scripts: fix app-layer-protos.c setup

After the changes in the script in 05e16820de, the file
app-layer-protos.c was to be modified properly iff it was left unformatted.
However, the file was also formatted as a part of the same commit making
the lines split which broke the output of the script. Fix that by
looking for another pattern and changing the lines following that.

app/protos: reformat string to proto

app-layer: check name vs proto mapping in registration

netmap/runmode: minor code cleanup

ioctl: output cleanups

netmap: output cleanups

dpdk: don't "fix" broken ips setting

dpdk: output cleanups

nfq: minor error message improvement

output: add %M format option for the log message body

If %M is not specified, it is automatically appended to the format
string, to provide backwards compatibility.

commandline: output cleanups

pcap: output cleanups

output: default output format

Add a separate default for file output.

output: remove unused log levels

Critical, alert and emergency were unused, so remove.

output: print detect-engine as detect

output/capture: group source and runmode

So outputs from runmode-af-packet and source-af-packet both will
show 'af-packet' as the module.

output: add %D for compact log level

log/json: Convert log output to use JsonBuilder

This commit converts the file logging logic to use JsonBuilder instead
of libjansson.

config: Clarify when log format can be overridden

log: Use SCCalloc instead of alloc/clear

log: Add module and subsystem identifiers to log

Issue: 2497

This changeset provides subsystem and module identifiers in the log when
the log format string contains "%S". By convention, the log format
surrounds "%S" with brackets.

The subsystem name is generally the same as the thread name. The module
name is derived from the source code module name and usually consists of
the first one or 2 segments of the name using the dash character as the
segment delimiter.

unix-socket: minor output improvements

mpm/ac: remove dead code

mpm/ac: use FatalError instead of Critical and exit

detect: more compact message on error

af-packet: output cleanups and unification

Make all messages use the same format:

<iface>: <message>

output: issue warning if file can't be opened

output: remove all custom errors

output: remove error codes from output

error: use SC_EINVAL for invalid input

error: remove unused alloc error code

error: use SC_ENOMEM for alloc errors

logopenfile: errno style error handling

hashlist: use errno style error handling

membuffer: errno style error reporting

pool: use errno style error reporting

error: bootstrap errno like error code approach

detect/mpm: output cleanups

device: special case handling of dpdk devices

device: output tweak

dpdk: set RSS flags for igb driver

Tested on i340.

dpdk: ips output cleanups

eve/schema: bittorrent format fixup

output: minor code cleanups

unix-socket: don't print unix socket message twice

general: Correct typos

runmodes: minor output cleanup

detect: turn cleanup message into debug message

device/mtu: clean up mtu message

device: cleanup stats print

runmode: log test mode later

pcap-file: output cleanups

af-packet: output cleanups

mpm/hs: turn cleanup messages in to debug

stream: debug message cleanup

threading: memset cpu_set_t to address cppcheck warning

src/tm-threads.c:734:5: error: Uninitialized variable: cs [uninitvar]
    CPU_ZERO(&cs);

dpdk: fix cppcheck warnings

src/runmode-dpdk.c:202:11: warning: Size of pointer 'argv' used instead of size of its data. This is likely to lead to a buffer overflow. You probably intend to write 'sizeof(*argv)'. [pointerSize]
    args->argv = SCCalloc(capacity, sizeof(args->argv));
          ^
src/runmode-dpdk.c:777:23: error: Shifting 32-bit value by 63 bits is undefined behaviour [shiftTooManyBits]
        if (bits & (1 << i))
                      ^
src/runmode-dpdk.c:776:23: note: Assuming that condition 'i<64' is not redundant
    for (int i = 0; i < 64; i++) {
                      ^
src/runmode-dpdk.c:777:23: note: Shift
        if (bits & (1 << i))
                      ^

frames: suppress cppcheck warning

src/app-layer-frames.c:471:5: warning: Identical condition 'stream_slice->input==NULL', second condition is always false [identicalConditionAfterEarlyExit]
    BUG_ON(stream_slice->input == NULL);
    ^
src/app-layer-frames.c:468:29: note: If condition 'stream_slice->input==NULL' is true, the function will return/exit
    if (stream_slice->input == NULL)
                            ^
src/app-layer-frames.c:471:5: note: Testing identical condition 'stream_slice->input==NULL'
    BUG_ON(stream_slice->input == NULL);
    ^
src/app-layer-frames.c:548:5: warning: Identical condition 'stream_slice->input==NULL', second condition is always false [identicalConditionAfterEarlyExit]
    BUG_ON(stream_slice->input == NULL);
    ^
src/app-layer-frames.c:545:29: note: If condition 'stream_slice->input==NULL' is true, the function will return/exit
    if (stream_slice->input == NULL)
                            ^
src/app-layer-frames.c:548:5: note: Testing identical condition 'stream_slice->input==NULL'
    BUG_ON(stream_slice->input == NULL);
    ^

capture: remove unnecessary mtu check

classification: avoid duplicate errors

unix-socket: avoid duplicate errors

dnp3: no error logging in packet path

github-actions: bump actions/checkout from 3.1.0 to 3.2.0

Bumps [actions/checkout](https://github.com/actions/checkout) from 3.1.0 to 3.2.0.
- [Release notes](https://github.com/actions/checkout/releases)
- [Changelog](https://github.com/actions/checkout/blob/main/CHANGELOG.md)
- [Commits](https://github.com/actions/checkout/compare/v3.1.0...v3.2.0)

---
updated-dependencies:
- dependency-name: actions/checkout
  dependency-type: direct:production
  update-type: version-update:semver-minor
...

Signed-off-by: dependabot[bot] <support@github.com>

github: update contrib guide link in PR template

Even though we have moved the contribution process guide to our read the
docs, the template was still pointing to our redmine link.

detect-detection: Convert unittests to new FAIL/PASS API

Ticket: #4019

detect-detection: Apply clang-format

dpdk: NUMA output adjustments

Reduce verbosity of the NUMA logs; switch them to start with the
iface.

Don't print the cpu number.

detect/sigorder: Convert unittests to new FAIL/PASS API

Ticket: #4029

dpdk: decrease intensity of warnings related to NUMA placement

Ticket: #5617

radix: fix ipv6 address parsing warning

The check meant to see if the ip address part of the ip/cidr combo
was more specific than needed wasn't fully implemented, leading to
warnings being issued on completely valid and correct input.

This patch implements the same logic as in IPv4. If the ip address
as specified is different from the ip after the mask has been applied,
a warning is displayed.

Bug: #5747.

detect-engine-tag: convert unittests to new FAIL/PASS API

Ticket: #4030

devguide: add page on installing suricata from git

As part of the process of moving documentation from redmine
to "Read the Docs", this commit moves installing Suricata using git
page from redmine wiki into Suricata Developer Guide section.
It also updates the necessary steps.

Ticket: #5585

fuzz: do not use timestamps at the end of times

so as not to have integer overflows

ftp: disables debug assertion

Ticket: #5443

Until we decide on the right way to fix this.

doc/userguide: ubuntu: install software-properties-common

This package likely needs to be installed when starting with an Ubuntu
container or other minimal Ubuntu install.

Ticket: #5616

rust/clippy: comments on why we have specific allows

rust/clippy: fix lint: type_complexity

Convert a DNS sub-parser to use a return type rather than a large
tuple. For mqtt, allow the lint for now, but remove the global allow.

rust/clippy: allow result_unit_err in http2 only

Its the only module making use of this pattern, but we shouldn't let
new modules use this pattern.

rust/clippy: fix lint: upper_case_acronyms

rust/clippy: fix lint: manual_find

These get_tx methods look like ideal candidates for generic and/or
derived methods.

rust/clippy: fix lint: len_without_is_empty

rust/clippy: fix lint: field_reassign_with_default

rust/clippy: remove allow: collapsible_else_if

rust/clippy: remove allow: collapsible_if

Already clean.

rust/clippy: fix lint: new_without_default

rust/clippy: fix lint: redundant_pattern_matching

rust/clippy: fix lint: never_loop

rust/clippy: fix lint: nonminimal_bool

rust/clippy: fix lint: derive_partial_eq_without_eq

rust/clippy: fix lint: explicit_counter_loop

rust/clippy: fix lint: extra_unused_lifetimes

rust/clippy: fix lint: needless_range_loop

rust/clippy: remove lint: for_loops_over_fallibles

Already clean.

rust/clippy: fix lint: match_ref_pats

rust/clippy: fix lint: needless_lifetimes

rust/clippy: remove lint: bool_comparison

Already clean.

rust/clippy: fix lint: single_match

Allow this lint in some cases where a match statement adds clarity.

rust/clippy: fix lint: while_let_loop

quic: do not use stack for inspection buffer

Make the inspection buffer copy the content in one buffer it owns.

Ticket: #5707

github-ci: verify generated rust code is rustfmt and clippy clean