certain hashes will not be inserted.
-  //
-  // Otherwise, insert as a function of the position.
-  #define INSERT_BY_TAG 1
-
-  // Store a checksum with the hash table entries for faster comparison.
-  // This halves the number of entries the hash table can contain.
-  #define USE_CHECKSUM 1
-#endif
-
-// Output compression statistics.
-#define COMPUTE_STATS
-
-// Output the configuration.
-#define OUTPUT_CONFIGURATION
-
-// If defined, forces the probability of insertion to be approximately
-// one per (1 << HASH_ONLY_EVERY_LOG). If not defined, the probability will be
-// calculated based on the memory usage and window size for "even" insertion
-// throughout the window.
-
-// #define HASH_ONLY_EVERY_LOG 8
-
-// =============================================================================
-
-// The number of bytes storing the compressed and decompressed size
-// in the header.
-#define LDM_COMPRESSED_SIZE 8
-#define LDM_DECOMPRESSED_SIZE 8
-#define LDM_HEADER_SIZE ((LDM_COMPRESSED_SIZE)+(LDM_DECOMPRESSED_SIZE))
-
-#define ML_BITS 4
-#define ML_MASK ((1U<<ML_BITS)-1)
-#define RUN_BITS (8-ML_BITS)
-#define RUN_MASK ((1U<<RUN_BITS)-1)
-
-// The number of bytes storing the offset.
-#define LDM_OFFSET_SIZE 4
-
-#define LDM_WINDOW_SIZE (1 << (LDM_WINDOW_SIZE_LOG))
-
-// TODO: Match lengths that are too small do not use the hash table efficiently.
-// There should be a minimum hash length given the hash table size.
-#define LDM_HASH_LENGTH LDM_MIN_MATCH_LENGTH
-
-typedef struct LDM_compressStats LDM_compressStats;
-typedef struct LDM_CCtx LDM_CCtx;
-typedef struct LDM_DCtx LDM_DCtx;
-
-/**
- *  Compresses src into dst.
- *  Returns the compressed size if successful, 0 otherwise.
- *
- *  NB: This currently ignores maxDstSize and assumes enough space is available.
- *
- *  Block format (see lz4 documentation for more information):
- *  github.com/lz4/lz4/blob/dev/doc/lz4_Block_format.md
- *
- *  A block is composed of sequences. Each sequence begins with a token, which
- *  is a one-byte value separated into two 4-bit fields.
- *
- *  The first field uses the four high bits of the token and encodes the literal
- *  length. If the field value is 0, there is no literal. If it is 15,
- *  additional bytes are added (each ranging from 0 to 255) to the previous
- *  value to produce a total length.
- *
- *  Following the token and optional length bytes are the literals.
- *
- *  Next are the 4 bytes representing the offset of the match (2 in lz4),
- *  representing the position to copy the literals.
- *
- *  The lower four bits of the token encode the match length. With additional
- *  bytes added similarly to the additional literal length bytes after the offset.
- *
- *  The last sequence is incomplete and stops right after the literals.
- */
-size_t LDM_compress(const void *src, size_t srcSize,
-                    void *dst, size_t maxDstSize);
-
-/**
- * Initialize the compression context.
- *
- * Allocates memory for the hash table.
- *
- * Returns 0 if successful, 1 otherwise.
- */
-size_t LDM_initializeCCtx(LDM_CCtx *cctx,
-                          const void *src, size_t srcSize,
-                          void *dst, size_t maxDstSize);
-
-/**
- * Frees up memory allocated in LDM_initializeCCtx().
- */
-void LDM_destroyCCtx(LDM_CCtx *cctx);
-
-/**
- * Prints the distribution of offsets in the hash table.
- *
- * The offsets are defined as the distance of the hash table entry from the
- * current input position of the cctx.
- */
-void LDM_outputHashTableOffsetHistogram(const LDM_CCtx *cctx);
-
-/**
- * Outputs compression statistics to stdout.
- */
-void LDM_printCompressStats(const LDM_compressStats *stats);
-
-/**
- * Encode the literal length followed by the literals.
- *
- * The literal length is written to the upper four bits of pToken, with
- * additional bytes written to the output as needed (see lz4).
- *
- * This is followed by literalLength bytes corresponding to the literals.
- */
-void LDM_encodeLiteralLengthAndLiterals(LDM_CCtx *cctx, BYTE *pToken,
-                                        const U64 literalLength);
-
-/**
- * Write current block (literals, literal length, match offset,
- * match length).
- */
-void LDM_outputBlock(LDM_CCtx *cctx,
-                     const U64 literalLength,
-                     const U32 offset,
-                     const U64 matchLength);
-
-/**
- * Decompresses src into dst.
- *
- * Note: assumes src does not have a header.
- */
-size_t LDM_decompress(const void *src, size_t srcSize,
-                      void *dst, size_t maxDstSize);
-
-/**
- * Initialize the decompression context.
- */
-void LDM_initializeDCtx(LDM_DCtx *dctx,
-                        const void *src, size_t compressedSize,
-                        void *dst, size_t maxDecompressedSize);
-
-/**
- * Reads the header from src and writes the compressed size and
- * decompressed size into compressedSize and decompressedSize respectively.
- *
- * NB: LDM_compress and LDM_decompress currently do not add/read headers.
- */
-void LDM_readHeader(const void *src, U64 *compressedSize,
-                    U64 *decompressedSize);
-
-/**
- * Write the compressed and decompressed size.
- */
-void LDM_writeHeader(void *memPtr, U64 compressedSize,
-                     U64 decompressedSize);
-
-/**
- * Output the configuration used.
- */
-void LDM_outputConfiguration(void);
-
-#endif /* LDM_H */
diff --git a/contrib/long_distance_matching/ldm_common.c b/contrib/long_distance_matching/ldm_common.c
deleted file mode 100644 (file)
index 8b34f8a..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,109 +0,0 @@
-#include <stdio.h>
-
-#include "ldm.h"
-
-/**
- * This function reads the header at the beginning of src and writes
- * the compressed and decompressed size to compressedSize and
- * decompressedSize.
- *
- * The header consists of 16 bytes: 8 bytes each in little-endian format
- * of the compressed size and the decompressed size.
- */
-void LDM_readHeader(const void *src, U64 *compressedSize,
-                    U64 *decompressedSize) {
-  const BYTE *ip = (const BYTE *)src;
-  *compressedSize = MEM_readLE64(ip);
-  *decompressedSize = MEM_readLE64(ip + 8);
-}
-
-/**
- * Writes the 16-byte header (8-bytes each of the compressedSize and
- * decompressedSize in little-endian format) to memPtr.
- */
-void LDM_writeHeader(void *memPtr, U64 compressedSize,
-                     U64 decompressedSize) {
-  MEM_writeLE64(memPtr, compressedSize);
-  MEM_writeLE64((BYTE *)memPtr + 8, decompressedSize);
-}
-
-struct LDM_DCtx {
-  size_t compressedSize;
-  size_t maxDecompressedSize;
-
-  const BYTE *ibase;   /* Base of input */
-  const BYTE *ip;      /* Current input position */
-  const BYTE *iend;    /* End of source */
-
-  const BYTE *obase;   /* Base of output */
-  BYTE *op;            /* Current output position */
-  const BYTE *oend;    /* End of output */
-};
-
-void LDM_initializeDCtx(LDM_DCtx *dctx,
-                        const void *src, size_t compressedSize,
-                        void *dst, size_t maxDecompressedSize) {
-  dctx->compressedSize = compressedSize;
-  dctx->maxDecompressedSize = maxDecompressedSize;
-
-  dctx->ibase = src;
-  dctx->ip = (const BYTE *)src;
-  dctx->iend = dctx->ip + dctx->compressedSize;
-  dctx->op = dst;
-  dctx->oend = dctx->op + dctx->maxDecompressedSize;
-}
-
-size_t LDM_decompress(const void *src, size_t compressedSize,
-                      void *dst, size_t maxDecompressedSize) {
-
-  LDM_DCtx dctx;
-  LDM_initializeDCtx(&dctx, src, compressedSize, dst, maxDecompressedSize);
-
-  while (dctx.ip < dctx.iend) {
-    BYTE *cpy;
-    const BYTE *match;
-    size_t length, offset;
-
-    /* Get the literal length. */
-    const unsigned token = *(dctx.ip)++;
-    if ((length = (token >> ML_BITS)) == RUN_MASK) {
-      unsigned s;
-      do {
-        s = *(dctx.ip)++;
-        length += s;
-      } while (s == 255);
-    }
-
-    /* Copy the literals. */
-    cpy = dctx.op + length;
-    memcpy(dctx.op, dctx.ip, length);
-    dctx.ip += length;
-    dctx.op = cpy;
-
-    //TODO: dynamic offset size?
-    /* Encode the offset. */
-    offset = MEM_read32(dctx.ip);
-    dctx.ip += LDM_OFFSET_SIZE;
-    match = dctx.op - offset;
-
-    /* Get the match length. */
-    length = token & ML_MASK;
-    if (length == ML_MASK) {
-      unsigned s;
-      do {
-        s = *(dctx.ip)++;
-        length += s;
-      } while (s == 255);
-    }
-    length += LDM_MIN_MATCH_LENGTH;
-
-    /* Copy match. */
-    cpy = dctx.op + length;
-
-    // TODO: this can be made more efficient.
-    while (match < cpy - offset && dctx.op < dctx.oend) {
-      *(dctx.op)++ = *match++;
-    }
-  }
-  return dctx.op - (BYTE *)dst;
-}
diff --git a/contrib/long_distance_matching/ldm_params.h b/contrib/long_distance_matching/ldm_params.h
deleted file mode 100644 (file)
index a541581..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,12 +0,0 @@
-#ifndef LDM_PARAMS_H
-#define LDM_PARAMS_H
-
-#define LDM_MEMORY_USAGE 23
-#define HASH_BUCKET_SIZE_LOG 3
-#define LDM_LAG 0
-#define LDM_WINDOW_SIZE_LOG 28
-#define LDM_MIN_MATCH_LENGTH 64
-#define INSERT_BY_TAG 1
-#define USE_CHECKSUM 1
-
-#endif  // LDM_PARAMS_H
diff --git a/contrib/long_distance_matching/main.c b/contrib/long_distance_matching/main.c
deleted file mode 100644 (file)
index 7c7086a..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,269 +0,0 @@
-#include <stdio.h>
-#include <stdlib.h>
-#include <string.h>
-#include <sys/time.h>
-#include <sys/types.h>
-#include <sys/mman.h>
-#include <sys/stat.h>
-#include <unistd.h>
-#include <zstd.h>
-
-#include <fcntl.h>
-#include "ldm.h"
-#include "zstd.h"
-
-// #define DECOMPRESS_AND_VERIFY
-
-/* Compress file given by fname and output to oname.
- * Returns 0 if successful, error code otherwise.
- *
- * This adds a header from LDM_writeHeader to the beginning of the output.
- *
- * This might seg fault if the compressed size is > the decompress
- * size due to the mmapping and output file size allocated to be the input size
- * The compress function should check before writing or buffer writes.
- */
-static int compress(const char *fname, const char *oname) {
-  int fdin, fdout;
-  struct stat statbuf;
-  char *src, *dst;
-  size_t maxCompressedSize, compressedSize;
-
-  struct timeval tv1, tv2;
-  double timeTaken;
-
-
-  /* Open the input file. */
-  if ((fdin = open(fname, O_RDONLY)) < 0) {
-    perror("Error in file opening");
-    return 1;
-  }
-
-  /* Open the output file. */
-  if ((fdout = open(oname, O_RDWR | O_CREAT | O_TRUNC, (mode_t)0600)) < 0) {
-    perror("Can't create output file");
-    return 1;
-  }
-
-  /* Find the size of the input file. */
-  if (fstat (fdin, &statbuf) < 0) {
-    perror("Fstat error");
-    return 1;
-  }
-
-  maxCompressedSize = (statbuf.st_size + LDM_HEADER_SIZE);
-
-  // Handle case where compressed size is > decompressed size.
-  // TODO: The compress function should check before writing or buffer writes.
-  maxCompressedSize += statbuf.st_size / 255;
-
-  ftruncate(fdout, maxCompressedSize);
-
-  /* mmap the input file. */
-  if ((src = mmap(0, statbuf.st_size, PROT_READ,  MAP_SHARED, fdin, 0))
-          == (caddr_t) - 1) {
-      perror("mmap error for input");
-      return 1;
-  }
-
-  /* mmap the output file. */
-  if ((dst = mmap(0, maxCompressedSize, PROT_READ | PROT_WRITE,
-                  MAP_SHARED, fdout, 0)) == (caddr_t) - 1) {
-      perror("mmap error for output");
-      return 1;
-  }
-
-  gettimeofday(&tv1, NULL);
-
-  compressedSize = LDM_HEADER_SIZE +
-      LDM_compress(src, statbuf.st_size,
-                   dst + LDM_HEADER_SIZE, maxCompressedSize);
-
-  gettimeofday(&tv2, NULL);
-
-  // Write the header.
-  LDM_writeHeader(dst, compressedSize, statbuf.st_size);
-
-  // Truncate file to compressedSize.
-  ftruncate(fdout, compressedSize);
-
-  printf("%25s : %10lu -> %10lu - %s \n", fname,
-         (size_t)statbuf.st_size, (size_t)compressedSize, oname);
-  printf("Compression ratio: %.2fx --- %.1f%%\n",
-         (double)statbuf.st_size / (double)compressedSize,
-         (double)compressedSize / (double)(statbuf.st_size) * 100.0);
-
-  timeTaken = (double) (tv2.tv_usec - tv1.tv_usec) / 1000000 +
-              (double) (tv2.tv_sec - tv1.tv_sec),
-
-  printf("Total compress time = %.3f seconds, Average scanning speed: %.3f MB/s\n",
-         timeTaken,
-         ((double)statbuf.st_size / (double) (1 << 20)) / timeTaken);
-
-  // Close files.
-  close(fdin);
-  close(fdout);
-  return 0;
-}
-
-#ifdef DECOMPRESS_AND_VERIFY
-/* Decompress file compressed using LDM_compress.
- * The input file should have the LDM_HEADER followed by payload.
- * Returns 0 if succesful, and an error code otherwise.
- */
-static int decompress(const char *fname, const char *oname) {
-  int fdin, fdout;
-  struct stat statbuf;
-  char *src, *dst;
-  U64 compressedSize, decompressedSize;
-  size_t outSize;
-
-  /* Open the input file. */
-  if ((fdin = open(fname, O_RDONLY)) < 0) {
-    perror("Error in file opening");
-    return 1;
-  }
-
-  /* Open the output file. */
-  if ((fdout = open(oname, O_RDWR | O_CREAT | O_TRUNC, (mode_t)0600)) < 0) {
-    perror("Can't create output file");
-    return 1;
-  }
-
-  /* Find the size of the input file. */
-  if (fstat (fdin, &statbuf) < 0) {
-    perror("Fstat error");
-    return 1;
-  }
-
-  /* mmap the input file. */
-  if ((src = mmap(0, statbuf.st_size, PROT_READ,  MAP_SHARED, fdin, 0))
-          == (caddr_t) - 1) {
-      perror("mmap error for input");
-      return 1;
-  }
-
-  /* Read the header. */
-  LDM_readHeader(src, &compressedSize, &decompressedSize);
-
-  ftruncate(fdout, decompressedSize);
-
-  /* mmap the output file */
-  if ((dst = mmap(0, decompressedSize, PROT_READ | PROT_WRITE,
-                  MAP_SHARED, fdout, 0)) == (caddr_t) - 1) {
-      perror("mmap error for output");
-      return 1;
-  }
-
-  outSize = LDM_decompress(
-      src + LDM_HEADER_SIZE, statbuf.st_size - LDM_HEADER_SIZE,
-      dst, decompressedSize);
-  printf("Ret size out: %zu\n", outSize);
-
-  close(fdin);
-  close(fdout);
-  return 0;
-}
-
-/* Compare two files.
- * Returns 0 iff they are the same.
- */
-static int compare(FILE *fp0, FILE *fp1) {
-  int result = 0;
-  while (result == 0) {
-    char b0[1024];
-    char b1[1024];
-    const size_t r0 = fread(b0, 1, sizeof(b0), fp0);
-    const size_t r1 = fread(b1, 1, sizeof(b1), fp1);
-
-    result = (int)r0 - (int)r1;
-
-    if (0 == r0 || 0 == r1) break;
-
-    if (0 == result) result = memcmp(b0, b1, r0);
-  }
-  return result;
-}
-
-/* Verify the input file is the same as the decompressed file. */
-static int verify(const char *inpFilename, const char *decFilename) {
-  FILE *inpFp, *decFp;
-
-  if ((inpFp = fopen(inpFilename, "rb")) == NULL) {
-    perror("Could not open input file\n");
-    return 1;
-  }
-
-  if ((decFp = fopen(decFilename, "rb")) == NULL) {
-    perror("Could not open decompressed file\n");
-    return 1;
-  }
-
-  printf("verify : %s <-> %s\n", inpFilename, decFilename);
-  {
-    const int cmp = compare(inpFp, decFp);
-    if(0 == cmp) {
-      printf("verify : OK\n");
-    } else {
-      printf("verify : NG\n");
-      return 1;
-    }
-  }
-
-       fclose(decFp);
-       fclose(inpFp);
-  return 0;
-}
-#endif
-
-int main(int argc, const char *argv[]) {
-  const char * const exeName = argv[0];
-  char inpFilename[256] = { 0 };
-  char ldmFilename[256] = { 0 };
-  char decFilename[256] = { 0 };
-
-  if (argc < 2) {
-    printf("Wrong arguments\n");
-    printf("Usage:\n");
-    printf("%s FILE\n", exeName);
-    return 1;
-  }
-
-  snprintf(inpFilename, 256, "%s", argv[1]);
-  snprintf(ldmFilename, 256, "%s.ldm", argv[1]);
-  snprintf(decFilename, 256, "%s.ldm.dec", argv[1]);
-
-       printf("inp = [%s]\n", inpFilename);
-       printf("ldm = [%s]\n", ldmFilename);
-       printf("dec = [%s]\n", decFilename);
-
-  /* Compress */
-  {
-    if (compress(inpFilename, ldmFilename)) {
-        printf("Compress error\n");
-        return 1;
-    }
-  }
-
-#ifdef DECOMPRESS_AND_VERIFY
-  /* Decompress */
-  {
-    struct timeval tv1, tv2;
-    gettimeofday(&tv1, NULL);
-    if (decompress(ldmFilename, decFilename)) {
-        printf("Decompress error\n");
-        return 1;
-    }
-    gettimeofday(&tv2, NULL);
-    printf("Total decompress time = %f seconds\n",
-          (double) (tv2.tv_usec - tv1.tv_usec) / 1000000 +
-          (double) (tv2.tv_sec - tv1.tv_sec));
-  }
-  /* verify */
-  if (verify(inpFilename, decFilename)) {
-    printf("Verification error\n");
-    return 1;
-  }
-#endif
-  return 0;
-}