doc: add GPL and CC licenses

doc: performance: Replace 'medium' with 'custom'

I assume the intent was to use the custom-values that are being defined.

eve-json-format: add newest version from the wiki

This was added by pevma in the wiki, so should go into the sphinx doc as well.

doc: update url to modbus paper as advised by David Diallo.

doc: rename from "sphinx" to "userguide"

doc: user .. option:: for command line option formatting

doc: new global threshold examples from Peter Manev.

doc: acknowledge doc/wiki authors

doc: reorder duplicates

doc: fixed remaining FIXME

doc: finished remaining conversion for output

doc: minor fixes in configuration causing errors/warnings

doc: added output section (some fixes still to do)

doc: reference fixups

doc: fixup references

doc: add configuration

doc: added file-extraction

doc: added capture hardware except for napatech with file

doc: added public data sets with file

doc: added capture hardware except for napatech

doc: added public data sets

doc: update gitignore to ignore node_modules

doc: added setting up ips inline

doc: add index for reputation to match wiki

doc: added initscripts

doc: added ip reputation

doc: added ip reputation

doc: fixed underline too short error

doc: Add ssl_state doc

See https://redmine.openinfosecfoundation.org/issues/589

doc: Document http_host and http_raw_host

Added doc for http_host and http_raw_host as mentioned in https://redmine.openinfosecfoundation.org/issues/756

doc: ignoring traffic

doc: tcmalloc

doc: runmodes

doc: rule profiling

doc: packet profiling

doc: statistics

doc: tuning considerations

doc: high performance config

doc: making sense of alerts

doc: oinkmaster

doc: snort compatibility

doc: command line options

doc: restructure directory layout

doc: restructure the rules section a little

doc: add fixme to broken images

doc: finish off the rules section

doc: dnp3 keywords

doc: modbus keyword

doc: rule profiling

doc: normalized buffers

doc: tls keywords

doc: live rule swap

doc: adding your own rules

doc: rule lua scripting

doc: rule lua scripting

doc: thresholding

doc: file-keywords

doc: flowint

doc: flow-keywords

doc: pcre

doc: helper tool to convert from wiki to sphinx

doc: header-keywords

doc: fast-pattern

doc: payload-keywords

docs: sample of sphinx docs

detect-tls: make check on fingerprint directional

tls-json: make tls events direction sensitive

Previously the src/dest ips in TLS events would differ between
IDS and IPS modes. Make the header creation direction sensitive
so they are identical in both modes.

util-decode-der-get: fix coverity warning

*** CID 1373380:  Control flow issues  (DEADCODE)
/src/util-decode-der-get.c: 126 in UtctimeToTime()
120         year = strtol(yy, NULL, 10);
121         if (year >= 50)
122             snprintf(buf, sizeof(buf), "%i%s", 19, utctime);
123         else if (year < 50)
124             snprintf(buf, sizeof(buf), "%i%s", 20, utctime);
125         else
>>>     CID 1373380:  Control flow issues  (DEADCODE)
>>>     Execution cannot reach this statement: "goto error;".
126             goto error;
127
128         time = GentimeToTime(buf);
129         if (time == -1)
130             goto error;
131

http: removed unused flags

app-layer: tx counter implementation

This patch adds a transaction counter for application layers
supporting it. Analysis is done after the parsing by the
different application layers.

This result in new data in the stats output, that looks like:
```
    "app-layer": {
      "tx": {
        "dns_udp": 21433,
        "http": 12766,
        "smtp": 0,
        "dns_tcp": 0
      }
    },
```

app-layer: add ThreadVars to AppLayerParserParse

To be able to add a transaction counter we will need a ThreadVars
in the AppLayerParserParse function.
This function is massively used in unittests
and this result in an long commit.

app-layer: add flow counters

This adds per flow counters for all
supported protocols.

This results in new data in stats output that looks like:
```
    "app-layer": {
      "flow": {
        "http": 9310,
        "ftp": 0,
        "smtp": 0,
        "tls": 71,
        "ssh": 0,
        "imap": 0,
        "msn": 0,
        "smb": 170,
        "dcerpc_udp": 0,
        "dns_udp": 870,
        "dcerpc_tcp": 2,
        "dns_tcp": 0
      },
    },
```

stream: fix depth reached detection

When a segment only partially fit in streaming depth, the stream
depth reached flag was not set resulting in a continuous
inspection of the rest of the session.

By setting the stream depth reached flag when the segment partially
fit we avoid to reenter the code and we don't take anymore a code
path resulting in the flag not to be set.

detect: add detect engine for tls validity keywords

Add detect engine for tls validity keywords (tls_cert_notbefore and
tls_cert_notafter).

detect-dns: move DetectEngineInspectGenericList to detect-engine.c

Move DetectEngineInspectGenericList from detect-engine-dns.c to
detect-engine.c to enable it to be used other places as well.

lua: add lua functions for certificate validity dates

Add functions TlsGetCertNotBefore and TLSGetCertNotAfter to get notBefore
and notAfter fields from TLS certificate in lua scripts.

util-lua: add (wrapper) function to push integer to lua scripts

log-tls: add notBefore and notAfter fields to extended output

Add notBefore and NotAfter fields from TLS certificate to extended tls
log output.

output-json-tls: add notBefore and notAfter fields to extended output

Add notBefore and notAfter fields from TLS certificate to extended JSON
output.

util-time: add function to create a UTC time string

Add function CreateUtcIsoTimeString to create a UTC time string.

detect: add tls_cert_notbefore and tls_cert_notafter keywords

Detection plugin for TLS certificate fields notBefore and notAfter.

Supports equal to, less than, greater than, and range operations
for both keywords. Dates can be represented as either ISO 8601 or
epoch (Unix time).

Examples:
alert tls [...] tls_cert_notafter:1445852105; [...]
alert tls [...] tls_cert_notbefore:<2015-10-22T23:59:59; [...]
alert tls [...] tls_cert_notbefore:>2015-10-22; [...]
alert tls [...] tls_cert_notafter:2000-10-22<>2020-05-15; [...]

util-time: add function to parse a date string based on patterns

Add function SCStringPatternToTime to parse a date string based on an
array of pattern strings.

app-layer-ssl: add validity dates from certificate

Parsing of certificate validity dates to get notBefore and notAfter
fields.

util-time: add function to convert tm to time_t

Add function SCMkTimeUtc to convert broken-down time to Unix epoch in UTC.

util-decode-der: decode GeneralizedTime

Decode ASN.1 element type GeneralizedTime in DER-encoded
structures.

app-layer-ssl: use new unit test macros

detect-ssl-version: use new unit test macros

detect-tls-version: use new unit test macros

detect-tls-sni: use new unit test macros

detect: fix faulty tls_sni unittests

tls: fix faulty unittests

coverty: fix CID 1361873

rules: add rule for HANDSHAKE_INVALID_LENGTH event

tls: set event if input buffer overflows

Set HANDSHAKE_INVALID_LENGTH event if input buffer overflows while
decoding client_hello/server_hello.

app-layer-tls: add name to authors

tls: add function for decoding client_hello

Add function TLSDecodeHandshakeHello() to enable using the same code
for decoding both client_hello and server_hello.

rule parsing: check for balanced double quotes

If a rule option value starts with a double quote, ensure it
ends with a double quote, exclusive of white space which gets
trimmed anyways.

Catches errors like 'filemagic:"picture" sid:5555555;' reporting
that a missing semicolon may be the error.

unittests: fix tests

unittests: replace SCMutex* calls by FLOWLOCK_*

file: remove dead code