stream: configurable stream chunk prealloc

The stream chunk pool contains preallocating stream chunks (StreamMsg).
These are used for raw reassembly, used in raw content inspection by
the detection engine. The default setting so far has been 250, which
was hardcoded. This meant that in setups that needed more, allocs and
frees would be happen constantly.

This patch introduces a yaml option to set the 'prealloc' value in the
pool. The default is still 250.

stream.reassembly.chunk-prealloc

Related to feature #1093.

stream: silence stream.reassembly.raw message

stream: configurable segment pools

The stream reassembly engine uses a set of pools in which preallocated
segments are stored. There are various pools each with different packet
sizes. The goal is to lower memory presure. Until now, these pools were
hardcoded.

This patch introduces the ability to configure them fully from the yaml.
There can be at max 256 of these pools.

Yaml layout is as follows:

stream:
  reassemble:
    segments:
      - size: 2048
        prealloc: 3000
      - size: 4
        prealloc: 1000
      - size: 1024
        prealloc: 2000

The size is the packet size. The prealloc value indicates how many
segments are set up at startup.

The pools have no limit wrt how many segments can be used of a certain
size. If the engine needs more than the prealloc size, segments are
malloc'd and free'd. The only limit here is the stream.reassemble.memcap.

If the yaml part if omitted, the default values are the same as before.

Feature #1093

log-filestore: convert to FiledataLog API

This patch converts the log-filestore module to use the new
FiledataLog API.

Introduce Filedata Logger API

A new logger API for registering file storage handlers. Where the
FileLog handler is called once per file, this handler will be called
for each data chunk so that storing the entire file is possible.

The logger call in the API is as follows:
    typedef int (*FiledataLogger)(ThreadVars *, void *thread_data,
        const Packet *, const File *, const FileData *, uint8_t flags);

All data is const, thus should be read only. The final flags field
is used to indicate to the caller that the file is new, or if it's
being closed.

Files use an internal unique id 'file_id' which can be used by the
loggers to create unique file names. This id can use the 'waldo'
feature of the log-filestore module. This patch moves that waldo
loading and storing logic to this API's implementation. A new
configuration directive 'file-store-waldo: <filename>' is added,
but the existing waldo settings will also continue to work.

log-filestore: cleanups

Remove unused code.
Make functions static.
Move registration to the bottom.

log-filestore: tag truncated files as such

Tag truncated files as truncated in the same way log-file does.

tx-logger: speed up

By bailing out early in case no logger is enabled for the protocol,
a significant speed up is reached.

app-layer: add logger check to API

The new API call:
    int AppLayerParserProtocolHasLogger(uint8_t ipproto,
                                        AppProto alproto)

Returns TRUE if a logger is registered on the ip/alproto pair, and
FALSE otherwise.

profiling: add logger api labels

log-file: convert to file-logger API

Use file logger API.

Also, check if the protocol is HTTP before getting the HTTP
fields.

Introduce 'file' logging API

This patch introduces a new logging API for logging extracted file info.
It allows for registration of a callback that is called once per file:
when it's considered 'closed'.

Users of this API register their Log Function through:
    OutputRegisterFileModule()

The API uses a magic settings globally. This might be changed later.

log-file: cleanups

Make all functions static.
Move registration to the bottom.

prelude: convert to packet logger API

Convert prelude logger to use the packet logger API.

prelude: fix configure and cleanup

Fixes configure enabling of prelude. CFLAGS is reset, so the previous
adding of -DPRELUDE was nixed. Using AC_DEFINE now.

Cleanups:
- make functions static
- simplify handling of no prelude support
- move registration to the bottom

alert-syslog: convert to packet logger API

Convert Syslog alert logger to packet logger API.

alert-syslog: cleanup

Remove separate ipv4 and ipv6 registration functions.
Make all functions static.
Move registration function to the bottom.
Simplify OS_WIN32 wrappers usage.

alert-pcapinfo: convert to packet logger API

Convert pcap-info to use the packet logger API.

alert-pcapinfo: clean up

Make functions static.
Move registration to the bottom.

alert-debuglog: minor cleanups

Clean up log functions after packet logger conversion. No more
PacketQueue arguments.

alert-debuglog: port to packet logger api

Convert AlertDebugLog to Packet logger API. Convert packet args to
const.

alert-debug log cleanups

Make all funcs but registration static.
Remove stale registation prototypes.
Move registation func to the bottom.

log-tls: convert to packet logger API

This patch converts log-tls to use the packet logger API. The packet
logger API was choosen as the TLS parser is not transaction aware.

To make sure the state is only logged once, the flag
SSL_AL_FLAG_STATE_LOGGED was added to the parser. This flag is checked
by the condition function, and set at the end of the Logger function.

log-tls: clean ups

Make all functions static. Remove separate ipv4 and ipv6 registration
functions. Move register function to the bottom so that we no longer
need function prototype declarations.

dns: convert dns logger to TX logger API

Make sure to use the new logger TX API. For this the transaction
handling was improved as well.

Convert log-drop to packet logger api.

TX logging API: convert HTTP log

Convert the HTTP log to the new TX logging API.

Introduce TX logging API

This patch introduces a new API for logging transactions from
tx-aware app layer protocols. It runs all the registered loggers
from a single thread module. This thread module takes care of the
transaction handling and flow locking. The logger just gets a
transaction to log out.

All loggers for a protocol will be run at the same time, so there
will not be any timing differences.

Loggers will no longer act as Thread Modules in the strictest sense.
The Func is NULL, and SetupOuputs no longer attaches them to the
thread module chain individually. Instead, after registering through
OutputRegisterTxModule, the setup data is used in the single logging
module.

The logger (LogFunc) is called for each transaction once, at the end
of the transaction.

Packet logging API: convert unified2

Convert unified2 alert to new logging API.

Introduce packet logging output API

This patch introduces a new API for outputs that log based on the
packet, such as alert outputs. In converts fast-log to the new API.

The API gets rid of the concept of each logger being a thread module,
but instead there is one thread module that runs all packet loggers.
Through the registration function OutputRegisterPacketModule a log
module can register itself to be considered for each packet.

Each logger registers itself to this new API with 2 functions and the
OutputCtx object that was already used in the old implementation.
The function pointers are:

LogFunc:       the log function

ConditionFunc: this function is called before the LogFunc and only
               if this returns TRUE the LogFunc is called.

For a simple alert logger like fast-log, the condition function will
simply return TRUE if p->alerts.cnt > 0.

no-detect: handle protocols that have no logger

If a protocol parser is active without a logger when detection is
disabled, the transaction handling logic would fail. Now it will
return the proper tx id so we can clean up the complete transactions.

Add --disable-detection configure option

Add --disable-detection configure option to compile Suricata with
detection disabled.

Error out if -s/-S are used with disable detect

When Suricata is started with --disabled-detection, the -s and -S
options make no sense. So error out.

detect-less: disable raw reassembly

When using --disable-detection automatically disable raw stream
reassembly by forcing stream.reassembly.raw to be false.

detect-less: add log only TX handling function

When running w/o detect, TX cleanup handling needs to ignore the
inspect_id as it's only updated by detect.

This patch introduces a new ActiveTx handler for logging only:
AppLayerTransactionGetActiveLogOnly

If --disable-detection is passed on the commandline, this function
is registered.

Update main loop to handle detect-less

Update main startup and shutdown loops to work will when detect
is disabled. In this case de_ctx remains NULL.

update runmodes to handle detect-less

In runmodes setup, consider a NULL de_ctx to mean detect is disabled.

flow-time: handle detect-less case

Flow timeout code keeps track of thread module running detect, and
fails (hard) if it doesn't find it.

This changeset retrieves the global g_detect_disabled and passes
it to the timeout handling code during setup.

Introduce g_detect_disabled global

This global will be set to TRUE if detect is disabled. The reason for
adding a global is that there currently is no clean way to pass
configuration options to management threads.

Add --disable-detection commandline option

Flags the SuriInstance that the detection engine should be disabled.
Actual disabling is not yet implemented.

flow-timeout: change error logic

If FlowForceReassemblyForFlowV2 can't get packets to inject into the
engine, until now it would bail and retry later. In case of resource
starvation issues, this would cause a lot of lock contention, as the
flow manager would try over and over again.

This patch limits FlowForceReassemblyForFlowV2 to one try per flow,
if it fails... bad luck. It will only fail in serious conditions,
which means we must prefer the health of the engine over the proper
inspection of the flow in question.

app-layer-proto: speed up

AppLayer Proto detection code uses a mix of pattern search and
"probing parsers". The pattern search validates potential matches
using a single pattern search algo. The code was using SpmSearch
for this, but this made it inefficient as it builds a BoyerMoore
context for each search. This lead to significant memory pressure,
especially on high speed/bandwidth boxes.

This patch switches the search calls to BoyerMoore and BoyerMoore-
Nocase directly. This can be done as the ctx' were available already.

app-layer-event: refactor

Move app layer event handling into app-layer-event.[ch].
Convert 'Set' macro's to functions.
Get rid of duplication in Set and SetRaw. Set now calls SetRaw.
Fix potentential int overflow condition in the event storage.
Update callers.

app-layer: shrink AppLayerParserState

Change layout to be more efficient, shrinks structure with 8 bytes.

stream: use reassembly.memcap for stream chunks

Use the stream.reassembly.memcap for stream chunks (StreaMsg) as well.

stream: in SACK, always decrease memcap on free

We should always decrease the stream memcap on freeing SACK records.

pool: rename data structure fields to stack

Rename the following fields:
 -    uint32_t alloc_list_size;
 +    uint32_t alloc_stack_size;

 -    PoolBucket *alloc_list;
 +    PoolBucket *alloc_stack;

 -    PoolBucket *empty_list;
 -    uint32_t empty_list_size;
 +    PoolBucket *empty_stack;
 +    uint32_t empty_stack_size;

To reflect that these are in fact, stacks.

pool: remove tail tracking in alloc list

The list fully acts like a stack now.

pool: document some of the Pool:: fields.

pool: update internal counters at the proper time

Only update Pool::outstanding and Pool::allocated in PoolGet when
we are sure both Alloc and Init were successful.

stream: improve memcap checking

Only the TcpSegment structure would be checked for fitting in the
memcap, not the actual data.

stream: cast memcap checks to uint64_t

app-layer: parser cleanup

Use f->protomap instead of calling FlowGetProtoMapping. Don't use
TcpSession *ssn ptr for anything other than TCP

detect: use pflow pointer

Use pflow pointer in SigMatchSignatures consistently. Also, when
needing access to the ipproto, use p->proto, not p->flow->proto.

app-layer proto detect: optimization

Don't use FlowGetProtoMapping at runtime, use f->protomap instead.
Add safety check to make sure its value is within range, as it's
used to index an array.

Update unittests to initialized flows (somewhat).

Coverity 1153935: fix confusing sizeof

App-layer proto detect cleanups

Remove unnecessay inlining.
Rename functions with wrong naming scheme. E.g. AllocAppLayer.. instead
of AppLayer..Alloc.
Use AppProto instead of uint16_t.
Convert u16 ipproto cases to u8.

dns: add event for when memcap is reached

Raise event if state-memcap is reached for a flow.

dns: update counters

This patch updates the DNS counters from the main AppLayer entry
functions. Due to the limited scope of AppLayerThreadCtx some of
the logic had to be implemented in app-layer.c, where it doesn't
belong.

dns: register counters

Register dns memory counters.
Keep track of memcap reached conditions, and increment counters for
those.

app-layer: update UDP entry function

Update AppLayerHandleUdp to take the ThreadVars pointer as an
argument in prepraration of handling counters in this function.

Pass ThreadVars ptr to various thread init funcs

To be able to register counters from AppLayerGetCtxThread, the
ThreadVars pointer needs to be available in it and thus in it's
callers:

- AppLayerGetCtxThread
- DecodeThreadVarsAlloc
- StreamTcpReassembleInitThreadCtx

dns: add memcap checking

Add memuse tracking and memcap checking to the DNS parsers. Memuse
is tracked globally and per flow (state).

Memcaps are also checked per flow and globally before memory allocs
are done.

dns: make DNSTransactionAlloc static

dns: add memcap options

Add per state and global memcap option parsing.

dns: fix dns configure code

Yaml layout changed. DNS had to be updated to retrievel value
for dns flood from the correct location in the config tree.

Bug 1083 and 1084: add valgrind suppressions

Add suppressions as these are minor issues and likely not bugs in
Suricata.

app-layer-ssl: fix unusual memory leak

In some cases the TLS state pointers to subject and issuerdn could
be overwritten by a new memory allocation, causing us to loose
track of the old.

This has been observed in the case of improper VLAN handling, where
it was suspected that multiple unrelated TLS streams were mangled
together.

app-layer-ssl: style fixes

Coding style fixes for TLS handshake parser.

app-layer-ssl: code cleanup

Don't alloc a void ptr and then cast in every operation. Instead,
alloc a SSLState ptr and only case to void on returning the ptr.

util-device: use safe tailq foreach

The loop is freeing elements so we need to use the safe version
of TIALQ_FOREACH.

This fixes a valgrind error:

 Thread 1 Suricata-Main:
 Invalid read of size 8
    at 0x8E129C: LiveDeviceListClean (util-device.c:167)
    by 0x89B742: main (suricata.c:2284)
  Address 0x8382988 is 24 bytes inside a block of size 40 free'd
    at 0x4C2A70C: free (vg_replace_malloc.c:468)
    by 0x8E1297: LiveDeviceListClean (util-device.c:179)
    by 0x89B742: main (suricata.c:2284)

Bug 980: fix HTTP memory cleanup at shutdown

Buffers in per thread HTTP header, client body and server body storage
would be freed based on the usage indicator instead of the size
indicator.

As the usage indicator (e.g. hsbd_buffers_list_len) could be reset
while leaving the memory untouched for later reuse, the free function
would not iterate over all memory blocks.

Removed DrMemory suppressions as well.

Bug #980.

af-packet: fix problem introduced in recent commit

Logic of patch 98e4a14f6d59fe8928fd6e2af3d9c3e8b42d00bf was correct
but implementation is wrong because TP_STATUS_KERNEL is equal to
zero and thus can not be evaluated in a binary operation. This patch
updates the logic by doing two tests.

Reported-by: Alessandro Guido

Remove BUG_ON(1) in app layer event second stage preparation function.

This lets us single out and print rules that result in a failure, than
just post a core dump.

Fix make distcheck for Tile

src/Makefile.am was missing util-mpm-ac-tile-small.c which caused
release tarballs for fail to build on Tile-Gx.

Fix crash in AppLayer Proto Detect

The App Proto Detect code would use the wrong pattern count to
index a results array, leading to SEGVs.

Bug #1080.

Cygwin: make configure pass with -Werror

Cygwin: fix compilation

tm-threads.c:1190:5: error: unknown type name ‘DWORD’

Fix compiler warning:

array subscript has type ‘char’ [-Werror=char-subscripts]

Fix coccinelle autotools check

coccinelle: add --disable-coccinelle to configure

This allows disabling of the expensive cocci QA checks during
QA.

pool thread: undo CLS alignment

This breaks clang on 32bit.

Test PoolThreadTestGrow01                                         : process killed by signal 11

Fix unittest size_t printing on 32bit

dns: tag each tx we get a reply for as replied

Also, detect and print when server says recursion is desired.

DNS: don't store duplicate queries

When an exact duplicate DNS query is received, don't store it in the
tx.

memcmp: convert all pointer arguments to be const pointers, like memcmp itself uses.

dns log: cleanups

app-layer: API calls to check for TX aware proto

Introduce AppLayerParserProtocolIsTxAware which returns 1 if protocol
is Tx aware, 0 if not.

Remove GCC -no-strict-aliasing compiler flag.

GCC typically generates better code without the -no-strict-aliasing flag.
It is only required if code makes assumptiosn that break strict aliasing.
The unit tests pass on x86 and Tile without the flag.

Fix PmqSetup() argument removal in ac-tile MPM unit tests.

Needed to remove the second argument from all the calls, which was always 0
and was removed in other tests in a previous checkin.

counters: fix 2 scan-build warnings

counters.c:1069:13: warning: Potential leak of memory pointed to by 'temp'
            SCMutexUnlock(&sc_perf_op_ctx->pctmi_lock);
            ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
./threads.h:121:28: note: expanded from macro 'SCMutexUnlock'
                           ^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
counters.c:1156:16: warning: Potential leak of memory pointed to by 'pca'
        return NULL;
               ^~~~
/usr/include/clang/3.3/include/stddef.h:77:24: note: expanded from macro 'NULL'
                       ^
2 warnings generated.

app-layer: configurable GetActiveTxId function

In preparation of a patchset that will allow for disabling the detect
module, this patch introduces a way to register a function for getting
the lowest active tx id. This is used by the app layer for cleaning up
transactions that already fully inspected, and by the flow timeout code
to determine if a flow is fully inspected and logged at timeout.

The registration function RegisterAppLayerGetActiveTxIdFunc allows for
registration of a custom function of type:
  uint64_t (*GetActiveTxIdFunc)(Flow *f, uint8_t flags);

If no function is called, AppLayerTransactionGetActiveDetectLog is used,
which implements the existing behaviour of considering both the
inspect_id's and the log_id.

Clean up TX clean up

In AppLayerTransactionsCleanup instead of figuring out 'done' tx id's
itself, now call AppLayerTransactionGetActive for both directions to
figure out the completed TX id's.

stream: don't send empty streammsg at stream end

No longer send an empty StreamMsg through the engine on stream end,
the messages were ignored anyway.

stream: increase max StreamMsg data

Increase from 4024 bytes to 4072 to make the whole structure
4096 again.

stream: remove flags from StreamMsg

stream: remove per thread queue for stream msgs

StreamMsgs would be stored in a per thread queue before being
attached to the tcp ssn. This is unnecessary, so this patch
removes this queue and puts the smsgs into the ssn directly.

Large patch as it affects a lot of tests.

stream: remove flow reference from StreamMsg

StreamMsg' flow reference was used mostly to make sure a flow would
not get removed from the hash before inspection. For this it needed
to reference the flow use_cnt reference counter. Nowadays we have
more advanced flow timeout handling. This will make sure that if
there still are pending smsgs' in a flow, these will still be
processed.

stream: pass TcpSession to StreamTcpReassembleProcessAppLayer

Preparation for removing flow pointer from StreamMsg. Instead of
getting the ssn indirectly through StreamMsg->flow, we pass it
directly as all callers have it already.

stream msg: remove structure