Fix crash in AppLayer Proto Detect

The App Proto Detect code would use the wrong pattern count to
index a results array, leading to SEGVs.

Bug #1080.

Cygwin: make configure pass with -Werror

Cygwin: fix compilation

tm-threads.c:1190:5: error: unknown type name ‘DWORD’

Fix compiler warning:

array subscript has type ‘char’ [-Werror=char-subscripts]

Fix coccinelle autotools check

coccinelle: add --disable-coccinelle to configure

This allows disabling of the expensive cocci QA checks during
QA.

pool thread: undo CLS alignment

This breaks clang on 32bit.

Test PoolThreadTestGrow01                                         : process killed by signal 11

Fix unittest size_t printing on 32bit

dns: tag each tx we get a reply for as replied

Also, detect and print when server says recursion is desired.

DNS: don't store duplicate queries

When an exact duplicate DNS query is received, don't store it in the
tx.

memcmp: convert all pointer arguments to be const pointers, like memcmp itself uses.

dns log: cleanups

app-layer: API calls to check for TX aware proto

Introduce AppLayerParserProtocolIsTxAware which returns 1 if protocol
is Tx aware, 0 if not.

Remove GCC -no-strict-aliasing compiler flag.

GCC typically generates better code without the -no-strict-aliasing flag.
It is only required if code makes assumptiosn that break strict aliasing.
The unit tests pass on x86 and Tile without the flag.

Fix PmqSetup() argument removal in ac-tile MPM unit tests.

Needed to remove the second argument from all the calls, which was always 0
and was removed in other tests in a previous checkin.

counters: fix 2 scan-build warnings

counters.c:1069:13: warning: Potential leak of memory pointed to by 'temp'
            SCMutexUnlock(&sc_perf_op_ctx->pctmi_lock);
            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
./threads.h:121:28: note: expanded from macro 'SCMutexUnlock'
                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
counters.c:1156:16: warning: Potential leak of memory pointed to by 'pca'
        return NULL;
               ^~~~
/usr/include/clang/3.3/include/stddef.h:77:24: note: expanded from macro 'NULL'
                       ^
2 warnings generated.

app-layer: configurable GetActiveTxId function

In preparation of a patchset that will allow for disabling the detect
module, this patch introduces a way to register a function for getting
the lowest active tx id. This is used by the app layer for cleaning up
transactions that already fully inspected, and by the flow timeout code
to determine if a flow is fully inspected and logged at timeout.

The registration function RegisterAppLayerGetActiveTxIdFunc allows for
registration of a custom function of type:
  uint64_t (*GetActiveTxIdFunc)(Flow *f, uint8_t flags);

If no function is called, AppLayerTransactionGetActiveDetectLog is used,
which implements the existing behaviour of considering both the
inspect_id's and the log_id.

Clean up TX clean up

In AppLayerTransactionsCleanup instead of figuring out 'done' tx id's
itself, now call AppLayerTransactionGetActive for both directions to
figure out the completed TX id's.

stream: don't send empty streammsg at stream end

No longer send an empty StreamMsg through the engine on stream end,
the messages were ignored anyway.

stream: increase max StreamMsg data

Increase from 4024 bytes to 4072 to make the whole structure
4096 again.

stream: remove flags from StreamMsg

stream: remove per thread queue for stream msgs

StreamMsgs would be stored in a per thread queue before being
attached to the tcp ssn. This is unnecessary, so this patch
removes this queue and puts the smsgs into the ssn directly.

Large patch as it affects a lot of tests.

stream: remove flow reference from StreamMsg

StreamMsg' flow reference was used mostly to make sure a flow would
not get removed from the hash before inspection. For this it needed
to reference the flow use_cnt reference counter. Nowadays we have
more advanced flow timeout handling. This will make sure that if
there still are pending smsgs' in a flow, these will still be
processed.

stream: pass TcpSession to StreamTcpReassembleProcessAppLayer

Preparation for removing flow pointer from StreamMsg. Instead of
getting the ssn indirectly through StreamMsg->flow, we pass it
directly as all callers have it already.

stream msg: remove structure

stream: remove unused gap structure from StreamMsg.

stream: no longer process STREAM_GAP smsgs

StreamSmgs are used for raw stream reassembly only. They could also
be used to tell the rest of the engine about sequence gaps. This was
a left over from the older implementation, where the app layer used
the smsgs as well.

Remove the old include support.

Correct coding style in decode-ethernet.c

This file is given as the example of correct coding style, so make sure it
follows the coding standard.

debug: default logging level is notice

Update the string in message because default logging level is
now notice and not info.

doxygen: document some functions

doxygen: document all code

This patch update doxygen configuration to have all possible functions
documented (even the one without doxygen formated comments). It can be
really useful to have that in case we are trying to get some information
on call graph for example.

doxygen: add profiling to generated doc.

Profiling code needs the PROFILING define to be documented.

Add missing UNITTESTS

There is no need for test functions to be build in normal code.

af-packet: update packet reading loop logic

This patch updates the logic of the packet acquisition loop. When
the reader loop function is called and when the data to read
at offset is a without data (kernel) or still used by suricata. We
try to iter for a loop on the ring to try to find kernel put by
data.
As we are entering the function because the poll said there was some
data. This allow us to jump to the data added to the ring by the
kernel.
When using suricata in autofp mode, with multiple detect threads and
packet acquisition threads attached to a dedicated CPU, the reader
loop function was looping really fast because poll call was returning
immediatly because we did read the data available.

prscript: add --norebase option

If --norebase option is provided, the prscript will start a build
that can be used to check if an out-of-sync branch pass the test.

htp layer: add memory cap counter

This patch adds a memcap counter for HTP memory usage. Counter
is increased each time an allocation is not done due to the memcap.

htp layer: add memory usage counter

This patch adds a memory counter for HTP memory usage. As
there is no thread variables available in application layer
the counter has been added to the TCP reassembly thread.

htp layer: use memcap for HTTP related allocations

This patch introduces wrapper functions around allocation functions
to be able to have a global HTP memcap. A simple subsitution of
function was not enough because allocated size needed to be known
during freeing and reallocation.

The value of the memcap can be set in the YAML and is left by default
to unlimited (0) to avoid any surprise to users.

Port unittest from bug #970 for util-mpm-ac.c to util-mpm-ac-tile.c

Passes on ac-tile too.

Add 8-bit states to ac-tile

When running with sgh-mpm-context: full, many more MPMs are created
(16K) and many are small. If they have less than 128 states, they only
need 1 byte for the next state instead of 2 bytes, cutting the size of
the next-state table in half. This reduces total memory usage.

Since that makes 3 different state sizes (1, 2 and 4 bytes), rather
than going from 2 copies of the code to create the MPM to 3, I
factored out the code that fills the next-state table into three
functions so that all the other code could be the same.

The search function is now parameterize for 8-bit and 16-bit state
sizes and alphabet sizes 8, 16, 32, 64, 128 and 256.

pfring: fix live device counter usage

Live device counter was in fact the number of packets seen by suricata
and not the total number of packet reported by pfring. This patch fixes
this by using counter provided by kernel instead.

Pfring kernel counter is per socket and is not cleared after read.
So to get the number of packet on the interface we can add the new
value for this thread and add it to the interface counter.

af-packet: fix live device counter usage

Live device counter was in fact the number of packets seen by suricata
and not the total number of packet reported by kernel. This patch fixes
this by using counter provided by kernel instead.
The counter is Clear On Read, so by adding the value fetch at each call
and earch sockets we get the number of packets and drops for the
interface.

capture: display exit stats at default verbosity

This patch updates capture modes not using LiveDecice counters
to display per-thread exit statistics with default verbosity.

device list: clean and display stat at exit

This patch adds a cleaning function to device list. This also
permits to display per-interface statistics during the exit.

Fix the segmentation fault while logging the host on the custom HTTP logger.
- Seems to be a regression introduced in the commit
  796bfab2317699779bb0d7dca257bb97083399d8 (fix was already done in commit
  ee0b21652b00f9398869b097c3ddceb9f86600a9)
- Doesn't happen with htplib v0.5.6, but it does in the latest, v0.5.9

coccinelle: protecting regexp operator is not needed

It seems there was an evolution of coccinelle and the protection
of regexp is not necessary anymore. And doing it causing the
expression not to match.

fix size_t printing

This two problem were found by the new version of the size_t cocci
test.

app-layer: only typedef opaque pointers once

app layer: void -> AppLayerProtoDetectThreadCtx

User AppLayerProtoDetectThreadCtx ptr instead of void.

Update tests to use AppLayerParserThreadCtx ptr instead of void. Fix a few bugs uncovered by this.

app-layer: Use opaque pointers instead of void

For AppLayerThreadCtx, AppLayerParserState, AppLayerParserThreadCtx
and AppLayerProtoDetectThreadCtx, use opaque pointers instead of
void pointers.

AppLayerParserState is declared in flow.h as it's part of the Flow
structure.

AppLayerThreadCtx is declared in decode.h, as it's part of the
DecodeThreadVars structure.

Fix HTPBodyReassemblyTest01 Asan error

Fix improper pointer assignment in HTPBodyReassemblyTest01, causing
ASAN to error out.

app-layer: rename AppLayerThreadCtx funcs

AppLayerParserGetCtxThread -> AppLayerParserThreadCtxAlloc
AppLayerParserDestroyCtxThread -> AppLayerParserThreadCtxFree

app layer: fix memory leak

Actually free the ctx in AppLayerParserDestroyCtxThread

app layer: uint16_t alproto -> AppProto alproto

This conversion was missing in a couple of places.

Use u8 for ipproto

In a few places in app layer and unittests u16 was used.

App Layer: cleanup state func naming

Rename functions related to AppLayerState to be more consistent.

Rename AppLayerProtoDetectCtxThread -> AppLayerProtoDetectThreadCtx

Rename AppLayerParserParserState -> AppLayerParserState

Rename AppLayerParserpCtx -> AppLayerParserProtoCtx

Rename AppLayerParserCtxThread -> AppLayerParserThreadCtx

Rename AppLayerCtxThread -> AppLayerThreadCtx

detect unittests: clang build fix and cleanups

A number of unittests would lead to clang build errors because
of unsafe det_ctx ptr usage. This patch fixes these and inits
det_ctx to NULL in the other detect tests.

App Layer: fix memory leaks

Call FlowCleanupAppLayer before setting f->proto to 0, as the former
bails out without doing anything if proto is 0.

Fix AppLayerProtoDetectPMFreeSignature related valgrind errors

app proto detect: fix valgrind test warnings

Only in unittests when debug is enabled would valgrind warn about
a print statement.

Cleanup and fix scan-build warning

Add comments and slightly refactor to make function more understandable
and fix a scan-build warning too.

scan-build fixes

profiling: fix compilation

Stream engine can't access app layer proto detection datatypes
anymore, so moved some of the logic into app-layer.c

compile fixes

Various style fixes

App layer API rewritten.  The main files in question are:
app-layer.[ch], app-layer-detect-proto.[ch] and app-layer-parser.[ch].

Things addressed in this commit:
- Brings out a proper separation between protocol detection phase and the
  parser phase.
- The dns app layer now is registered such that we don't use "dnstcp" and
  "dnsudp" in the rules.  A user who previously wrote a rule like this -

  "alert dnstcp....." or
  "alert dnsudp....."

  would now have to use,

  alert dns (ipproto:tcp;) or
  alert udp (app-layer-protocol:dns;) or
  alert ip (ipproto:udp; app-layer-protocol:dns;)

  The same rules extend to other another such protocol, dcerpc.
- The app layer parser api now takes in the ipproto while registering
  callbacks.
- The app inspection/detection engine also takes an ipproto.
- All app layer parser functions now take direction as STREAM_TOSERVER or
  STREAM_TOCLIENT, as opposed to 0 or 1, which was taken by some of the
  functions.
- FlowInitialize() and FlowRecycle() now resets proto to 0.  This is
  needed by unittests, which would try to clean the flow, and that would
  call the api, AppLayerParserCleanupParserState(), which would try to
  clean the app state, but the app layer now needs an ipproto to figure
  out which api to internally call to clean the state, and if the ipproto
  is 0, it would return without trying to clean the state.
- A lot of unittests are now updated where if they are using a flow and
  they need to use the app layer, we would set a flow ipproto.
- The "app-layer" section in the yaml conf has also been updated as well.

Use a typdef AppProto <-> uint16_t for representing app layer protocol.

Some minor refactoring/cleanup, including renaming functions.

Disabling the ssh parser temporarily, since we are moving away from some
of the archaic features we use in the app layer. We will reintroduce this
parser shortly. Also do note that keywords that rely on the ssh parser
would now be disabled.

Update Changelog for 2.0beta2

conf: fix potential use-after-free on error

Coverity 1139544

If strdup would fail, 'node' was freed but it wasn't set to NULL. The
code then returned node. The caller would not detect there was an error
and use the freed pointer.

stream: fix potential memory loss on error

Coverity 1139543.

If StreamTcpPseudoPacket would be called with len == 0, the packet
it acquired before checking the len value would be lost.

Revert TmqhFlowMode alignment as it breaks on CLANG

realloc error handling: remove unnecessary else branch

coccinelle: add test on realloc

If we use SCRealloc like:
 x = SCRealloc(x, ...)
then in case of failure we are loosing the original pointer value
and the memory is lost and can not be free.

This test just check for this construction and output an error if
it finds it.

Fix realloc error handling

This patch is fixing realloc error handling. In case of a realloc
failure, it free the initial memory and continue existing error
handling.

The patch has been obtained via the following semantic patch and
a bit oh hand editing:

@@
expression x, E;
identifier f;
@@

f(...)
{
+ void *ptmp;
<+...
- x = SCRealloc(x, E);
+ ptmp = SCRealloc(x, E);
... when != x
- if (x == NULL)
+ if (ptmp == NULL)
{
+ SCFree(x);
+ x = NULL;
...
- }
+ } else {
+     x = ptmp;
+ }
...+>
}

@@
expression x, E;
identifier f;
statement ES;
@@

f(...) {
+ void *ptmp;

<+...
- x = SCRealloc(x, E);
+ ptmp = SCRealloc(x, E);
... when != x
- if (x == NULL) ES
+ if (ptmp == NULL) {
+ SCFree(x);
+ x = NULL;
+ ES
+ } else {
+     x = ptmp;
+ }
...+>

}

@@
expression x, E;
identifier f;
@@

f(...)
{
+ void *ptmp;
<+...
- x = SCRealloc(x, E);
+ ptmp = SCRealloc(x, E);
... when != x
- if (unlikely(x == NULL))
+ if (unlikely(ptmp == NULL))
{
+ SCFree(x);
+ x = NULL;
...
- }
+ } else {
+     x = ptmp;
+ }
...+>
}

@@
expression x, E;
identifier f;
statement ES;
@@

f(...) {
+ void *ptmp;

<+...
- x = SCRealloc(x, E);
+ ptmp = SCRealloc(x, E);
... when != x
- if (unlikely(x == NULL)) ES
+ if (unlikely(ptmp == NULL)) {
+ SCFree(x);
+ x = NULL;
+ ES
+ } else {
+     x = ptmp;
+ }
...+>

}

Fix filemagic unittests on OS_DARWIN

Add const for Packet * in flow functions.

By moving FlowReference() out of FlowGetFlowFromHash() and into the one
function that calls it, all the flow functions take const Packet * instead
of Packet *.

defrag-config: fix a bug

A ptr to local var is stored in the radix tree currently,
this patch permits to alloc space to store host timeout
and thus also free it when data is removed.

defrag: fix compiler warning

defrag-config.c: In function 'DefragParseParameters':
defrag-config.c:105: warning: passing argument 2 of 'DefragPolicyAddHostInfo' from incompatible pointer type
make[3]: *** [defrag-config.o] Error 1

debug: fix realloc error checking on flowbit print

detect.c:1074:17: warning: Potential leak of memory pointed to by \
                                field 'debuglog_flowbits_names'
                return;

Bug #1062.

DER decoding: fix potential memory leak

This would only happen in memory failure conditions.

util-decode-der.c:634:27: warning: Potential leak of memory pointed to by 'child'
    return (Asn1Generic *)node;

detect-ssl: suppress harmless scan-build warning

detect-ssl-version.c:271:17: warning: Value stored to 'neg' is never read
                neg = 0;

stream: suppress minor scan-build warnings

stream-tcp-reassemble.c:2569:17: warning: Value stored to 'seg' is never read
                seg = seg->next;
                ^     ~~~~~~~~~
stream-tcp-reassemble.c:2587:17: warning: Value stored to 'seg' is never read
                seg = seg->next;

dns: suppress minor scan-build warnings

These were only used if debug is enabled.

app-layer-dns-tcp.c:407:13: warning: Value stored to 'length' is never read
            length = *data;
app-layer-dns-udp.c:236:13: warning: Value stored to 'length' is never read
            length = *data;

dns: suppress harmless cppcheck warning

[src/app-layer-dns-common.c:273]: (warning) Assignment of function \
                        parameter has no effect outside the function.

http: clear header pointer on realloc failure

Fixes:

detect-engine-hhd.c:188:5: warning: Use of memory after it is freed
    return headers_buffer;

dns: fix passing NULL to memcpy

app-layer-dns-common.c:401:5: warning: Null pointer passed as \
                              an argument to a 'nonnull' parameter
    memcpy(ptr, fqdn, fqdn_len);

log-http: fix compiler warning

log-httplog.c:180: warning: 'cvalue' may be used uninitialized in \
this function

defrag: pass u64 to ParseU64

Fixes: defrag-config.c:97: warning: passing argument 2 \
       of 'ParseSizeStringU64' from incompatible pointer type

Fix uninitialized variable warning.

These two lines reported warnings with -Werror -O3 on Tile.

Fix pfring so that zero-copy mode can work.

Detect when default_packet_size is zero, which enables zero-copy mode for
pfring and in that case, do what AF Packet does and set pkt_ext pointer to
the data and set PKT_ZERO_COPY flag.

Remove pkt variable from Packet structure.

The uint8_t *pkt in the Packet structure always points to the memory
immediately following the Packet structure. It is better to simply
calculate that value every time than store the 8 byte pointer.

Split AC-Tile MPM context into Search and Initialization structures.

Some of the fields in the SCACTileCtx struct are only used to create the MPM,
but are not needed to search the MPM. Create a new structure to contain just
the data needed by AC Search. After creating the MPM, copy the data into the
new structure and then free the memory only needed during initialization.

This reduces the size of the AC-Tile MPM context from 1360 bytes down to 296
bytes.