no-detect: handle protocols that have no logger

If a protocol parser is active without a logger when detection is
disabled, the transaction handling logic would fail. Now it will
return the proper tx id so we can clean up the complete transactions.

Add --disable-detection configure option

Add --disable-detection configure option to compile Suricata with
detection disabled.

Error out if -s/-S are used with disable detect

When Suricata is started with --disabled-detection, the -s and -S
options make no sense. So error out.

detect-less: disable raw reassembly

When using --disable-detection automatically disable raw stream
reassembly by forcing stream.reassembly.raw to be false.

detect-less: add log only TX handling function

When running w/o detect, TX cleanup handling needs to ignore the
inspect_id as it's only updated by detect.

This patch introduces a new ActiveTx handler for logging only:
AppLayerTransactionGetActiveLogOnly

If --disable-detection is passed on the commandline, this function
is registered.

Update main loop to handle detect-less

Update main startup and shutdown loops to work will when detect
is disabled. In this case de_ctx remains NULL.

update runmodes to handle detect-less

In runmodes setup, consider a NULL de_ctx to mean detect is disabled.

flow-time: handle detect-less case

Flow timeout code keeps track of thread module running detect, and
fails (hard) if it doesn't find it.

This changeset retrieves the global g_detect_disabled and passes
it to the timeout handling code during setup.

Introduce g_detect_disabled global

This global will be set to TRUE if detect is disabled. The reason for
adding a global is that there currently is no clean way to pass
configuration options to management threads.

Add --disable-detection commandline option

Flags the SuriInstance that the detection engine should be disabled.
Actual disabling is not yet implemented.

flow-timeout: change error logic

If FlowForceReassemblyForFlowV2 can't get packets to inject into the
engine, until now it would bail and retry later. In case of resource
starvation issues, this would cause a lot of lock contention, as the
flow manager would try over and over again.

This patch limits FlowForceReassemblyForFlowV2 to one try per flow,
if it fails... bad luck. It will only fail in serious conditions,
which means we must prefer the health of the engine over the proper
inspection of the flow in question.

app-layer-proto: speed up

AppLayer Proto detection code uses a mix of pattern search and
"probing parsers". The pattern search validates potential matches
using a single pattern search algo. The code was using SpmSearch
for this, but this made it inefficient as it builds a BoyerMoore
context for each search. This lead to significant memory pressure,
especially on high speed/bandwidth boxes.

This patch switches the search calls to BoyerMoore and BoyerMoore-
Nocase directly. This can be done as the ctx' were available already.

app-layer-event: refactor

Move app layer event handling into app-layer-event.[ch].
Convert 'Set' macro's to functions.
Get rid of duplication in Set and SetRaw. Set now calls SetRaw.
Fix potentential int overflow condition in the event storage.
Update callers.

app-layer: shrink AppLayerParserState

Change layout to be more efficient, shrinks structure with 8 bytes.

stream: use reassembly.memcap for stream chunks

Use the stream.reassembly.memcap for stream chunks (StreaMsg) as well.

stream: in SACK, always decrease memcap on free

We should always decrease the stream memcap on freeing SACK records.

pool: rename data structure fields to stack

Rename the following fields:
 -    uint32_t alloc_list_size;
 +    uint32_t alloc_stack_size;

 -    PoolBucket *alloc_list;
 +    PoolBucket *alloc_stack;

 -    PoolBucket *empty_list;
 -    uint32_t empty_list_size;
 +    PoolBucket *empty_stack;
 +    uint32_t empty_stack_size;

To reflect that these are in fact, stacks.

pool: remove tail tracking in alloc list

The list fully acts like a stack now.

pool: document some of the Pool:: fields.

pool: update internal counters at the proper time

Only update Pool::outstanding and Pool::allocated in PoolGet when
we are sure both Alloc and Init were successful.

stream: improve memcap checking

Only the TcpSegment structure would be checked for fitting in the
memcap, not the actual data.

stream: cast memcap checks to uint64_t

app-layer: parser cleanup

Use f->protomap instead of calling FlowGetProtoMapping. Don't use
TcpSession *ssn ptr for anything other than TCP

detect: use pflow pointer

Use pflow pointer in SigMatchSignatures consistently. Also, when
needing access to the ipproto, use p->proto, not p->flow->proto.

app-layer proto detect: optimization

Don't use FlowGetProtoMapping at runtime, use f->protomap instead.
Add safety check to make sure its value is within range, as it's
used to index an array.

Update unittests to initialized flows (somewhat).

Coverity 1153935: fix confusing sizeof

App-layer proto detect cleanups

Remove unnecessay inlining.
Rename functions with wrong naming scheme. E.g. AllocAppLayer.. instead
of AppLayer..Alloc.
Use AppProto instead of uint16_t.
Convert u16 ipproto cases to u8.

dns: add event for when memcap is reached

Raise event if state-memcap is reached for a flow.

dns: update counters

This patch updates the DNS counters from the main AppLayer entry
functions. Due to the limited scope of AppLayerThreadCtx some of
the logic had to be implemented in app-layer.c, where it doesn't
belong.

dns: register counters

Register dns memory counters.
Keep track of memcap reached conditions, and increment counters for
those.

app-layer: update UDP entry function

Update AppLayerHandleUdp to take the ThreadVars pointer as an
argument in prepraration of handling counters in this function.

Pass ThreadVars ptr to various thread init funcs

To be able to register counters from AppLayerGetCtxThread, the
ThreadVars pointer needs to be available in it and thus in it's
callers:

- AppLayerGetCtxThread
- DecodeThreadVarsAlloc
- StreamTcpReassembleInitThreadCtx

dns: add memcap checking

Add memuse tracking and memcap checking to the DNS parsers. Memuse
is tracked globally and per flow (state).

Memcaps are also checked per flow and globally before memory allocs
are done.

dns: make DNSTransactionAlloc static

dns: add memcap options

Add per state and global memcap option parsing.

dns: fix dns configure code

Yaml layout changed. DNS had to be updated to retrievel value
for dns flood from the correct location in the config tree.

Bug 1083 and 1084: add valgrind suppressions

Add suppressions as these are minor issues and likely not bugs in
Suricata.

app-layer-ssl: fix unusual memory leak

In some cases the TLS state pointers to subject and issuerdn could
be overwritten by a new memory allocation, causing us to loose
track of the old.

This has been observed in the case of improper VLAN handling, where
it was suspected that multiple unrelated TLS streams were mangled
together.

app-layer-ssl: style fixes

Coding style fixes for TLS handshake parser.

app-layer-ssl: code cleanup

Don't alloc a void ptr and then cast in every operation. Instead,
alloc a SSLState ptr and only case to void on returning the ptr.

util-device: use safe tailq foreach

The loop is freeing elements so we need to use the safe version
of TIALQ_FOREACH.

This fixes a valgrind error:

 Thread 1 Suricata-Main:
 Invalid read of size 8
    at 0x8E129C: LiveDeviceListClean (util-device.c:167)
    by 0x89B742: main (suricata.c:2284)
  Address 0x8382988 is 24 bytes inside a block of size 40 free'd
    at 0x4C2A70C: free (vg_replace_malloc.c:468)
    by 0x8E1297: LiveDeviceListClean (util-device.c:179)
    by 0x89B742: main (suricata.c:2284)

Bug 980: fix HTTP memory cleanup at shutdown

Buffers in per thread HTTP header, client body and server body storage
would be freed based on the usage indicator instead of the size
indicator.

As the usage indicator (e.g. hsbd_buffers_list_len) could be reset
while leaving the memory untouched for later reuse, the free function
would not iterate over all memory blocks.

Removed DrMemory suppressions as well.

Bug #980.

af-packet: fix problem introduced in recent commit

Logic of patch 98e4a14f6d59fe8928fd6e2af3d9c3e8b42d00bf was correct
but implementation is wrong because TP_STATUS_KERNEL is equal to
zero and thus can not be evaluated in a binary operation. This patch
updates the logic by doing two tests.

Reported-by: Alessandro Guido

Remove BUG_ON(1) in app layer event second stage preparation function.

This lets us single out and print rules that result in a failure, than
just post a core dump.

Fix make distcheck for Tile

src/Makefile.am was missing util-mpm-ac-tile-small.c which caused
release tarballs for fail to build on Tile-Gx.

Fix crash in AppLayer Proto Detect

The App Proto Detect code would use the wrong pattern count to
index a results array, leading to SEGVs.

Bug #1080.

Cygwin: make configure pass with -Werror

Cygwin: fix compilation

tm-threads.c:1190:5: error: unknown type name ‘DWORD’

Fix compiler warning:

array subscript has type ‘char’ [-Werror=char-subscripts]

Fix coccinelle autotools check

coccinelle: add --disable-coccinelle to configure

This allows disabling of the expensive cocci QA checks during
QA.

pool thread: undo CLS alignment

This breaks clang on 32bit.

Test PoolThreadTestGrow01                                         : process killed by signal 11

Fix unittest size_t printing on 32bit

dns: tag each tx we get a reply for as replied

Also, detect and print when server says recursion is desired.

DNS: don't store duplicate queries

When an exact duplicate DNS query is received, don't store it in the
tx.

memcmp: convert all pointer arguments to be const pointers, like memcmp itself uses.

dns log: cleanups

app-layer: API calls to check for TX aware proto

Introduce AppLayerParserProtocolIsTxAware which returns 1 if protocol
is Tx aware, 0 if not.

Remove GCC -no-strict-aliasing compiler flag.

GCC typically generates better code without the -no-strict-aliasing flag.
It is only required if code makes assumptiosn that break strict aliasing.
The unit tests pass on x86 and Tile without the flag.

Fix PmqSetup() argument removal in ac-tile MPM unit tests.

Needed to remove the second argument from all the calls, which was always 0
and was removed in other tests in a previous checkin.

counters: fix 2 scan-build warnings

counters.c:1069:13: warning: Potential leak of memory pointed to by 'temp'
            SCMutexUnlock(&sc_perf_op_ctx->pctmi_lock);
            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
./threads.h:121:28: note: expanded from macro 'SCMutexUnlock'
                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
counters.c:1156:16: warning: Potential leak of memory pointed to by 'pca'
        return NULL;
               ^~~~
/usr/include/clang/3.3/include/stddef.h:77:24: note: expanded from macro 'NULL'
                       ^
2 warnings generated.

app-layer: configurable GetActiveTxId function

In preparation of a patchset that will allow for disabling the detect
module, this patch introduces a way to register a function for getting
the lowest active tx id. This is used by the app layer for cleaning up
transactions that already fully inspected, and by the flow timeout code
to determine if a flow is fully inspected and logged at timeout.

The registration function RegisterAppLayerGetActiveTxIdFunc allows for
registration of a custom function of type:
  uint64_t (*GetActiveTxIdFunc)(Flow *f, uint8_t flags);

If no function is called, AppLayerTransactionGetActiveDetectLog is used,
which implements the existing behaviour of considering both the
inspect_id's and the log_id.

Clean up TX clean up

In AppLayerTransactionsCleanup instead of figuring out 'done' tx id's
itself, now call AppLayerTransactionGetActive for both directions to
figure out the completed TX id's.

stream: don't send empty streammsg at stream end

No longer send an empty StreamMsg through the engine on stream end,
the messages were ignored anyway.

stream: increase max StreamMsg data

Increase from 4024 bytes to 4072 to make the whole structure
4096 again.

stream: remove flags from StreamMsg

stream: remove per thread queue for stream msgs

StreamMsgs would be stored in a per thread queue before being
attached to the tcp ssn. This is unnecessary, so this patch
removes this queue and puts the smsgs into the ssn directly.

Large patch as it affects a lot of tests.

stream: remove flow reference from StreamMsg

StreamMsg' flow reference was used mostly to make sure a flow would
not get removed from the hash before inspection. For this it needed
to reference the flow use_cnt reference counter. Nowadays we have
more advanced flow timeout handling. This will make sure that if
there still are pending smsgs' in a flow, these will still be
processed.

stream: pass TcpSession to StreamTcpReassembleProcessAppLayer

Preparation for removing flow pointer from StreamMsg. Instead of
getting the ssn indirectly through StreamMsg->flow, we pass it
directly as all callers have it already.

stream msg: remove structure

stream: remove unused gap structure from StreamMsg.

stream: no longer process STREAM_GAP smsgs

StreamSmgs are used for raw stream reassembly only. They could also
be used to tell the rest of the engine about sequence gaps. This was
a left over from the older implementation, where the app layer used
the smsgs as well.

Remove the old include support.

Correct coding style in decode-ethernet.c

This file is given as the example of correct coding style, so make sure it
follows the coding standard.

debug: default logging level is notice

Update the string in message because default logging level is
now notice and not info.

doxygen: document some functions

doxygen: document all code

This patch update doxygen configuration to have all possible functions
documented (even the one without doxygen formated comments). It can be
really useful to have that in case we are trying to get some information
on call graph for example.

doxygen: add profiling to generated doc.

Profiling code needs the PROFILING define to be documented.

Add missing UNITTESTS

There is no need for test functions to be build in normal code.

af-packet: update packet reading loop logic

This patch updates the logic of the packet acquisition loop. When
the reader loop function is called and when the data to read
at offset is a without data (kernel) or still used by suricata. We
try to iter for a loop on the ring to try to find kernel put by
data.
As we are entering the function because the poll said there was some
data. This allow us to jump to the data added to the ring by the
kernel.
When using suricata in autofp mode, with multiple detect threads and
packet acquisition threads attached to a dedicated CPU, the reader
loop function was looping really fast because poll call was returning
immediatly because we did read the data available.

prscript: add --norebase option

If --norebase option is provided, the prscript will start a build
that can be used to check if an out-of-sync branch pass the test.

htp layer: add memory cap counter

This patch adds a memcap counter for HTP memory usage. Counter
is increased each time an allocation is not done due to the memcap.

htp layer: add memory usage counter

This patch adds a memory counter for HTP memory usage. As
there is no thread variables available in application layer
the counter has been added to the TCP reassembly thread.

htp layer: use memcap for HTTP related allocations

This patch introduces wrapper functions around allocation functions
to be able to have a global HTP memcap. A simple subsitution of
function was not enough because allocated size needed to be known
during freeing and reallocation.

The value of the memcap can be set in the YAML and is left by default
to unlimited (0) to avoid any surprise to users.

Port unittest from bug #970 for util-mpm-ac.c to util-mpm-ac-tile.c

Passes on ac-tile too.

Add 8-bit states to ac-tile

When running with sgh-mpm-context: full, many more MPMs are created
(16K) and many are small. If they have less than 128 states, they only
need 1 byte for the next state instead of 2 bytes, cutting the size of
the next-state table in half. This reduces total memory usage.

Since that makes 3 different state sizes (1, 2 and 4 bytes), rather
than going from 2 copies of the code to create the MPM to 3, I
factored out the code that fills the next-state table into three
functions so that all the other code could be the same.

The search function is now parameterize for 8-bit and 16-bit state
sizes and alphabet sizes 8, 16, 32, 64, 128 and 256.

pfring: fix live device counter usage

Live device counter was in fact the number of packets seen by suricata
and not the total number of packet reported by pfring. This patch fixes
this by using counter provided by kernel instead.

Pfring kernel counter is per socket and is not cleared after read.
So to get the number of packet on the interface we can add the new
value for this thread and add it to the interface counter.

af-packet: fix live device counter usage

Live device counter was in fact the number of packets seen by suricata
and not the total number of packet reported by kernel. This patch fixes
this by using counter provided by kernel instead.
The counter is Clear On Read, so by adding the value fetch at each call
and earch sockets we get the number of packets and drops for the
interface.

capture: display exit stats at default verbosity

This patch updates capture modes not using LiveDecice counters
to display per-thread exit statistics with default verbosity.

device list: clean and display stat at exit

This patch adds a cleaning function to device list. This also
permits to display per-interface statistics during the exit.

Fix the segmentation fault while logging the host on the custom HTTP logger.
- Seems to be a regression introduced in the commit
  796bfab2317699779bb0d7dca257bb97083399d8 (fix was already done in commit
  ee0b21652b00f9398869b097c3ddceb9f86600a9)
- Doesn't happen with htplib v0.5.6, but it does in the latest, v0.5.9

coccinelle: protecting regexp operator is not needed

It seems there was an evolution of coccinelle and the protection
of regexp is not necessary anymore. And doing it causing the
expression not to match.

fix size_t printing

This two problem were found by the new version of the size_t cocci
test.

app-layer: only typedef opaque pointers once

app layer: void -> AppLayerProtoDetectThreadCtx

User AppLayerProtoDetectThreadCtx ptr instead of void.

Update tests to use AppLayerParserThreadCtx ptr instead of void. Fix a few bugs uncovered by this.

app-layer: Use opaque pointers instead of void

For AppLayerThreadCtx, AppLayerParserState, AppLayerParserThreadCtx
and AppLayerProtoDetectThreadCtx, use opaque pointers instead of
void pointers.

AppLayerParserState is declared in flow.h as it's part of the Flow
structure.

AppLayerThreadCtx is declared in decode.h, as it's part of the
DecodeThreadVars structure.

Fix HTPBodyReassemblyTest01 Asan error

Fix improper pointer assignment in HTPBodyReassemblyTest01, causing
ASAN to error out.

app-layer: rename AppLayerThreadCtx funcs

AppLayerParserGetCtxThread -> AppLayerParserThreadCtxAlloc
AppLayerParserDestroyCtxThread -> AppLayerParserThreadCtxFree

app layer: fix memory leak

Actually free the ctx in AppLayerParserDestroyCtxThread