refactored FlowTracker into c++. added PegCount vector type to PerfFormatter. removed unused test directory. removed remainder of legacy code (perf_flow.*)

Merge pull request #410 in SNORT/snort3 from crc/func to master

* commit 'b196cbe1c0d2507aa903599058f4b1cdb87b61ac':
  __FUNCTION__ -> __func__

Ignore files generated by the build-scripts

__FUNCTION__ -> __func__

Merge pull request #409 in SNORT/snort3 from remove-old-obfuscation to master

* commit 'd494cc8d3bf30991767b993ca4e0a74cb2d3c99e':
  Remove legacy/unused obfuscation api.

Remove legacy/unused obfuscation api.

Merge pull request #405 in SNORT/snort3 from crc/ranger to master

* commit 'd59873e05503baefb302bdb629c1218973810163':
  update from functor to lambda by way of std::function
  fix pedantic warnings about casting between pointers to function and object

Merge pull request #408 in SNORT/snort3 from dce_bugfix to master

* commit '90409123a0738535873eeeb0e93be655ea0679e9':
  Fix for potential dereference of null ptr in dce_common.cc (nightly build analysis)

Fix for potential dereference of null ptr in dce_common.cc (nightly build analysis)

update from functor to lambda by way of std::function

Merge pull request #407 in SNORT/snort3 from norm_head_leak to master

* commit '166c724677b95b6ae71ee5ae953bc22b88c75a1f':
  leak fix

Merge pull request #406 in SNORT/snort3 from ignore_data_after_rst to master

* commit '39747c1154b36243f5243640f5cf5fe51dabaefb':
  fix data seg handling to not queue packets from remote that is in closed state

leak fix

Merge pull request #402 in SNORT/snort3 from dce_smb to master

* commit '16603837d1aee33c69e9014871183e1f5b6dd75b':
  Code review: replace calls to SmbNtohs, SmbNtohl with extract_16bits, ntohs, ntohl
  code review comments
  dce smb header checks port - non segmented packets

Code review: replace calls to SmbNtohs, SmbNtohl with extract_16bits, ntohs, ntohl

code review comments

fix data seg handling to not queue packets from remote that is in closed state

fix pedantic warnings about casting between pointers to function and object

test for GNU compiler before attempting to link against libgcov

integrated base, cpu, event with formatters. added string value for formatters.

Merge pull request #403 in SNORT/snort3 from ~JOCORNET/snort3:fix_warnings to master

* commit 'e5f817c6f23be0c75cb2bfa30033ce526069ccab':
  fixed piglet warnings
  fixed flow warnings

fixed piglet warnings

fixed flow warnings

created TextFormatter

dce smb header checks port - non segmented packets

completed CSVFormatter

added unit for CSVFormatter

update makefiles

added unit for CSVFormatter

created PerfFormatter

Merge pull request #401 in SNORT/snort3 from perf_warnings to master

* commit 'f1f55692fa72001a9bdbd9e518f4411749be3828':
  fixed CPUTracker build warnings.

fixed CPUTracker build warnings.

Merge pull request #382 in SNORT/snort3 from ~JOCORNET/snort3:preemptive_memory_actions to master

* commit 'cc94779d96fa59d81980a41d5b2e75f8d8204f43':
  added bugfix for last_pkt_type update
  minor fixes
  changed preemptive pruning to work iteratively
  fixed propagation of do_cleanup for flow->reset
  fixed missing funciton due to rebase
  added preemptive and memcap prunes to stream base stats & peg counts
  added flow->reset() without session cleanup, more prune reasons
  added preemptive cleanup action
  added threshold config and hooks

added bugfix for last_pkt_type update

Merge pull request #400 in SNORT/snort3 from crc/cruft to master

* commit 'e530fe52686c76d05b15bb0ffc559875976c5613':
  delete cruft

minor fixes

delete cruft

Merge pull request #399 in SNORT/snort3 from ~MIALTIZE/snort3:for-russ to master

* commit '868dd064c0abf8416bd06bacefa85f784b8dd07f':
  snort2lua: Fix more memory leaks

snort2lua: Fix more memory leaks

changed preemptive pruning to work iteratively

fixed propagation of do_cleanup for flow->reset

fixed missing funciton due to rebase

added preemptive and memcap prunes to stream base stats & peg counts

Merge pull request #397 in SNORT/snort3 from perf_maccpu to master

* commit '482227d99c993194d4239a816e149345e6a99800':
  added support for OSX thread timekeeping. fixed accuracy errors in perfmon cpu
  fixed mac issues

added flow->reset() without session cleanup, more prune reasons

added preemptive cleanup action

added threshold config and hooks

Merge pull request #396 in SNORT/snort3 from ~MIALTIZE/snort3:for-russ to master

* commit 'c56eb87bc2081c7de49a7ef164d0ad494f03df66':
  snort2lua: Fix memory leaks in datatype destructors

snort2lua: Fix memory leaks in datatype destructors

added support for OSX thread timekeeping. fixed accuracy errors in perfmon cpu

Merge pull request #395 in SNORT/snort3 from crc/sow to master

* commit '2b6f1360ab146636b199e02d36d9c32c07de17e3':
  fix decompression

fix decompression

fixed mac issues

Merge branch 'master' of https://bitbucket-eng-rtp1.cisco.com/bitbucket/scm/snort/snort3

patch around os x issues

Merge pull request #394 in SNORT/snort3 from ~MIALTIZE/snort3:for-russ to master

* commit 'eb3cf1d9199a30d0a842b67fe50900129aa1aa88':
  Clean up HyperScan pkg-config and CMake logic.

Clean up HyperScan pkg-config and CMake logic.

Merge pull request #393 in SNORT/snort3 from ecb-ut to master

* commit 'd67c285fcf5ef2a14bee903d8e6674e56f8c161d':
  Fix unit test.

Fix unit test.

Merge pull request #388 in SNORT/snort3 from ~MIALTIZE/snort3:for-russ-trivial to master

* commit '0d8f4039f7b2efb2103c6ef7963a75c8d348adfd':
  ICC remark cleanups.

Merge pull request #392 in SNORT/snort3 from perf_build to master

* commit 'd9834dec2645d2d612cf552279e30d6310441ac5':
  fixed automake build

fixed automake build

Merge pull request #389 in SNORT/snort3 from perf_cpu to master

* commit 'bee4bdad8e220cd70b01b61772b60e37628fdeb3':
  fixed param orders in perf_module.h. moved perf file macros to respective class definition files
  removed unimplemented method from header
  update snort2lua to enable cpustats by default when perfmon is on. update to explicitly enable base
  added unit tests. removed LINUX_SMP build options
  first working test of thread stats

fixed param orders in perf_module.h. moved perf file macros to respective class definition files

Merge pull request #391 in SNORT/snort3 from ~JOCORNET/snort3:pkgconfig_fix to master

* commit 'f3d54e15e1e82a12223d743a3551a9a00227c21a':
  fixed problem specifically in CMake
  removed redundant snort subdir in include path

Merge pull request #390 in SNORT/snort3 from ~JOCORNET/snort3:missing_header_fix to master

* commit '92431e26699ec01169254d8eb9dbdcafedf04d1e':
  updated managers makefile
  added lua_plugin_defs.h to managers Makefile manifest

updated managers makefile

fixed problem specifically in CMake

Merge pull request #387 in SNORT/snort3 from ~JOCORNET/snort3:memory_profiler_bugfix to master

* commit '979926768a568bea84b033d34450c0570902e4c1':
  fixed memory profiler bug

removed redundant snort subdir in include path

added lua_plugin_defs.h to managers Makefile manifest

removed unimplemented method from header

update snort2lua to enable cpustats by default when perfmon is on. update to explicitly enable base

added unit tests. removed LINUX_SMP build options

first working test of thread stats

fixed merge issues

added unit tests. removed LINUX_SMP build options

ICC remark cleanups.

fixed memory profiler bug

Merge pull request #386 in SNORT/snort3 from crc/sow to master

Squashed commit of the following:

commit 104a0a704a3dd0c434d41b494cfcd1f9bc4fa326
Author: Russ Combs <rucombs@cisco.com>
Date:   Thu Mar 31 20:59:51 2016 -0400

    so warnings cleanup

Merge pull request #385 in SNORT/snort3 from ~JOCORNET/snort3:minor_cleanup to master

Squashed commit of the following:

commit efb499d773f36078be37e5ef784717911d6fd211
Author: Joel Cornett <joel.cornett@gmail.com>
Date:   Thu Mar 31 16:44:52 2016 -0400

    removed unused inline function

Merge pull request #384 in SNORT/snort3 from perf_s2l to master

Squashed commit of the following:

commit 0d97b9c329de9e0313b77dd99fdb7fd809fd624e
Author: Carter Waxman <cwaxman@cisco.com>
Date:   Thu Mar 31 11:38:52 2016 -0400

    fixed snort2lua to handle perfmon changes

commit b54f615e66d3948a13f461341c80fabe92babc0b
Author: Carter Waxman <cwaxman@cisco.com>
Date:   Thu Mar 31 10:16:22 2016 -0400

    fixed build warnings

Merge pull request #383 in SNORT/snort3 from crc/so to master

Squashed commit of the following:

commit 55839b32b0200f6154f485907adc52e7c863d2b3
Author: Russ Combs <rucombs@cisco.com>
Date:   Thu Mar 31 08:45:20 2016 -0400

    update example text rule

commit f56734f16753f2e7dd1f661d1c993a2406962f73
Author: Russ Combs <rucombs@cisco.com>
Date:   Thu Mar 31 08:40:58 2016 -0400

    force null terminator on text rule for sanity

commit 986b2d7628d46bd04bc49e4ce63236b9cbe57fd5
Author: Russ Combs <rucombs@cisco.com>
Date:   Thu Mar 31 08:06:36 2016 -0400

    use v2 flate calls to eliminate header and trailer issues

commit 04c71cf947965f7daadc3c43c206ba095fe66ac8
Author: Russ Combs <rucombs@cisco.com>
Date:   Wed Mar 30 14:50:04 2016 -0400

    fix so rule i/o

Merge pull request #381 in SNORT/snort3 from bug_fixes1 to master

Squashed commit of the following:

commit c5e9690c300e1d28fca5e5fcfa96c25e6a08d200
Author: Steve Chew <stechew@cisco.com>
Date:   Wed Mar 30 15:58:16 2016 -0400

    Updates based on reviews.

commit 98cad5e2a1ac5b49cfed171b2366d0307c852a4b
Author: Steve Chew <stechew@cisco.com>
Date:   Wed Mar 30 13:43:27 2016 -0400

    Bug fixes for problems found while investigating protocol usage.

Merge pull request #379 in SNORT/snort3 from perf_nosf to master

Squashed commit of the following:

commit 3e23a45c15c557432cd72718f0fb6aae811468cc
Author: Carter Waxman <cwaxman@cisco.com>
Date:   Wed Mar 30 13:59:05 2016 -0400

    addressed missed naming changes. refactored summary output to check config in PerfMonitor instead of PerfTrackers

commit dc2ecd0a9ee7dcffd4dd09d37eb9b61a2a801cc5
Author: Carter Waxman <cwaxman@cisco.com>
Date:   Tue Mar 29 13:48:36 2016 -0400

    fixed procpidstats naming

commit bf28873eb96e1654830306194298558b4262c34f
Author: Carter Waxman <cwaxman@cisco.com>
Date:   Mon Mar 28 16:51:26 2016 -0400

    updated perf functions to follow consistent style. removed sf prefix from everything owned by perf

commit 1c6ced9743b118f60e2be5fc25f17b73797e3185
Author: Carter Waxman <cwaxman@cisco.com>
Date:   Fri Mar 25 14:24:06 2016 -0400

    remove sf prefix from perfmon. remove unused constants. minor refactoring

Merge pull request #380 in SNORT/snort3 from ~JOCORNET/snort3:tcp_warnings_cleanup to master

Squashed commit of the following:

commit e4bba199e98d84b0a36d841ffea52b00318ba218
Author: Joel Cornett <joel.cornett@gmail.com>
Date:   Tue Mar 29 14:55:39 2016 -0400

    fixed unmarked override warnings in stream/tcp

Merge pull request #378 in SNORT/snort3 from crc/a4 to master

Squashed commit of the following:

commit a8515db992f5092965a25cd94af73868f07e7e62
Author: Russ Combs <rucombs@cisco.com>
Date:   Tue Mar 29 08:52:43 2016 -0400

    update extra version to alpha 4

Merge pull request #373 in SNORT/snort3 from dceseg to master

Squashed commit of the following:

commit 60bac09fc40b1ec50decda306230f088809728ea
Author: rrp <rrp@cisco.com>
Date:   Mon Mar 28 17:01:08 2016 -0400

    Address comments from code-review

commit eec7ea3b894e4f0150fe4be934b8090bef4a2724
Author: rrp <rrp@cisco.com>
Date:   Sun Mar 27 22:34:49 2016 -0400

    DCE segmentation changes

Merge pull request #377 in SNORT/snort3 from unit_test3 to master

Squashed commit of the following:

commit c00d93401325e5e430d1a09bae3adc5ee8cbb4de
Author: Steve Chew <stechew@cisco.com>
Date:   Mon Mar 28 18:32:22 2016 -0400

    Update to work around compiler error with gcc 4.9+.

Merge pull request #376 in SNORT/snort3 from reset_after_data_fix to master

Squashed commit of the following:

commit d6e92a7f139f5cfb4b9549993b07c71c09685b69
Author: davis mcpherson <davis.mcpherson@gmail.com>
Date:   Mon Mar 28 17:28:39 2016 -0400

    only generate data after reset alert when packet has data len > 0

Merge pull request #375 in SNORT/snort3 from crc/hypercheck to master

Squashed commit of the following:

commit 37903f0c513306b1ffe20f40f163ff7639e719d3
Author: Russ Combs <rucombs@cisco.com>
Date:   Mon Mar 28 16:14:23 2016 -0400

    update unit test stubs

Merge pull request #374 in SNORT/snort3 from unit_test2 to master

Squashed commit of the following:

commit 2d73bae49df4721e954327acf1a66a6f668fb438
Author: Steve Chew <stechew@cisco.com>
Date:   Mon Mar 28 14:10:01 2016 -0400

    Updated fake show_stats parameters to reflect utils/stats.h changes.

Merge pull request #371 in SNORT/snort3 from ~JOCORNET/snort3:memory_iterative_pruning to master

Squashed commit of the following:

commit 52b045ab505941b7276f498e2c65681069cc352d
Author: Joel Cornett <joel.cornett@gmail.com>
Date:   Mon Mar 28 12:07:12 2016 -0400

    fixed debug message syntax error

commit 32162e790d7d40310a65ec73a4feb01cb023d16c
Author: Joel Cornett <joel.cornett@gmail.com>
Date:   Mon Mar 28 12:01:19 2016 -0400

    reverted threshold logic/config until there is actually a user (next pull request)

commit aa6719db5db99a259ca3c30b40f3b14c235c8094
Author: Joel Cornett <joel.cornett@gmail.com>
Date:   Mon Mar 28 11:56:04 2016 -0400

    changed threshold from double to unsigned

commit 83d755fff30610e50e3631ba5d1dbd0a482acefc
Author: Joel Cornett <joel.cornett@gmail.com>
Date:   Fri Mar 25 16:45:44 2016 -0400

    implemented iterative pruning for out-of-memory case

Merge pull request #372 in SNORT/snort3 from dcewarning to master

Squashed commit of the following:

commit 1ddada6018a5d794cf3e2346f3fd68b2309321f3
Author: rrp <rrp@cisco.com>
Date:   Mon Mar 28 08:42:08 2016 -0400

    Fix DCE warnings

build 193

Merge pull request #370 in SNORT/snort3 from unit_test_fix to master

Squashed commit of the following:

commit 971d087591a13af7660e5be10f3189c492d6c3fb
Author: davis mcpherson <davis.mcpherson@gmail.com>
Date:   Fri Mar 25 14:50:50 2016 -0400

    disable normalizer unit tests until it can be refactored to work with new libtcp classes

Merge pull request #369 in SNORT/snort3 from ~JOCORNET/snort3:cmake_fixes to master

Squashed commit of the following:

commit d5735f1a87693f58ed595ce56476da6a0640d18d
Author: Joel Cornett <joel.cornett@gmail.com>
Date:   Fri Mar 25 13:36:31 2016 -0400

    changed FATAL_ERROR -> SEND_ERROR

Merge pull request #368 in SNORT/snort3 from cmake_build_patch to master

Squashed commit of the following:

commit ac1701b9cb4eadb234fbbc4bccfc03b90f8fd8b9
Author: davis mcpherson <davis.mcpherson@gmail.com>
Date:   Fri Mar 25 11:32:20 2016 -0400

    #endif missing around data definition only included in DEBUG build

Merge pull request #365 in SNORT/snort3 from stream_tcp_state_machine to master

Squashed commit of the following:

commit 6748d24c641a45f6e1c5993c00cd7eee0f1b9362
Author: davis mcpherson <davis.mcpherson@gmail.com>
Date:   Thu Mar 24 16:07:43 2016 -0400

    delete tcp state handlers in tcp state machine dtor

commit 54a3042f6d3a27060843dc5bbb5915bf38b86341
Author: davis mcpherson <davis.mcpherson@gmail.com>
Date:   Thu Mar 24 15:57:15 2016 -0400

    remove use of smart ptrs for now in tcp sm, remove static attribute from inline func in .h file, rename func to match coding standards

commit f01087a5c28a48e450b31dea5a2d5dd998769a05
Author: davis mcpherson <davis.mcpherson@gmail.com>
Date:   Thu Mar 24 14:17:17 2016 -0400

    set os policy for a flow once per flow (or call to TcpSession::setup)

commit 938360acf2ae3c62a01715c92a2341aaca36e210
Author: davis mcpherson <davis.mcpherson@gmail.com>
Date:   Thu Mar 24 13:48:50 2016 -0400

    remove parameter names from function prototypes, order files by alpha for cmake, remove dead code

commit 5ff523321a0ab535123193c9f1718b4180f65a24
Author: davis mcpherson <davis.mcpherson@gmail.com>
Date:   Tue Feb 2 16:03:30 2016 -0500

    miscellaneous fixs from code review comments - see TP user story 14128
    implement ffs function to optimize checking for set tcp event bits when logging the events
    fix function names to conform to coding style
    fix state transitons for FIN_WAIT1 && flow pickup on SYN/ACK
    more refactoring on FIN & RST handling
    complete refactoring to move data seg and fin handling under tcp state machine

    fix bugs where handling of data packets and final flush not handled correctly

    move checks for window slam and repeated syns to tcp state machine

    fix start point for TCP state performance statistics

    use std::uniqueptr to manage state handler instances

    add new file tcp_stream_session.cc to build list

    use ffs to find event bits set, uncrustify the code

Merge pull request #367 in SNORT/snort3 from nhttp41a to master

Squashed commit of the following:

commit 1ae303e32d19801c0e3cd605edfcf4f37f954b6f
Author: Tom Peters <thopeter@cisco.com>
Date:   Thu Mar 24 17:06:10 2016 -0400

    unicode initialization bug fix

Merge pull request #361 in SNORT/snort3 from perf_osep to master

Squashed commit of the following:

commit bacf3e97c2361f9c9041e94e4186c9c1326d3c0d
Author: Carter Waxman <cwaxman@cisco.com>
Date:   Thu Mar 24 15:06:55 2016 -0400

    rebased against master. fixed include issues

commit 0219031d96297b5c628c0b57d7867f04fd0e4790
Author: Carter Waxman <cwaxman@cisco.com>
Date:   Thu Mar 24 13:31:57 2016 -0400

    fixed merge issues

commit 5e36368a707dc2c4312da416850405175c969928
Author: Carter Waxman <cwaxman@cisco.com>
Date:   Wed Mar 23 15:15:32 2016 -0400

    fixed configuration bug. fixed formatting issues

commit 5c59103203f0b8789ef077cc431ac090640f2965
Author: Carter Waxman <cwaxman@cisco.com>
Date:   Tue Mar 22 16:26:29 2016 -0400

    fixed flow header logging. fixed event counter garbage value

commit 49a40478fca7f381331a77a7c3ecf73a682c5e8e
Author: Carter Waxman <cwaxman@cisco.com>
Date:   Tue Mar 22 16:05:51 2016 -0400

    fixed perf tracker timekeeping

commit 20e816d5911a10c8c6540cefed7f0c473d5dd55f
Author: Carter Waxman <cwaxman@cisco.com>
Date:   Mon Mar 21 14:47:35 2016 -0400

    fixed bug in configuration

commit dc5108644b565333d81dfe28995cf4293bb97826
Author: Carter Waxman <cwaxman@cisco.com>
Date:   Fri Mar 18 14:46:14 2016 -0400

    fixed deleted conf option

commit 17784b593ab34df407a3e025189b02951cb0cafb
Author: Carter Waxman <cwaxman@cisco.com>
Date:   Fri Mar 18 12:31:46 2016 -0400

    output format and location sepeartion for perfmon

Merge pull request #366 in SNORT/snort3 from crc/nfa_etc to master

Squashed commit of the following:

commit 9866576bab1cfb5f99c643aa3dd427738147f98a
Author: Russ Combs <rucombs@cisco.com>
Date:   Thu Mar 24 11:16:30 2016 -0400

    activate nfa searches

commit decb72f9d5fcb94948595d5a6f7dd7a812844daf
Author: Russ Combs <rucombs@cisco.com>
Date:   Thu Mar 24 06:48:38 2016 -0400

    remove cruft

commit 5ff93224fbc428dfcb254c45a9dad9301f30c1d5
Author: Russ Combs <rucombs@cisco.com>
Date:   Wed Mar 23 14:06:34 2016 -0400

    remove extraneous newlines

Merge pull request #363 in SNORT/snort3 from crc/mpse_cleanup to master

Squashed commit of the following:

commit d75a6033e286397a267ca2b6a2376d40f533171d
Author: Russ Combs <rucombs@cisco.com>
Date:   Wed Mar 23 08:08:54 2016 -0400

    enable unused nfa mpse, cleanup code