detect: track prefilter by progress, not engine

Fix FNs in case of too many prefilter engines. A transaction was tracking
which engines have run using a u64 bit array. The engines 'local_id' was
used to set and check this bit. However the bit checking code didn't
handle int types correctly, leading to an incorrect left shift result of
a u32 to a u64 bit value.

This commit addresses that by fixing the int handling, but also by
changing how the engines are tracked.

To avoid wasting prefilter engine tracking bit space, track what
ran by the progress they are registered at, instead of the individual
engine id's. While we can have many engines, the protocols use far
fewer unique progress values. So instead of tracking for dozens of
prefilter id's, we track for the handful of progress values.

To allow for this the engine array is sorted by tx_min_progress, then
app_proto and finally local_id. A new field is added to "know" when
the last relevant engine for a progress value is reached, so that we
can set the prefilter bit then.

A consquence is that the progress values have a ceiling now that
needs to fit in a 64 bit bitarray. The values used by parsers currently
does not exceed 5, so that seems to be ok.

Bug: #4685.
(cherry picked from commit 932cf0b6a6ad1d34fffe8dd92c14b5bc32c9f6fe)

detect: unify alert handling; fix bugs

Unify handling of signature matches between various rule types and
between noalert and regular rules.

"noalert" sigs are added to the alert queue initially, but removed
from it after handling their actions. This way all actions are applied
from a single place.

Make sure flow drop and pass are mutually exclusive.

The above addresses issue with pass and drops not getting applied
correctly in various cases.

Bug: #4663
Bug: #4670

(cherry picked from commit aa93984b7e58d3d8c1323f86bdaff937f8b8bd1e)

detect: remove dead code

(cherry picked from commit ae89874b066c91675b809e8cf992d780331efb1c)

dns: improve probing parser

Checks opcode is valid
Checks additional_rr do not exceed message length
Better logic for incomplete cases

(cherry picked from commit 9e7ea631b2a067609c500539cd3a7a139f39c3e4)

nfs: improve probing parser

Checks credentials flavor is known

(cherry picked from commit b3c1f2ab489c22494900476426fd5cad9ba08cd1)

enip: improve probing parser

Strict length for register sessions
NOP command must have options=0

(cherry picked from commit 0c948142b93a2de0ede0a65e6ddb650f2a2239bc)

util/lua-common: use lua_pushnumber for SCFileInfo

(cherry picked from commit b3f447a0df0d389184febc06dc7445ddcae940e2)

util/lua-common: use pushinteger w/ byte & pkt cnt

LuaCallbackStatsPushToStackFromFlow tuple is composed of integer values
not all of them had been converted to lua_pushinteger yet.

(cherry picked from commit 8b53468d32e5b14817a41c6b0656cd3569a87749)

util/lua-common: update copyright year

(cherry picked from commit 82cd125c62ac349c529582455eae19455fe2d50f)

util-lua-common: use lua_pushinteger w/ int values

replace lua_pushnumber with lua_pushinteger for SCFlowStats and
SCRuleIds.

(cherry picked from commit 9b6ce274877ca825dbcbda0a7e540660004b5390)

lua/output: fix typo

(cherry picked from commit 00d7a152eb730158be4840d224430bd0331e8ec6)

lua: use pushinteger for int in flow/packet tuples

(cherry picked from commit 7592a9be433b9decba1c40928e6840d0a5071ace)

doc/lua-functions: add sha items to SCFileInfo doc

(cherry picked from commit 751906b71d95380e64779f569b08195d6f388a2e)

util/lua-common: fix SCFileInfo bug & doc comment

The callback for FileInfo was returning the wrong value, resulting
in loss of some tuple values for one calling SCFileInfo in a script.

The documentation comment wasn't mentioning the sha items that are
pushed.

(cherry picked from commit 1315cb793b884140b51e9934ebbdc7493be22db5)

http2: better file tracking

If an HTTP2 file was within only ont DATA frame, the filetracker
would open it and close it in the same call, preventing the
firther call to incr_files_opened

Also includes rustfmt again for all HTTP2 files

(cherry picked from commit bb98a18b3d6d104d11a105aea3886d3daa5956cf)

ftp: support per-tx file accounting

(cherry picked from commit 04ba6dc1384410517a8450a47221e72d22fbc801)

smb: add debug validation on file counts

(cherry picked from commit c9cee7af4985d569b34dc080be615b19eb5180a9)

smb: count files in tx

(cherry picked from commit 114d3ba7307db7ab449bffae2c2dcb48e6b8f08d)

http2: support per-tx file accounting

(cherry picked from commit c1dfb619c4313f66322f89969e54c4ea01bbb9dc)

nfs: add debug validation on file counts

(cherry picked from commit 1b3c3225cdc9d834d3a96aa239fb76b228859492)

nfs: support per-tx file accounting

(cherry picked from commit 1d48601c258e944c1c3f9510b2707a6a2415a671)

nfs: don't reuse file transactions

After a file has been closed (CLOSE, COMMIT command or EOF/SYNC part of
READ/WRITE data block) mark it as such so that new file commands on that
file do not reuse the transaction.

When a file transfer is completed it will be flagged as such and not be
found anymore by the NFSState::get_file_tx_by_handle() method. This forces
a new transaction to be created.

(cherry picked from commit 67759795c6405e449a80b282d290f84dc0fcd778)

http: support per-tx file accounting

(cherry picked from commit d74c18ee28fbda3a5b6d2ddb157cae90b70da0bf)

filestore: store chunks in packet direction

Storing too early can lead to files being considered TRUNCATED if the
TCP state is not yet CLOSED when logging is triggered. This has been
observed with FTP-DATA and might also be an issue with simple HTTP.

(cherry picked from commit ca124b033ef408501897e0517eaf79d2196c68d9)

filestore: track files getting stored per tx

Avoid evicting a tx before the filedata logger has decided it is
done.

(cherry picked from commit 56d3e28a3a122178270e81b73783e0f126486232)

app-layer/transactions: track files opens and logs

To make sure a transaction is not evicted before all file logging is complete.

(cherry picked from commit c78f5ac3169e8b4539c49fde9d9aa8fa8465f40e)

eve/files: log in packet direction only

Bug: #3703.

Don't log files too soon.

(cherry picked from commit 45dc4cdeece538c6f383b6658deca7dc1e825181)

rules: add newer rule files to makefile for release tarball

(cherry picked from commit c93073c246cfabb091270dba8eb55b0c6e17d67a)

stream: update memcaps in code to match config

(cherry picked from commit b08a7b9a66d04f21241e8d1b75e0c6ff9ae69d8c)

http2: support deflate decompression

cf #4556

(cherry picked from commit 1378b2f45144676d98f3430728dcca3e09540921)

http2: set Debug on structs

(cherry picked from commit 20e8f90981a1a0dca448b00c897c1c583513c25f)

http2: document HTTP1 keywords enabling

For HTTP signatures to match on HTTP2 traffic if configure
option app-layer.protocols.http2.http1-rules is enabled

ipv6: decoder event on invalid length

From RFC 2460, section 4.5,
each fragment, except the last one, must have a length
which is a multiple of 8

(cherry picked from commit ca760e305cd74933b685b1bd5be795b24a7d94a7)

rust: bump bitflags dependency version

So that lexical-core, needed by nom, and using bitflags
is used with version 0.7.5 instead of version 0.7.0
which fixed the fact that BITS is now a reserved keyword
in nightly version

(cherry picked from commit 0105d4f017127f9696646e7d0176caec47a7c169)

ci: dummy git configuration for rebase

(cherry picked from commit 7fa3e8df615215a1628fc1e37f4913d93ced3a92)

ci: rebase specified s-v pr

So that CI does not fail, if suricata PR got upgraded in a new
version, but S-V PR did not get upgraded, and S-V changed
in master

(cherry picked from commit 3e81d20a71deb2a061d3f86430b88b8bdd4b7d6d)

github-ci: enable hiredis on fedora 33 build

(cherry picked from commit def636383ec2f917e3bdb20ee6619de226afca52)

ci: update known rust version

Update RUST_VERSION_KNOWN to the latest stable known to succeed. Also
updates the documentation to avoid confusion around the use of this
variable.

(cherry picked from commit f629321de06043214e69a56d8259a1e781535293)

travis: remove ci file as we switched to github-ci

(cherry picked from commit 28548b072b8ebd3e40ec8e0c6b96ebb794522a96)

threading: don't pass locked flow between threads

Previously the flow manager would share evicted flows with the workers
while keeping the flows mutex locked. This reduced the number of unlock/
lock cycles while there was guaranteed to be no contention.

This turns out to be undefined behavior. A lock is supposed to be locked
and unlocked from the same thread. It appears that FreeBSD is stricter on
this than Linux.

This patch addresses the issue by unlocking before handing a flow off
to another thread, and locking again from the new thread.

Issue was reported and largely analyzed by Bill Meeks.

Bug: #4478
(cherry picked from commit 9551cd05357925e8bec8e0030d5f98fd07f17839)

counters: only print alerts if stats are enabled

(cherry picked from commit a17da8374a905ad31a4fa66f85ee1cc73b857389)

macset: adjust test to pass after fix

(cherry picked from commit cd40fcdea710349bb998fbc4323c94394bf69c98)

macset: fix memory size check

(cherry picked from commit 328bdf2c61a2b04ce1b3cde3063a07f170134717)

flow: be sure to check hash till the end

(cherry picked from commit d7468c55ca4a8375ca6ca12396a4c61af6465041)

flow: add comment on flow handling

(cherry picked from commit e531530a67789f895360200fa9d5874d3dcd7511)

stream: increase memcap on memory errors

(cherry picked from commit c1bffa9545b8aa9d0fc64ac6511edd34919135d7)

flow: fix a debug assert

As the FlowBypassedTimeout function is interacting with the capture
method it is possible that the return changes between the call that
did trigger the timeout and the actual state (ie if packets arrive
in between the two calls). So we should not use the call to
FlowBypassedTimeout in the assert.

(cherry picked from commit cce7e4f4cb28485f2e43630b4baf7a77449af707)

flow: more accurate flow counters

Don't increment the flow timeout counter for flows that are not
really timeout (as use_cnt is non zero). And also don't take into
account bypassed flows in the counter for flow timeout in use.

(cherry picked from commit 9a4ef6b8fc290a83ad0d17c036d8a93b5c02689c)

flow/worker: handle timeout edge case

In the flow worker timeout path it is assumed that we can hand off
flows to the recycler after processing, implying that `Flow::use_cnt` is 0.
However, there was a case where this assumption was incorrect.

When during flow timeout handling the last processed data would trigger a
protocol upgrade, two additional pseudo packets would be created that were
then pushed all the way through the engine packet paths. This would mean
they both took a flow reference and would hold that until after the flow
was handed off to the recycler. Thread safety implementation would make
sure this didn't lead to crashes.

This patch handles this case returning these packets to the pool from
the timeout handling.

(cherry picked from commit c51042e0934fd328010d41d9405fd643855aba89)

flow/worker: set proper end flag

(cherry picked from commit c5556b5dd9b9430bddd7a79917db6bc14642b090)

flow/manager: set proper end flag

(cherry picked from commit 61f6fe037df2b1cabd1a763f099ca62714c6c3da)

detect/analyzer: suggest modern keywords

(cherry picked from commit b55b327db1590ae7e8ccb1a9ada9ddaa29a900bb)

detect/analyzer: fix json output for warnings/notes

(cherry picked from commit 57f7612ffd6de650943607f2fb168015e45a39e1)

release: 6.0.3; update changelog; require htp 0.5.38

rust/ike: suppress some compile warnings when not debug

Due to ef5755338fa6404b60e7f90bfbaca039b2bfda1e, the variables
that are only used for debug output now emit unused variable
warnings when Suricata is not built with debug. Prefix these
variables with _ to suppress these warnings.

ikev2: remove transforms fields

swf: right input length for decompression

(cherry picked from commit 4d2f9cc8a0409bb03f5d285bb83d64afec08ba2a)

detect: set event if max inspect buffers exceeded

If a parser exceeds 1024 buffers we stop processing them and
set a detect event instead. This is to avoid parser bugs as well as
crafted bad traffic leading to resources starvation due to excessive
loops.

(cherry picked from commit e611adf3dc5b531a9d0ef9b861b4dbe0e150eae6)

detect: fix multi inspect buffer issue; clean up

Fix multi inspect buffer API causing cleanup logic in the single
inspect buffer paths. This could lead to a buffer overrun in the
"to clear" logic.

Multi buffers now use InspectionBufferSetupMulti instead of
InspectionBuffer. This is enforced by a check in debug validation.

Simplify the multi inspect buffer setup code and update the callers.

(cherry picked from commit 3dc50322db0efb92683b9578c7dccd1fae4b5cb2)

rust: SCLogDebug is real nop when built as release

Before, even if there were no outputs, all the arguments
were evaluated, which could turn expensive

All variables which are used only in certain build configurations
are now prefixed by underscore to avoid warnings

(cherry picked from commit ef5755338fa6404b60e7f90bfbaca039b2bfda1e)

mqtt: move sub/unsub limits into app-layer config

(cherry picked from commit 3c1cc1e345bc9f78988411efa8461351d24efe98)

detect/mqtt: add topic inspection limit

We add a new 'mqtt.(un)subscribe-topic-match-limit' option
to allow a user to specify the maximum number of topics in
a MQTT SUBSCRIBE or UNSUBSCRIBE message to be evaluated
in detection.

(cherry picked from commit 4c0ef73bf21f5b07c5c34fd2dc5f6d9c166bc6da)

detect: use u32 for InspectionBufferMultipleForList

So that we do not have an endless loop casting index to
u16 and having more than 65536 buffers in one transaction

Changes for all protocols, even ones where it is impossible
to have such a pattern, so as to avoid bad pattern copy/paste
in the future

(cherry picked from commit 7d0a39412bb451443a4e19e6571ab86a0583214c)

dcerpc: handles bigger inputs than 2^16

By comparing integers with the largest size

(cherry picked from commit 6f03ee2e47d331aa29524d81777c970415b817f1)

smtp: null terminate before calling strtoul

by copying in a temporary buffer
as is done in ByteExtractString

(cherry picked from commit 33fa7ab5969d3fc5ca088c003bd4dbfe76d77b6b)

stream/tcp: avoid evasion linked to ACK handling

Actual code will completely discard TCP analysis of a packet that
don't have the ACK bit set but have a ACK value set. This will be
for example the case of all SYN packets that have a ACK value.

Problem is that these type of packets are legit for the operating
systems and for the RFC. The consequence is that an attacker
sending a SYN packet with a non null ACK value will open succesfully
a TCP session to its target and this session will have no protocol
discovery, no TCP streaming and no application layer analysis.
Result is  a quasi full evasion of the TCP stream that will only
appear in the flow log if this log is enable or alert on tcp-pkt
signature that are uncommon.

The patch is updating the code to only discard packets that do not
have the SYN flag set. This prevents the evasion and complies with the
RFC that states that the ACK bit should always be set once the
TCP session is established.

This addresses CVE-2021-35063.

Fixes: fa692df37 ("stream: reject broken ACK packets")
Bug: #4512.

dnp3: fixes use after realloc/free in output

OutputJsonBuilderBuffer can realloc the buffer
So, we need to give it the right reference

doc: update sphinx api to use add_css_file

instead of deprecated add_stylesheet

(cherry picked from commit 95f225e8fbd5d352a8ca86cd317f908034966ed4)

rust/template: suppress unread variable warning

Suppress the warning about an unused variable in the template
parser. As this is just a template I think this is OK, however
master should make sure this variable is used, if only to be
more self documenting.

rust: fix warnings with nightly

modbus: fix memory leak in signature parsing

Bug: #4538.

config: fix null dereference in MacSetRegisterFlowStorage

Crash happens with
--set outputs.eve-json.types.files.force-magic=yes

(cherry picked from commit 8bf653054025e6297f05ec211a0baa44cf795704)

http2: make http1 rules work on http2 traffic optional

proto: introduce signature protocol, as extension to flow protocol

AppProtoEquals function allows to check if a flow protocol
matches a signature protocol

This allows HTTP1 keywords on HTTP2 traffic

ftp: ftp-data recognized by StringToAppProto

(cherry picked from commit 43f25f127f069292e5e92377b82d40df2c3cb2d4)

http2: http.stat_code keyword now works for HTTP2

(cherry picked from commit 1e96272576cc6cd734f973e16594dbc1a1e383f6)

http2: http.cookie keyword now works for HTTP2

(cherry picked from commit 999327ba1f02904f219c4ffe6ff1d952facddc92)

http2: makes all HTTP1 header keywords work

(cherry picked from commit 017e39d8fd59028d07efa281c8fb9250b33a056f)

http2: http.host.raw keyword now works for HTTP2

(cherry picked from commit df039555bce1ca52f93a34cd1dc8f8ef43e6d05d)

http2: http.method keyword now works for HTTP2

(cherry picked from commit 1e82d0b3c88309461252680fe87bd4bdeaf2b26b)

http2: http.user_agent keyword now works for HTTP2

(cherry picked from commit 47928babfc4adcd897aaa8c485f031683caf8f78)

http2: http.uri.raw keyword now works for HTTP2

(cherry picked from commit 5d676c5998aeb33c529e8ee8efcaa2fdf10324ef)

http2: http.uri keyword now works for HTTP2

cf #4067

(cherry picked from commit a98d0fe6edcd6bd5af460c067caca3021f543587)

http2: allow http1 keywords for http2 traffic

Adding a special case in DetectSignatureSetAppProto

http2: only mimic http1 request if there is one

That may not be the case in midstream/async configurations

(cherry picked from commit d00b755b647a69eb4d4a10adb57be45fd4d14c7d)

thresholds: Fix buffer overflow in threshold context

th_entry is resized using ThresholdHashRealloc() every time a rule with
a threshold using by_rule tracking is added. The problem is that this is
done before the rules are reordered, so occasionally a rule with by_rule
tracking gets a higher signature number (after reordering) than the
number of th_entries allocated, causing Suricata to crash.

This commit fixes this by allocating th_entries after all the rules are
loaded and reordered.

Backtrace from core dump:

  Program terminated with signal SIGSEGV, Segmentation fault.

  #0  0x000000000051b381 in ThresholdHandlePacket (p=p@entry=0x7fb0080f3960, lookup_tsh=0x51, new_tsh=new_tsh@entry=0x7fb016c316e0, td=td@entry=0x14adedf0, sid=9800979, gid=1, pa=0x7fb0080f3b18)
      at detect-engine-threshold.c:415
  415>----                if (TIMEVAL_DIFF_SEC(p->ts, lookup_tsh->tv1) < td->seconds) {

Bug #4503.

(cherry picked from commit 2a326421aa29154ebfaada3888974a634feb5f56)

thresholds: syntax fixes

Fix syntax of if statement in SigGetThresholdTypeIter()

(cherry picked from commit f47e4375b3310554c13561efb2f382f04bd24340)

thresholds: remove unneeded function argument

Remove packet pointer from SigGetThresholdTypeIter() as it is
unused.

(cherry picked from commit b0b4fab7949dddeaf4c1b844c403dcc2c2470595)

rust: fix app-layer parser flags

This especially allows for SSH bypass to work

(cherry picked from commit fdab22d924702168e3b7d07d061009ebdcfa9aa9)

ftp: completely parses pasv and epsv responses

(cherry picked from commit ca6e434e0b84dc8478763dc0a8716c5e3686a99a)

unix-socket: reset to ready state on startup

As part of commit ea15282f47c6ff781533e3a063f9c903dd6f1afb,
some initialization was moved to happen even in unix socket mode,
however, this initialization does setup some loggers that can only have
one instance enabled (anomaly, drop, file-store).

This will cause these loggers to error out on the first pcap, but work
on subsequent runs of the pcap as some deinitialization is done after
each pcap.

This fix just runs the post pcap-file deinitialization routine to
reset some of the initialization done on startup, like is done after
running each pcap in unix socket mode.

Redmine issue:
https://redmine.openinfosecfoundation.org/issues/4225

Additionally this prevents alerts from being logged two times
on the first run of a pcap through the unix socket:

Redmine issue:
https://redmine.openinfosecfoundation.org/issues/4434

(cherry picked from commit 488d5fb34284f7e5be760edeca7607209cfa4b5e)

http2: make decompression a configure-time option

http2: have filecontainer for both directions

(cherry picked from commit 6fe8bce3b0c653df8e72bdb81bc235672386b8b1)

http2: adds check about dynamic headers table size

(cherry picked from commit 3de0123ffbf355e3d3de318080f18bd639ec9beb)

http2: remove dead code

(cherry picked from commit de280c47d9776c3c16743bb01f8cceb6e97ad94a)

http2: remove assertion which can be wrong

Brotli decoder stops consuming input it it reaches the
end of its input

(cherry picked from commit b3c502d572693368aba277d28aefc9c9cfe685af)

http2: pass data through when decompression fails

as is done for HTTP1

(cherry picked from commit 1ca4f041bb452742f326985479fca9a02473649f)

http2: decompression for files

gzip and brotli decompression for files

(cherry picked from commit d8612282149df27be47f7aaba906ea08dcc3952e)

rust: BIT_U16 macro utility

(cherry picked from commit 2e46b5d1001d61da2131c42554eff10b7400ad81)

rust: better panic message for missing file config

(cherry picked from commit aee8e601491c60aac9ee158918a4110df87bcc1e)