qa/appveyor: install libiconv-devel

travis: fix pkg-config in mac builds

Unlink pkg-config before installing.

travis: fix libpcre in mac builds

It looks like Travis changed their Mac image and pcre is now
installed by default. In case it gets removed again, just unlink
it before re-installing so it doesn't fail on install.

logging: remove unused print stats callbacks

Remove the ThreadExitPrintStats callback from logging modules
that weren't doing anything with it.

logging: move lock into write function

All loggers were wrapping just the write in a lock with some
updating a counter.  This moves the lock into the write function.

The log_ctx alerts counter was also removed as many modules have
stopped using this and the alert count is available elsewhere.

Should satisfy Coverity CID 1400798:

CID 1400798 (#1 of 1): Data race condition (MISSING_LOCK) 2.
missing_lock: Accessing log_ctx->rotation_flag without holding lock
LogFileCtx_.fp_mutex. Elsewhere, "LogFileCtx_.rotation_flag" is accessed
with LogFileCtx_.fp_mutex held 4 out of 5 times.

Which appears to be a false positive as all calls to SCLogFileWrite
were done under lock, but this will make it more explicit.

unified2: unlock using same dereference as lock

Addresses Coverity CIDs:
    1400797
    1400796

Note that the mutex was actually being unlocked, but
from a different variable pointing to the same mutex.

doc: add documentation for TlsGetCertSerial Lua function

doc: add documentation for tls_cert_serial keyword

detect: add (mpm) keyword tls_cert_serial

Match on TLS certificate serial number using tls_cert_serial
keyword, e.g.:

alert tls any any -> any any (msg:"TLS cert serial test";
        tls_cert_serial; content:"5C:19:B7:B1:32:3B:1C:A1";
        sid:12345;)

lua: add function to print certificate serial number

Add function LuaGetCertSerial to print serial number from TLS
certificate.

Example:

function log (args)
    serial = TlsGetCertSerial()

    if serial then
        file:write(serial .. "\n");
        file:flush()
    end
end

tls-log: log certificate serial number

output-json-lua: log certificate serial number

app-layer-tls: decode certificate serial number

af-packet: fix parsing packet in TPACKET_V3 mode

AFPParsePacketV3() saved tpacket_block_desc structure
instead of tpacket3_hdr. As a result, reconstructed
packets were wrong.

Bug #2044.

af-packet: get VLAN info for packets in TPACKET_V3 mode

af-packet: write VLAN info for both TPACKET_V2 and V3

pidfile: fail if the pid file exists

Changes the pidfile check function to fail just on the
existence of the file to address issue
https://redmine.openinfosecfoundation.org/issues/1335
but log a message if the pid file appears to be stale.

doc: specify buffers that can be used for fast_pattern

Updated notes on the following buffers indicating that they can
be used for fast_pattern:
tls_cert_subject
tls_cert_issuer
tls_sni

doc: removed references to older Suricata versions

docs are versioned; references to older Suricata versions undesired.

doc: add documentation for TLS eve-log

output-json-tls: code cleanup

output-json-tls: log certificate and chain

Log entire certificate and certificate chain Base64 encoded.

output-json-tls: custom tls logging

doc: update unified2 section

Remove documentation on older unified formats that have
been removed.

unified2: nostamp and file rotation

Give unified2 a nostamp option which will create the file
without the timestamp suffix (like Snort's nostamp option).

Also register for rotation notification on SIGHUP so the file
will be recreated if it is removed by an external rotation
program (only when nostamp is used).

autoconf - look for stdbool.h

unified2: minor cleanups

- remove unused arguments and make static

Makefile: fix race condition in make install-full

Use recursive make for the install process so it
is executed in a predictable order.

Addresses issue:
https://redmine.openinfosecfoundation.org/issues/1470
which triggered on OSX/macOS.

output-json-alert: print 'tunnel' JSON object if tunnel

Log src_ip, dst_ip and proto for root packet (p->root) if the
packet that triggered is inside a tunnel, as JSON object
'tunnel'. Also log recursion depth to indicate the depth of
the tunnel.

output-json: move code to get 5-tuple to own function

Move code to get 5-tuple in JSON object to own function 'JsonFiveTuple'.
This enables this code to be reused when printing 'parent' JSON object in
output-json-alert.

output-json-alert: fix wrongful comments

doc: documentation for custom JSON flags in eve-log

output-json: make JSON flags in eve-log user configurable

dce: remove commented out code

flow-worker: clean up thread init

coverity: suppress CID 1400648

detect-ssh: cleanup duplicate code

detect-lua: setup cleanup, fixing a potential int issue

detect: fix missing unlock in error path

threads: address sleep under lock issue

threads: don't sleep under lock

detect: add and use util func for alproto sets

doc: update for unix socket hostbits

flowvar: shrink flowvar type by using padded space

lua: support key/value flowvars in lua

flowvar: remove unused DETECT_VAR_TYPE_ALWAYS

doc: update unix socket

suricatasc: add/list/remove hostbit commands

Syntax:
    add-hostbit <ip> <bit name> <expire>
Example:
    add-hostbit 1.2.3.4 blacklist 3600

Syntax:
    remove-hostbit <ip> <bit name>
Example:
    remove-hostbit 1.2.3.4 blacklist

Syntax:
    list-hostbit <ip>
Example:
    list-hostbit 1.2.3.4

unix-socket: add/list/remove hostbit commands

add-hostbit adds a named hostbit with an expire time in seconds.
remove-hostbit removes hostbit by name.

add-hostbit, remove-hostbit return success or failure.

list-hostbit returns a json array of hostbits with their name and
expire time:

    {
        "message": {
            "count": 1,
            "hostbits":
                [{
                    "expire": 3222,
                    "name": "firefox-users"
                }]
        },
        "return": "OK"
    }

hostbits: add list API

pktvars: same name pktvars, key-value vars

outputs: vars log

EVE addition called 'vars' that logs pkt/flow vars for each packet/flow.

eve: log pktvars/flowvars/bits/ints

Optionally logs 'vars' into alerts

pcre: new way of specifying var names

Until now the way to specify a var name in pcre substring capture
into pkt and flow vars was to use the pcre named substring support:
e.g. /(?P<pkt_somename>.*)/

This had 2 drawbacks:

1. limitations of the name. The name could be max 32 chars, only have
   alphanumeric and the underscore characters. This imposed limitations
   that are not present in flowbits/ints.

2. we didn't actually use the named substrings in pcre through the
   API. We parsed the names separately. So putting the names in pcre
   would actually be wasteful.

This patch introduces a new way of mapping captures with names:

  pcre:"/(.*)/, pkt:somename";
  pcre:"/([A-z]+) ([0-9]+)/, pkt:somename,flow:anothername";

The order of the captures and the order of the names are mapped 1 on 1.
This method is no longer limited by the pcre API's naming limits. The
'flow:' and 'pkt:' prefixes indicate what the type of variable is. It's
mandatory to specify one.

The old method is still supported as well.

pkt-var: abuse flowvar postmatch logic for pktvars

Flowvars were already using a temporary store in the detect thread
ctx.

Use the same facility for pktvars. The reasons are:

1. packet is not always available, e.g. when running pcre on http
   buffers.

2. setting of vars should be done post match. Until now it was also
   possible that it is done on a partial match.

pkt-var: use id instead of name pointer

pcre: support multiple captures

Support up to 8 substring captures into pkt or flow vars.

detect-pcre: small cleanups

alert-debug: print flowvar/int names

alert-debug: print flowbit names from VarNameStore

var-names: expose outside of detect engine

Until now variable names, such as flowbit names, were local to a detect
engine. This made sense as they were only ever used in that context.

For the purpose of logging these names, this needs a different approach.
The loggers live outside of the detect engine. Also, in the case of
reloads and multi-tenancy, there are even multiple detect engines, so
it would be even more tricky to access them from the outside.

This patch brings a new approach. A any time, there is a single active
hash table mapping the variable names and their id's. For multiple
tenants the table is shared between tenants.

The table is set up in a 'staging' area, where locking makes sure that
multiple loading threads don't mess things up. Then when the preparing
of a detection engine is ready, but before the detect threads are made
aware of the new detect engine, the active varname hash is swapped with
the staging instance.

For this to work, all the mappings from the 'current' or active mapping
are added to the staging table.

After the threads have reloaded and the new detection engine is active,
the old table can be freed.

For multi tenancy things are similar. The staging area is used for
setting up until the new detection engines / tenants are applied to
the system.

This patch also changes the variable 'id'/'idx' field to uint32_t. Due
to data structure padding and alignment, this should have no practical
drawback while allowing for a lot more vars.

detect: use engine version instead of id

Use engine version based on global detect engine master. This is
incremented between reloads.

detect: ssh_software sticky buffer

detect: ssh_proto stickybuffer

detect: remove unused SIGMATCH_PAYLOAD flag

detect: remove unused state file flag

detect: small API cleanup

detect: move file hash common code

detect: unify FileMatch API with other calls

detect: remove DMATCH list

flow: remove unused Flow::de_state

detect: remove the AMATCH list

detect: remove AppLayerMatch API call

dce: dynamic lists

smb/dcerpc: use tx api

dcerpc: simplify common detect code

ftp: parser and ftpbounce update

Convert parser to TX API.

Convert ftpbounce keyword to use that.

detect: move lua smtp support to dynamic list

lua: convert lua output to be tx aware

detect: make ssh detection use dynamic list

ssh: remove single logger limit

ssh: convert app-layer parser to be tx aware

Like with SSL, there is only a single 'tx'.

lua: use tls_generic list for ssl/tls

detect ssl/tls: use dynamic lists

ssl/tls: clean up keywords

detect: convert old tls keywords to dynamic list

tls.store: convert to postmatch

tls.store: cleanup

app-layer-events: remove unused API options

detect: http_start sticky buffer

Matches on the start of a HTTP request or response.

Uses a buffer constructed from the request line and normalized request
headers, including the Cookie header.

Or for the response side, it uses the response line plus the
normalized response headers, including the Set-Cookie header.

Both buffers are terminated by an extra \r\n.

detect: add http_protocol sticky buffer

Matches on protocol field in HTTP.

http_header: convert to use common code

http_header: common detection code

http_header: remove old files

http_header: move all code into keyword files

detect: http_header_names sticky buffer keyword

A sticky buffer that allows content inspection on a contructed buffer
of HTTP header names. The buffer starts with \r\n, the names are
separated by \r\n and the end of the buffer contains an extra \r\n.

E.g. \r\nHost\r\nUser-Agent\r\n\r\n

The leading \r\n is to make sure one can match on a full name in all
cases.

detect: global registery for keyword thread data

Some keywords need a scratch space where they can do store the results
of expensive operations that remain valid for the time of a packets
journey through the detection engine.

An example is the reconstructed 'http_header' field, that is needed
in MPM, and then for each rule that manually inspects it. Storing this
data in the flow is a waste, and reconstructing multiple times on
demand as well.

This API allows for registering a keyword with an init and free function.

It it mean to be used an initialization time, when the keyword is
registered.

profiling: output all sort options for rules

Limit the default number of sids to 10.

profiling: honor limit in json rule output

profiling: fix keyword profiling