Cleanup including of system headers

Don't abort on EINTR select errors

Replace LOG_FATAL call with assert in SCH_MailLoop

Don't apply outlyer penalty at beginning

Wait until the reach register is full to allow marking a source as
outlyer for 32 updates. This makes start nicer with iburst.

Add minsamples and maxsamples directives

Allow configuration of the maximum and minimum number of samples per
source.

Modify SST_GetSelectionData to return only necessary data

Use UTI_DiffTimevalsToDouble to calculate theta

Fix fabs use on delay

Limit sources included in combining

Combine only sources whose distance is shorter than distance of the
selected source multiplied by the value of combinelimit and their
estimated frequencies are close to the frequency of the selected source.
Add outlyer status for sources which are selectable, but not included in
the combining. The status is displayed as '-' in the chronyc sources
output.

Resurrect source combining

This is based on the code that was removed in CVS revision 1.3 of
sources.c. The weighting is simplified and the code is moved to a new
function.

Remove unnecessary adjtimex calls

Fix rounding in UTI_AddDoubleToTimeval with negative increments

Adjust last_select_ts on slew

Rename SCH_GetFileReadyTime() and extend it to return raw time

Drop duplicated int64_to_timeval()

Fix UTI_DoubleToInt32 to check for overflow

Move NTP_int32 conversion functions to util.c

Add --enable-trace to configure

Fix configure help message

Abort on parse errors in refclock directive

Fix burst command with specified address

This was broken in commit 0f8def4ca4237495f13a93384ded9245495e3c8f.

Allow hostnames in offline, online and burst commands

Don't use uninitialized value in receive_packet()

Fix stratum setting when source with non-minimum stratum is selected

Improve peer polling in symmetric mode

If the remote stratum is higher than ours, try to lock on the peer's
polling to minimize our response time by slightly extending our delay or
waiting for the peer to catch up with us as the random part in the
actual interval is reduced. If the remote stratum is equal to ours, try
to interleave evenly with the peer.

Save remote poll only with valid packets

Fix peer polling with shorter remote poll

If the remote peer uses a polling interval shorter than the local
minimum, the local peer will be unable to send any packets as the
timeout will be updated on every received valid packet and will never
expire.

Modify the delay calculation to aim at poll interval away since the last
transmit.

Also, share the delay calculation code with transmit_timeout().

Requeue transmit timeout only with valid packets

Ignore packets from offline sources

Rework the logic in transmit_timeout() to change the online status on
the following timeout to allow ignoring packets from offline sources.

Set stratum from last sample instead of best

Drop unused SST_GetReferenceData()

Make receive_packet() more readable

In burst count only accumulated samples as good

Slew only non-zero local timestamps in ntp core

Fix poll timeout with symmetric peer and poll 0

Remove unncessary return statements

Add recommendation on password security to keyfile description

Add option to generate command key on start

With generatecommandkey directive, if no command key is found in the key
file on start, one will be generated automatically from /dev/urandom.

Fix some error messages

Create sockets only in selected family with -4 or -6 option

Set paths in documentation by configure

Document default value of commandkey

Add option to authenticate automatically on chronyc start

Refactor key parsing

Try linking readline without ncurses first

Various spelling fixes

Reviewed-By: Rogério Theodoro de Brito <rbrito@ime.usp.br>

Refactor command parsing

- normalize command line before parsing
- compare whole words
- check for missing/extra arguments in config parsing
- use strdup for string allocation
- share code for reporting syntax errors
- avoid using function pointers
- cleanup the code a bit

Abort on errors when parsing config

Log online/offline status change for burst sources too.

Don't send uninitialized fields in dump and local requests

Accept float value as initstepslew threshold

Update .gitignore

Terminate batch processing in chronyc on quit command

Define DEFAULT_CONF_FILE in config.h

Reply to NTPv1 and NTPv2 packets with same version

Reply to NTPv1 packets

Add user directive for dropping root privileges

This is equivalent to the -u option.

Add option to ignore initstepslew and makestep directives

When chronyd is started with -R, the initstepslew directive and the
makestep directive with a positive limit will be ignored. This is useful
when restarting chronyd to avoid unnecessary clock adjustments. It can
be used with -r.

Fix crash with duplicated initstepslew address

When there are duplicate ntp servers listed on the initstepslew line, 2
SourceRecords are created (sourceA and sourceB), and two timers are
created (timerA and timerB).  When ntp responses are received, only
sourceA is updated because of the way read_from_socket searches for a
matching record.  Eventually, the criteria for sourceA are met, causing
timerA to stop and n_completed_sources to increment.  timerB continues
to trigger, sending ntp poll messages to the ntp server.  Responses from
that server are assigned to sourceA, triggering the criteria for sourceA
and causing n_completed_sources to increment improperly.  Once this
happens enough times, n_complete_sources == number of servers and all
SourceRecords are deleted.  The next time timerB triggers, it attempts
to access sourceB, which was already been deleted, causing the core.

Fix crash in config parsing with too many servers

Update URL of NTP server list in example config

Fix delta calculation with extreme frequency offsets

This should prevent chronyd from getting stuck and refusing new samples
due to failing test4 when the current measured frequency offset is close
to 1.0. That can happen when the system clock is stepped forward behind
chronyd's back.

Use texi2html to generate html

Update NEWS

Print error message when MD5 init fails in chronyc

Replace printf calls with echo in configure

Save compiler messages to config.log in configure

Fix crash and hangs in RGR_FindBestRobustRegression

Check for errors when writing new drift files

Add format string to printf in client.c

Add support for nanoseconds in SHM

Fuzz transmit timestamp

Add random bits below clock precision to the timestamp to make
it less predictable.

Log uncooked offset in refclocks log for PPS samples

Update NEWS

Update copyright years

Fix password handling in chronyc

Fix compiler warnings

Update configure help text

Test leap second timezone on start

Update documentation

Reschedule fast slew timeout on offset change

Add leap status to tracking log and report

Add support for reading leap second data from tz database

leapsectz directive is used to set the name of the timezone in the
system tz database which chronyd can use to find out when will the next
leap second occur.  It will periodically check if dates Jun 30 23:59:60
and Dec 31 23:59:60 are valid in that timezone. This is mainly useful
with reference clocks which don't provide the leap second information.
It is not necessary to restart chronyd if the tz database is updated
with a new leap second at least 12 hours before the event.

Add maxchange directive

This directive sets the maximum allowed offset corrected on a clock
update.  The check is performed only after the specified number of
updates to allow a large initial adjustment of the system clock.  When
an offset larger than the specified maximum occurs, it will be ignored
for the specified number of times and then chronyd will give up
and exit (a negative value can be used to never exit).  In both cases
a message is sent to syslog.

Move refclock slew and dispersion handler init

Step system time in RTC preinit only with offsets over 1 second

Fix last commit

Better estimate RTC offset right after trim

Return success on empty command

Support passwords encoded in HEX

Update reported RMS offset quickly on start

Extend tracking, sources and activity reports

Use +/- when logging skew on start

Fix logged offset in manual reference

Check if struct in6_pktinfo is usable

Fix reported number of runs to correspond to reported number of samples

Add corrtimeratio directive

The corrtimeratio directive controls the ratio between the
duration in which the clock is slewed for an average correction
according to the source history and the interval in which the
corrections are done (usually the NTP polling interval).  Corrections
larger than the average take less time and smaller corrections take
more time, the amount of the correction and the correction time are
inversely proportional.

Increasing corrtimeratio makes the overall frequency error of
the system clock smaller, but increases the overall time error as
the corrections will take longer.

By default, the ratio is 1, which means the duration of an average
correction will be close to the update interval.

Control offset correction rate in Linux driver

The kernel currently doesn't support a linear adjustment with
programmable rate, extend the use of the kernel PLL with locked
frequency instead.

Set the PLL time constant according to the correction time corresponding
to the correction rate and corrected offset.

On kernels with nano PLL adjtime() is no longer used.

Introduce offset correction rate

We want to correct the offset quickly, but we also want to keep the
frequency error caused by the correction itself low.

Define correction rate as the area of the region bounded by the graph of
offset corrected in time. Set the rate so that the time needed to correct
an offset equal to the current sourcestats stddev will be equal to the
update interval (assuming linear adjustment). The offset and the
time needed to make the correction are inversely proportional.

This is only a suggestion and it's up to the system driver how the
adjustment will be executed.

Include clock steps in calculated reference update interval