doc: make Wikipedia hyperlinks anonymous

doc: make doxygen filter out HS_CDECL

doc: use doxygen @p to refer to parameters

doc: clarify description of streaming API

doc: document that hs_close_stream frees memory

Add explicit documentation that hs_close_stream() will free the stream
state after returning any matches.

Hamming: GraphTruth and corpus gen support

Add support for Hamming distance approx matching

icc: disable warning about constant expression

hsbench: sqlite output support

sqlite: disable -Werror so warnings don't kill the build

Merge branch master into develop

Migrated from github.com/01org to github.com/intel

cmake: add a dummy c++ file to force linkage

The hs dylib when built with Xcode wasn't being linked to C++ runtime
libs. Fixes #69

Merge branch develop into master

Bump version number for release

changelog: updates for 4.6.0 release

De-const the empty maps.

Clang 3.8 complains about attempting to default init const objects
without a user-provided constructor.

Check for unused typedef warning and disable

This affects older versions of Boost (1.58), and we were only disabling the
warning for g++.

Fixes #62.

find_better_daddy: position change

Don't let haigs into Tamarama

rose_build_add_mask: improve findMaskLiteral perf

Handle any exceptions while constructing compiler elements

Specifically, NG has a Rose which has a LeftEng which has a depth, which can
throw an error on construction. If we put these in the try-catch we don't
have to worry so much in future.

teddy: alignment decl should match defn

Spotted by coverity. #174512

hwlm_build: default for HWLMProto::make_small

Silences Coverity warning.

rose_build_matchers: init LitFragment fields

Silences Coverity warning about squash, delay_squash.

dedupeLeftfixesVariableLag: refactor, more blockmode deduping

maintain castle report information

ng_squash: switch to using unordered_map

Also some cleaning up, small performance improvements.

tidy mergeCastleSuffixes

refactor mergeCastleLeftfixes

reimplement hasSameEngineType()

partitioned_set: use lower_bound(), not scan

msvc: disable more warnings

Use an unsigned byte, not char

ue2_literal: define npos in ue2string.cpp

fdr_compile: simplify lambda use

This was failing to compile on MSVC.

mcclellancompile: simplify calc_min_dist_from_bob

mcclellancompile: don't copy dstate unnecessarily

accel_dfa_build_strat: make extend() faster

unit: add PrintTo for ue2_literal

hash: use std::hash for string hashing

ue2_literal: better hash function

ue2_literal: make nocase member a dynamic_bitset

We were previously using vector<bool>, but dynamic_bitset provides a
faster any() impl

fdr_compile: don't do string copies in isSuffix

gatherReports: fewer map lookups

accel_dfa_build_strat: use flat_set

smallwrite_build: make failure_map unordered

rdfa: make getImplAlphaSize() inline

castlecompile: remove unused container

Update PCRE version to 8.41

move mergeDupeLeaves() and uncalcLeaves() to rose_build_role_aliasing

Unlike the rest of rose_build_mergem, these functions relate to merging
roles/vertices rather than merging engines.

rose merges: why not dedupe transient engines?

We avoid merging different transient engines as it may force us to run heavier
engines and no stream state is consumed either way. However, there should be
no harm in just removing duplicate instances of a transient engine.

remove !LBR constraints from merge passes

we have either converted candidates to castles already or we have converted them
back in the hope of merging them with other holders

cmake: set isystem flag for older cmake

icc: disable more warnings

cmake: use abi-version on older gcc

rework mergeLeftfixesVariableLag()

fdr_compile: faster scoring code

insertion_ordered_{map,set}: add new containers

These are associative map/set structures that are iterable in insertion
order.

violet: don't bother swapping holders if unable to trim graph

violet: maintain a reference to all the known implementable graphs

violet: do not remove more states from holders if dfa has been built

UE-3147: ensure the same squash behavior for literals shared between different literal matchers

groupByFragment: make fewer string copies

rose_build_exclusive: clean up use of vertex indices

limex_compile: reduce state id lookups

limex_compile: turn tugs into a bitset

rose_build_lookaround: use vector in trimLiterals

rose: more hash member funcs for rose types

rose: return a vector from findEdgesByLiteral

rose_build_long_lit: refactor to do less dupe work

Also some performance improvements.

dynamic compression: add HS_CDECL to implementation

Provide RoseResources to roseQuality.

RoseResources is an alternative to manually digging through the bytecode.

mangle fdr conf parts of scratch as well

roseQuality() no longer needs to be part of rose's API.

more comments on hwlm/fdr's start parameter

Remove out of date debug output

add dynamic stream compression to fat runtime

Remove unwanted move constructor

clean up loops and add AVX-512

Open input path once using file descriptor

Catch by reference not value

use string equality operator

restore formatting flags after use

hsbench: use a memstream instead of a temp file

add dynamic compression to the public api

CMake: put the stream compress files in the correct part

dev reference documentation for stream compression

multibit compression support

hsbench: add stream compress functionality

support dynamic stream compression

make ComponentRepeat::vacuous_everywhere() more accurate

mergeCastle: merge common repeats from the castles

mergeLeftfixesVariableLag: update comments, debugging support

Compile dump of teddy's nibble masks and reinforcement table in fdr_dump.cpp

small_vector: require boost >= 1.61

We use the small_vector constructors introduced in Boost 1.61 (trac bug
11866, github commit b436c91). If the Boost version is too old, we fall
back to using std::vector.

cmake: another convenience lib for compile side

Do equivalency removal before violet's implementablity check.

This is helpful as removing/restoring literals may introduce redundancy in the
graphs. Also improve the implementation by caching known good holders.

Ensure max width of repeat before transforming graph.

Refactored building reinforcement table at compile time and updated comments.