Merge pull request #364 in SNORT/snort3 from sc_leak_fix to master

Squashed commit of the following:

commit b5d6a8369987046063dc7c1f86d0ae222bc627c1
Author: Ed Borgoyn <eborgoyn@cisco.com>
Date:   Wed Mar 23 14:45:57 2016 -0400

    Fix a memory leak discovered by valgrind.  delete the per-thread side channel context.

Merge pull request #362 in SNORT/snort3 from dcefrag to master

Squashed commit of the following:

commit e22bd15dbef6f88cff1d411d940acb748e2d46e6
Author: rrp <rrp@cisco.com>
Date:   Wed Mar 23 12:20:19 2016 -0400

    Changes to address more comments

commit 116950fe5ed12427000ced35a76e05d4f99396ff
Author: rrp <rrp@cisco.com>
Date:   Tue Mar 22 23:32:37 2016 -0400

    address code review comments for DCE fragmentation code

commit a6da6b463f004c2314be400e64f3d48c88fbd20e
Author: rrp <rrp@cisco.com>
Date:   Thu Mar 10 16:34:15 2016 -0500

    Changes to support DCE packet fragmentation

Merge pull request #360 in SNORT/snort3 from nhttp41 to master

Squashed commit of the following:

commit ab7f6565c8e5fb4ab1b18b6aba72843ffa88f599
Author: Tom Peters <thopeter@cisco.com>
Date:   Tue Mar 22 17:39:48 2016 -0400

    + to | change

commit 4fa1e68d4f30e136c22757b12681225acbe03291
Author: Tom Peters <thopeter@cisco.com>
Date:   Tue Mar 22 14:30:26 2016 -0400

    Percent U encoding

Merge pull request #359 in SNORT/snort3 from stream_flush_bucket to master

Squashed commit of the following:

commit aa08ccd1851e4c98c6bf1fb87f63a2932d348ca1
Author: davis mcpherson <davis.mcpherson@gmail.com>
Date:   Tue Mar 22 10:19:24 2016 -0400

    restore old flush points, fix memory leak due to to Stream Tcp config object not being deleted n StreamTcp dtor

Merge pull request #358 in SNORT/snort3 from ~MIALTIZE/snort3:for-russ-trivial to master

Squashed commit of the following:

commit b8be88308fa7665a00c7af2a1e9beacddb15b830
Author: Michael Altizer <mialtize@cisco.com>
Date:   Mon Mar 21 19:38:38 2016 -0400

    configure: Propagate code coverage CPPFLAGS to the snort2lua build.

Merge pull request #356 in SNORT/snort3 from ~MIALTIZE/snort3:autotools to master

Squashed commit of the following:

commit b4059bd589786b5a0087ff64efa13c56b217df39
Author: Michael Altizer <mialtize@cisco.com>
Date:   Mon Mar 21 15:48:52 2016 -0400

    cmake: Add --enable-code-coverage option

commit 0f604fbc6151333acb603a5e04f4b5365a424297
Author: Michael Altizer <mialtize@cisco.com>
Date:   Sun Mar 20 16:26:46 2016 -0400

    configure: Add --enable-code-coverage and clean up AM_ flags usage.

commit f64f507d13fe54f60d8be82c4f146291fb267468
Author: Michael Altizer <mialtize@cisco.com>
Date:   Sun Mar 20 13:44:00 2016 -0400

    configure: Remove useless m4/Makefile.am

commit 2efc70640fad174c5a8323be7c2efba5a029692c
Author: Michael Altizer <mialtize@cisco.com>
Date:   Sun Mar 20 13:21:36 2016 -0400

    configure: Fix CPPFLAGS and LDFLAGS duplication from PCRE test.

commit 571957408cbc364964c87c009d6b169a2ef363bc
Author: Michael Altizer <mialtize@cisco.com>
Date:   Sun Mar 20 11:41:16 2016 -0400

    Fix ffi_wrap.sh on systems without /bin/bash (FreeBSD).

commit e05cbe31c86ceaef8d32b6e21d696fdbe0d7b4fd
Author: Michael Altizer <mialtize@cisco.com>
Date:   Sun Mar 20 11:40:41 2016 -0400

    Clean up and ignore generated snort_plugin.lua.

Merge pull request #353 in SNORT/snort3 from nhttp40 to master

Squashed commit of the following:

commit 6ed4f969db5564be8ab6d19f1b47ec809a42805f
Author: Tom Peters <thopeter@cisco.com>
Date:   Mon Mar 21 12:44:44 2016 -0400

    error to warning change

commit 3c8100967e88f792dd350e9c42a88ba2ef364aea
Author: Tom Peters <thopeter@cisco.com>
Date:   Wed Mar 16 15:38:50 2016 -0400

    UTF-8 Bare Byte

Merge pull request #355 in SNORT/snort3 from crc/splitter to master

Squashed commit of the following:

commit 30952f06a6dc62ef11a8a6dd5106f45b2976c322
Author: snorty <snorty@localhost.localdomain>
Date:   Sun Mar 20 13:39:25 2016 -0400

    do not return non-paf splitter to service inspector

Merge pull request #357 in SNORT/snort3 from stream_tcp_memleak to master

Squashed commit of the following:

commit 1c2d9e111920eb975c67416e5210671003b506da
Author: davis mcpherson <davis.mcpherson@gmail.com>
Date:   Mon Mar 21 10:36:48 2016 -0400

    fix memory leak caused by not deleting the tcp state handler objects when a tcp session is deleted

Merge pull request #351 in SNORT/snort3 from ~MIALTIZE/snort3:for-russ-trivial to master

Squashed commit of the following:

commit 97ebd027a62d124c63c1df33c8a21dd4c73ef688
Author: Michael Altizer <mialtize@cisco.com>
Date:   Fri Mar 18 17:04:16 2016 -0400

    cmake: Add --enable-address-sanitizer to mirror autoconf

commit 941ff5484892af32bfef434a7634200a06dffbd0
Author: Michael Altizer <mialtize@cisco.com>
Date:   Fri Mar 18 13:11:55 2016 -0400

    configure: Use pkg-config for libpcre if available.

commit 3c650ffe83f07c97732a0800b7c4c431d3c62193
Author: Michael Altizer <mialtize@cisco.com>
Date:   Fri Mar 18 12:29:32 2016 -0400

    luajit: Fix building against LuaJIT using only pkg-config.

    NOTE: If you were using --with-luajit-include, you will need to make
    sure you specify the full path to the header files.

commit 14b92ea5005b821675147d6b660a6109ff7aa737
Author: Michael Altizer <mialtize@cisco.com>
Date:   Fri Mar 18 11:57:37 2016 -0400

    configure: Add --enable-address-sanitizer.

    Allows address sanitizer compiler flags to be added without impacting
    autoconf tests.

commit a2ecd89ef84447e2e35b5fe2210f8f4a42b46bae
Author: Michael Altizer <mialtize@cisco.com>
Date:   Fri Mar 18 11:56:33 2016 -0400

    m4: Update to upstream C++11 discovery autofoo.

Merge pull request #350 in SNORT/snort3 from ~JOCORNET/snort3:flowcache_cleanup to master

Squashed commit of the following:

commit 418f75d5ee6f7915b01a3c05f0b0595fe80727cf
Author: Joel Cornett <joel.cornett@gmail.com>
Date:   Fri Mar 18 15:52:06 2016 -0400

    changed max_sessions minimum to be at least 2

commit 1b34f68df2f339d36091a32aa02a341c757a0a51
Author: Joel Cornett <joel.cornett@gmail.com>
Date:   Fri Mar 18 15:48:29 2016 -0400

    alphabetized sources in build foo for flow

commit d0886408030a9393fede0cc34280b0560b1188a5
Author: Joel Cornett <joel.cornett@gmail.com>
Date:   Fri Mar 18 14:00:44 2016 -0400

    fix alpha order in build foo

commit cd0d541dbfef9a9f44e7b4cad46d5cebe4645bb8
Author: Joel Cornett <joel.cornett@gmail.com>
Date:   Fri Mar 18 13:49:46 2016 -0400

    added more granularity to prune stats

commit 93ed4a3d3811f889b53dca12c2aba9e983e3ed48
Author: Joel Cornett <joel.cornett@gmail.com>
Date:   Fri Mar 18 12:12:18 2016 -0400

    made cleanup_pct configurable

commit 5c45a14f6ccc3562f8074ac2b352fc0d740b6b3e
Author: Joel Cornett <joel.cornett@gmail.com>
Date:   Fri Mar 18 11:02:39 2016 -0400

    changed PruneStats units to PegCount

    changed uint32_t to unsigned

commit 892471054f7f88847982a9460f8d3d624bbddf7c
Author: Joel Cornett <joel.cornett@gmail.com>
Date:   Fri Mar 18 11:34:37 2016 -0400

    foo

commit 1f3bcd9b5004fae0824d41bf78530a3518890521
Author: Joel Cornett <joel.cornett@gmail.com>
Date:   Fri Mar 18 11:16:22 2016 -0400

    foo

Merge pull request #352 in SNORT/snort3 from crc/192 to master

Squashed commit of the following:

commit 2db44acae4668ba667dab0ca29234ef5b59bc472
Author: Russ Combs <rucombs@cisco.com>
Date:   Fri Mar 18 13:00:07 2016 -0400

    192

Merge pull request #349 in SNORT/snort3 from ~JOCORNET/snort3:flowcache_cleanup to master

Squashed commit of the following:

commit 2fca1612227942961bf4323b542d19f888fb511e
Author: Joel Cornett <joel.cornett@gmail.com>
Date:   Fri Mar 18 10:42:57 2016 -0400

    moved flag_context to helpers/

commit 2f63f3bc1fc3b0f34ca3901631238f74cb5fd8fc
Author: Joel Cornett <joel.cornett@gmail.com>
Date:   Thu Mar 17 17:35:24 2016 -0400

    moved stuff around

commit e7b40f23a6d260aa1e0c1329ea83933d99a42544
Author: Joel Cornett <joel.cornett@gmail.com>
Date:   Thu Mar 17 17:23:55 2016 -0400

    fixed include

commit 07526b2908250c5c17ff0eeef0878bc4ec2c5258
Author: Joel Cornett <joel.cornett@gmail.com>
Date:   Thu Mar 17 16:26:56 2016 -0400

    fixed zero initialization of PruneStats

commit 18ab473322799d2d881e86bb96539f0b43bc8496
Author: Joel Cornett <joel.cornett@gmail.com>
Date:   Thu Mar 17 14:52:40 2016 -0400

    updated cleanup_flows calculation

commit 47d1baeb2b604fa2fd3c569b9f9792c3e90127ea
Author: Joel Cornett <joel.cornett@gmail.com>
Date:   Thu Mar 17 13:47:15 2016 -0400

    Cleaned up FlowCache

    Added granularity to prune counts
    Removed memCheck from pruning
    Changed prune_flows -> prune_one for memory handler

Merge pull request #348 in SNORT/snort3 from crc/cleanup2 to master

Squashed commit of the following:

commit 5dccac64c05494000c2d2e82ce1855628fee80c1
Author: Russ Combs <rucombs@cisco.com>
Date:   Thu Mar 17 17:19:28 2016 -0400

    fix regex unit test

commit c7efe07cff2655eec1dbc1ef74d0447c92588722
Author: Russ Combs <rucombs@cisco.com>
Date:   Thu Mar 17 17:13:11 2016 -0400

    more cleanup

commit c599bed0a2a270595cff8b3826eac38c9b8d4453
Author: Russ Combs <rucombs@cisco.com>
Date:   Thu Mar 17 05:19:45 2016 -0400

    fix misc clang warnings
    fix flowbits messages - thanks to James McLaughlin for reporting the issue

Merge pull request #347 in SNORT/snort3 from dce_byte to master

Squashed commit of the following:

commit e082275c0b7754143a010cfdac633236d9171407
Author: mdagon <mdagon@cisco.com>
Date:   Thu Mar 17 14:58:42 2016 -0400

    Code review: add default c'tor

commit 009392d3e231a0376b682dddd572ed0d1e8e4b26
Author: mdagon <mdagon@cisco.com>
Date:   Wed Mar 16 17:27:17 2016 -0400

    Code review comments: moved endianness class to it's own header,
    remove casting before delete, space/indentations fixes

commit b734cd0d97c4bab23a8c79d89502c97db793d8fb
Author: mdagon <mdagon@cisco.com>
Date:   Wed Mar 16 14:16:28 2016 -0400

    Code review comments : removed packet from get_offset_endianness

commit 3bd1fa6bd34d418d0c75ed9907deead6370baccb
Author: mdagon <mdagon@cisco.com>
Date:   Wed Mar 16 13:04:50 2016 -0400

    Code review : remove excess (...), update FIXIT comment

commit 98dabf7200e551172e115ace5b19924499878111
Author: mdagon <mdagon@cisco.com>
Date:   Tue Mar 15 16:22:31 2016 -0400

    Dce option for byte_extract/jump/test

Merge pull request #345 in SNORT/snort3 from nhttp39 to master

Squashed commit of the following:

commit a5f7f411c02e9a834e462485a6b3a17ed7cf0e22
Author: Tom Peters <thopeter@cisco.com>
Date:   Mon Mar 7 11:22:22 2016 -0500

    UTF-8 normalization for NHI

Merge pull request #346 in SNORT/snort3 from crc/sticky2 to master

Squashed commit of the following:

commit 2978c63fb39b62939ec422b184531bf588c382cc
Author: Russ Combs <rucombs@cisco.com>
Date:   Tue Mar 15 16:28:24 2016 -0400

    FIXITs for deferred code review items

commit 90436873a6d15d91ef9732015fbb99f5af60a6e5
Author: Russ Combs <rucombs@cisco.com>
Date:   Tue Mar 15 14:05:53 2016 -0400

    additional buffer setters and users

commit 7d6e8a9c2a22d0436dcb3b34298a7f3418969c25
Author: Russ Combs <rucombs@cisco.com>
Date:   Tue Mar 15 07:04:36 2016 -0400

    cleanup

commit 60a8595940f2b8f537eae4fe78739b8fa244bce6
Author: Russ Combs <rucombs@cisco.com>
Date:   Mon Mar 14 17:57:15 2016 -0400

    factor current sticky buffer into relevant ips option compares

Merge pull request #344 in SNORT/snort3 from ecb-cleanup to master

Squashed commit of the following:

commit bd8dbd7b5bb9896fce0eb23ead4eee120f1073b0
Author: Ed Borgoyn <eborgoyn@cisco.com>
Date:   Tue Mar 15 10:07:18 2016 -0400

    Build issue cleanup

fix build

Merge pull request #335 in SNORT/snort3 from lru_cache_stats5 to master

Squashed commit of the following:

commit bf528e34f81b4ee80b25b1e76ebb675928fb1fea
Author: Steve Chew <stechew@cisco.com>
Date:   Tue Mar 15 08:41:08 2016 -0400

    Updated dev_notes.txt

commit fc38136d2ee7846ac4fcc1382aaf50ca197c255f
Author: Steve Chew <stechew@cisco.com>
Date:   Tue Mar 15 07:37:33 2016 -0400

    Moved LruCacheSharedStats struct definition.

commit 04c3009392c0d990f89297de970a0c1899e71ed0
Author: Steve Chew <stechew@cisco.com>
Date:   Tue Mar 15 06:56:59 2016 -0400

    Removed size from peg counts.

commit 110ea678e118ed2502d71df71f9146dfee5fe6d9
Author: Steve Chew <stechew@cisco.com>
Date:   Fri Mar 11 16:19:46 2016 -0500

    Changes based on review.

commit dceb06c73adcfcdb320de4943c936a3c5abcb191
Author: Steve Chew <stechew@cisco.com>
Date:   Thu Mar 10 18:05:19 2016 -0500

    Add statistics to LruCachedShared. Create host_cache module to allow host_cache size to be configured. Renamed host_module to host_tracker_module.

Merge pull request #342 in SNORT/snort3 from ~MIALTIZE/snort3:for-russ-trivial to master

Squashed commit of the following:

commit ffe42d570db6d26906c8d806ea9980a371578232
Author: Michael Altizer <mialtize@cisco.com>
Date:   Mon Mar 14 19:33:45 2016 -0400

    sfvar: Dead code cleanup.

commit bae6cd0962a96cdae772eb8cf80ec2b08e30ac73
Author: Michael Altizer <mialtize@cisco.com>
Date:   Mon Mar 14 18:39:45 2016 -0400

    More dead code cleanup.

Merge pull request #341 in SNORT/snort3 from crc/formats to master

Squashed commit of the following:

commit 8730ba9a75c90a4a89342cdf211aaa18b1408ba8
Author: snorty <snorty@localhost.localdomain>
Date:   Mon Mar 14 17:02:21 2016 -0400

    add standard c formats

Merge pull request #312 in SNORT/snort3 from ha-sc to master

Squashed commit of the following:

commit 69a94f9cff2e0d563f5489566f946858878899ee
Author: Ed Borgoyn <eborgoyn@cisco.com>
Date:   Thu Mar 10 16:48:10 2016 -0500

    Fix a typo in an error message

commit 4d2e152c421870e85222551a4e9afd220ae19267
Author: Ed Borgoyn <eborgoyn@cisco.com>
Date:   Thu Mar 10 16:12:00 2016 -0500

    HA needs to run without a side channel configured...  Found during regression test run.

commit 1459dfef971e2bc2d52b6868afb3a32999e58aeb
Merge: a66e15f de0e60a
Author: Ed Borgoyn <eborgoyn@cisco.com>
Date:   Thu Mar 10 14:51:54 2016 -0500

    Merge branch 'ha-sc' of https://stash-eng-rtp1.cisco.com/stash/scm/snort/snort3 into ha-sc

    Conflicts:
     src/connectors/file_connector/file_connector.cc
     src/connectors/file_connector/file_connector.h
     src/connectors/file_connector/file_connector_module.cc
     src/connectors/file_connector/file_connector_module.h
     src/flow/ha.cc
     src/flow/ha.h
     src/framework/connector.h
     src/main/modules.cc
     src/main/snort.cc
     src/managers/connector_manager.cc
     src/managers/dev_notes.txt
     src/side_channel/dev_notes.txt
     src/side_channel/side_channel.cc
     src/side_channel/side_channel.h
     src/side_channel/side_channel_module.cc
     src/side_channel/side_channel_module.h

commit a66e15fb47a82e6cdd5a45a8640a929ebdf74e44
Author: Ed Borgoyn <eborgoyn@cisco.com>
Date:   Thu Mar 10 14:00:22 2016 -0500

    More code review updates.  Removed async sidechannel receive mode.

commit 5f067f68649951eca03303ab04ca36927bb7aeee
Author: Ed Borgoyn <eborgoyn@cisco.com>
Date:   Wed Mar 2 09:39:46 2016 -0500

    removed a file that should not have been in commit.

commit fd4153088bb94b8a6e9131d2008a0ad752f27ed2
Author: Ed Borgoyn <eborgoyn@cisco.com>
Date:   Wed Mar 2 09:28:46 2016 -0500

    Removing zeromq files for now.

commit 0fff22fc1960b611e7d98b34cd34491db1f5125c
Author: Ed Borgoyn <eborgoyn@cisco.com>
Date:   Wed Mar 2 09:24:36 2016 -0500

    First major ha-sc commmit for review.

commit 5e740a08ac8a4893dd55d82b3f393ed4ed0fb73d
Author: Ed Borgoyn <eborgoyn@cisco.com>
Date:   Wed Mar 2 09:39:46 2016 -0500

    removed a file that should not have been in commit.

commit ccf2697b0412f5c7beb5910c80104d06a4390bc4
Author: Ed Borgoyn <eborgoyn@cisco.com>
Date:   Wed Mar 2 09:28:46 2016 -0500

    Removing zeromq files for now.

commit 10b405f790927298a4b6c911329d28f9b535b4be
Author: Ed Borgoyn <eborgoyn@cisco.com>
Date:   Wed Mar 2 09:24:36 2016 -0500

    First major ha-sc commmit for review.

commit 21637176663a3077082bfdc2e31b8997faffb00e
Author: Ed Borgoyn <eborgoyn@cisco.com>
Date:   Thu Mar 3 15:11:51 2016 -0500

    Correct src/connectors/dev_notes.txt

commit 336dc55f57304d136ccc796f1c18a12bf53e1e7b
Author: Ed Borgoyn <eborgoyn@cisco.com>
Date:   Wed Mar 2 09:39:46 2016 -0500

    removed a file that should not have been in commit.

commit 559d398dad9db9a8b4e352fe838cada6bc84a571
Author: Ed Borgoyn <eborgoyn@cisco.com>
Date:   Wed Mar 2 09:28:46 2016 -0500

    Removing zeromq files for now.

commit 325899399649df141f91b4603bd79de6925e1067
Author: Ed Borgoyn <eborgoyn@cisco.com>
Date:   Thu Mar 3 15:15:58 2016 -0500

    First major ha-sc commmit for review.

    Conflicts:
     src/main/snort_debug.h

commit de0e60a6d0d950fd17d2968d0750448729dafb8a
Merge: 32cde11 3152ace
Author: Ed Borgoyn <eborgoyn@cisco.com>
Date:   Thu Mar 3 15:26:46 2016 -0500

    Merge branch 'ha-sc' of https://stash-eng-rtp1.cisco.com/stash/scm/snort/snort3 into ha-sc

    Conflicts:
     src/connectors/dev_notes.txt
     src/main/snort_debug.h

commit 32cde116cf2616e7844a6946919cd0402c15a25b
Author: Ed Borgoyn <eborgoyn@cisco.com>
Date:   Wed Mar 2 09:39:46 2016 -0500

    removed a file that should not have been in commit.

commit 51561921db95e09f1f5f17c520c9c1153c6f3fdd
Author: Ed Borgoyn <eborgoyn@cisco.com>
Date:   Wed Mar 2 09:28:46 2016 -0500

    Removing zeromq files for now.

commit ae404d0a152b3c6cd70baaf30610c715074844fb
Author: Ed Borgoyn <eborgoyn@cisco.com>
Date:   Wed Mar 2 09:24:36 2016 -0500

    First major ha-sc commmit for review.

commit f7fe19ca017f83ef795b75d0e65ef67983b718a1
Author: Ed Borgoyn <eborgoyn@cisco.com>
Date:   Thu Mar 3 15:11:51 2016 -0500

    Correct src/connectors/dev_notes.txt

commit 9c84d7b8133038fae94e3948bad9e880d385f22d
Author: Ed Borgoyn <eborgoyn@cisco.com>
Date:   Wed Mar 2 09:39:46 2016 -0500

    removed a file that should not have been in commit.

commit a4b46ddbc5072b15473c7d7765b85235e30ea9d3
Author: Ed Borgoyn <eborgoyn@cisco.com>
Date:   Wed Mar 2 09:28:46 2016 -0500

    Removing zeromq files for now.

commit 17d59db22c68123212a5b0d3bb4e9e575aefdfc6
Author: Ed Borgoyn <eborgoyn@cisco.com>
Date:   Thu Mar 3 15:15:58 2016 -0500

    First major ha-sc commmit for review.

    Conflicts:
     src/main/snort_debug.h

commit 3152ace0582dbe6159eb0c72497cd77b0d50f02a
Author: Ed Borgoyn <eborgoyn@cisco.com>
Date:   Wed Mar 2 09:39:46 2016 -0500

    removed a file that should not have been in commit.

commit b8590c6b8dfa56e3c34b4e7f93a5792383a647aa
Author: Ed Borgoyn <eborgoyn@cisco.com>
Date:   Wed Mar 2 09:28:46 2016 -0500

    Removing zeromq files for now.

commit 00e42777430626a018cbcc1afe505aeff242c6f6
Author: Ed Borgoyn <eborgoyn@cisco.com>
Date:   Wed Mar 2 09:24:36 2016 -0500

    First major ha-sc commmit for review.

sanity checks from stress testing

Merge pull request #338 in SNORT/snort3 from ~MIALTIZE/snort3:for-russ-trivial to master

Squashed commit of the following:

commit 9b56b1d1990c57d9b000c5d1a093623d6702eaec
Author: Michael Altizer <mialtize@cisco.com>
Date:   Fri Mar 11 14:47:55 2016 -0500

    Clean up missing function prototype warnings.

Merge pull request #337 in SNORT/snort3 from ~MIALTIZE/snort3:for-russ-trivial to master

Squashed commit of the following:

commit 7a2db590b9d79b3a91cea062edd7b0b49455ef1f
Author: Michael Altizer <mialtize@cisco.com>
Date:   Fri Mar 11 11:29:41 2016 -0500

    Fix missing noreturn and unreachable code return warnings.

Merge pull request #336 in SNORT/snort3 from ~MIALTIZE/snort3:for-russ-trivial to master

Squashed commit of the following:

commit 2c7364d3c154d2906dfaad2e008b09de24b6e90d
Author: Michael Altizer <mialtize@cisco.com>
Date:   Fri Mar 11 10:51:52 2016 -0500

    Fix more extraneous semicolon warnings.

commit 8e7643893d2c511120d59e63ec6383769dd8c7b2
Author: Michael Altizer <mialtize@cisco.com>
Date:   Fri Mar 11 01:19:35 2016 -0500

    Fix warnings.

Merge pull request #334 in SNORT/snort3 from dcewarning to master

Squashed commit of the following:

commit 0daf674eb3d6b288efc12ada84b65c3fe7131836
Author: rrp <rrp@cisco.com>
Date:   Thu Mar 10 17:08:58 2016 -0500

    Fix DCE warning

Merge pull request #331 in SNORT/snort3 from dce_roptions_eval to master

Squashed commit of the following:

commit 57e3d5848ae14616ee307d8f6ce16a3828d17302
Author: mdagon <mdagon@cisco.com>
Date:   Thu Mar 10 13:01:06 2016 -0500

    Code review comment

commit 38856ab373ef8db19322efa8ff4070eb758d62bd
Author: mdagon <mdagon@cisco.com>
Date:   Thu Mar 10 09:12:27 2016 -0500

    1. Dce rule options eval
    2. Fix for dce_opnum, discovered while testing
    3. Fix indentation in snort2lua pps_dcerpc_server.h - leftover from previous code review.

Merge pull request #332 in SNORT/snort3 from signed_character_warning to master

Squashed commit of the following:

commit eda727723f55c530a812e6b15b16d1a51acb5f9d
Author: Tom Peters <thopeter@cisco.com>
Date:   Thu Mar 10 12:39:37 2016 -0500

    warning fix

Merge pull request #330 in SNORT/snort3 from ~MIALTIZE/snort3:for-russ-trivial to master

Squashed commit of the following:

commit eade1559fce09459875cf08f9437716b056c0d52
Author: Michael Altizer <mialtize@cisco.com>
Date:   Wed Mar 9 17:10:15 2016 -0500

    threads: Fix (cripple) thread affinity where it's not supported (OS X).

Merge pull request #327 in SNORT/snort3 from perf_procglobal2 to master

Squashed commit of the following:

commit 5de0642b9b9d24ae52d06126d00782f3032a7a4b
Author: Carter Waxman <cwaxman@cisco.com>
Date:   Wed Mar 9 17:36:14 2016 -0500

    fixed formatting for clarity

commit 479cd2f035f4fdabe48785e0834c92b25059d332
Author: Carter Waxman <cwaxman@cisco.com>
Date:   Wed Mar 9 13:27:02 2016 -0500

    fixed  thread_local

commit 4e25c463fbb5596f67afece29bd4e17651352122
Author: Carter Waxman <cwaxman@cisco.com>
Date:   Wed Mar 9 12:49:18 2016 -0500

    fixed whitespaceP

commit aae8c40a9537144772e599e49eb14cd139e8a475
Author: Carter Waxman <cwaxman@cisco.com>
Date:   Wed Mar 9 12:47:38 2016 -0500

    fixed whitespaceP

commit f717352f7e6ff79709a40bd3fab7aa0cf6c5ec4b
Author: Carter Waxman <cwaxman@cisco.com>
Date:   Wed Mar 9 12:44:31 2016 -0500

    fixed reporting of process stats

commit dc8e6974db9500c3ef5e887e099ef5bf7faba555
Author: Carter Waxman <cwaxman@cisco.com>
Date:   Wed Mar 9 10:53:10 2016 -0500

    fixed reporting of process stats

Merge pull request #328 in SNORT/snort3 from ~JOCORNET/snort3:zhash_minor_fixes to master

Squashed commit of the following:

commit fb5ecd2ba839dee450458176894dfbb2e7f4ff7e
Author: Joel Cornett <joel.cornett@gmail.com>
Date:   Wed Mar 9 13:52:24 2016 -0500

    removed unneeded includes

commit eab1f91b40f11ccf540f0e4d3e42aac55dc67a40
Author: Joel Cornett <joel.cornett@gmail.com>
Date:   Wed Mar 9 13:50:07 2016 -0500

    minor zhash fixes

Merge pull request #310 in SNORT/snort3 from ~MIALTIZE/snort3:thread-affinity to master

Squashed commit of the following:

commit 150aae2b22ed5b99a7fdc17739f93e0cc091e00d
Author: Russ Combs <rucombs@cisco.com>
Date:   Wed Mar 9 06:49:03 2016 -0500

    fix hyperscan unit tests for autotools

commit 052d7adc7bdceac038a6083dc539ad6dd39788b2
Author: Michael Altizer <mialtize@cisco.com>
Date:   Wed Mar 9 12:57:38 2016 -0500

    main: Capture catch unit tests return code and exit with it

commit 5d4541b9c7d36fb156a08d2bc1459a26e38980bd
Author: Michael Altizer <mialtize@cisco.com>
Date:   Wed Mar 9 12:45:52 2016 -0500

    threads: Minor cleanup

commit deae503922e6b0ca2721afa7d1fbaf662e57c18f
Author: Michael Altizer <mialtize@cisco.com>
Date:   Tue Mar 8 18:33:27 2016 -0500

    threads: Address more review comments and add unit tests.

commit e5e73307cfccb9b13d6a195456254211af145e2b
Author: Michael Altizer <mialtize@cisco.com>
Date:   Mon Mar 7 20:01:28 2016 -0500

    threads: Address some review comments.  Encapsulate hwloc knowledge.

commit 2fe8d04729c2bdc1ae807be32be03ebee00642ea
Author: Michael Altizer <mialtize@cisco.com>
Date:   Thu Mar 3 17:10:19 2016 -0500

    threads: First step of threading revamp. Use hwloc for CPU affinity.

Merge pull request #320 in SNORT/snort3 from snort2lua_sdf to master

Squashed commit of the following:

commit 77d6e4d372f5c16b6151935879ecaade356659b0
Author: Victor Roemer <viroemer@cisco.com>
Date:   Mon Mar 7 16:31:21 2016 -0500

    Comment what and why we are skipping preprocessor sensitive_data.

commit 8f32e4cb9223251647fa5a1b6d8b3dd43cddb23c
Author: Victor Roemer <viroemer@cisco.com>
Date:   Mon Mar 7 15:41:13 2016 -0500

    Snort2Lua for preproc sensitive_data and sd_pattern option.

Merge pull request #326 in SNORT/snort3 from snort2lua_these_lines to master

Squashed commit of the following:

commit 72de0367df2845b3487d5b02c72217016dbbba63
Author: Victor Roemer <viroemer@cisco.com>
Date:   Wed Mar 9 12:53:47 2016 -0500

    FIXIT -> FIXIT-L

commit b94ff8d2892f445e1b66f9e125b5607e46f44e53
Author: Victor Roemer <viroemer@cisco.com>
Date:   Wed Mar 9 12:37:05 2016 -0500

    these line -> these lines

Merge pull request #324 in SNORT/snort3 from dce_warnings to master

Squashed commit of the following:

commit f8131f86ff87f1a2c82d8e12d1b36e6a619a1a47
Author: mdagon <mdagon@cisco.com>
Date:   Wed Mar 9 10:00:59 2016 -0500

    Fixes for dce warnings

fix hyperscan unit tests for autotools

Merge pull request #322 in SNORT/snort3 from perf_underflow to master

Squashed commit of the following:

commit 195da6822ddf943445246efd5144b5744454012c
Author: Carter Waxman <cwaxman@cisco.com>
Date:   Tue Mar 8 12:19:27 2016 -0500

    fixed ip session stats underflow

commit fb8df2a87f2c49221c03d04df08e7afa8591f83a
Author: Carter Waxman <cwaxman@cisco.com>
Date:   Tue Mar 8 09:47:24 2016 -0500

    fixed session counters in perfmon

Merge pull request #321 in SNORT/snort3 from host_unit_test1 to master

Squashed commit of the following:

commit 254f8d9f01b11a70de9ae7766ff88d2264415944
Author: Steve Chew <stechew@cisco.com>
Date:   Mon Mar 7 17:10:34 2016 -0500

    Fixed unit test to mock another form of show_stats.

build 191

Merge pull request #319 in SNORT/snort3 from sdf_port2 to master

Squashed commit of the following:

commit 22c552dd654c7a780dc1c58bbcc7b8834f3c0a10
Author: Victor Roemer <viroemer@cisco.com>
Date:   Mon Mar 7 13:24:47 2016 -0500

    Port sd_pattern rule option.

Merge pull request #318 in SNORT/snort3 from perf_pcstats2 to master

Squashed commit of the following:

commit 9a6a5d54d54e6b27f81c91e3e839038f85e8686c
Author: Carter Waxman <cwaxman@cisco.com>
Date:   Fri Mar 4 17:15:20 2016 -0500

    fixed reset of stats and shutown counts

commit c28aa55f4eb4f4d88c00f63d8f1af980d09d0de9
Author: Carter Waxman <cwaxman@cisco.com>
Date:   Thu Mar 3 11:02:00 2016 -0500

    permon uses all module stats instead of all plugin stats

Merge pull request #317 in SNORT/snort3 from dce to master

Squashed commit of the following:

commit 5b8fdf393c28a946352931e3c8a168aa085bda5a
Author: rrp <rrp@cisco.com>
Date:   Fri Mar 4 13:51:18 2016 -0500

    Fix breakage for non-debug build introduced by DCE check-in

commit 6b30e2a5302afcca4f220f84a8ee022f1d7e4b6c
Author: rrp <rrp@cisco.com>
Date:   Thu Mar 3 09:09:13 2016 -0500

    Changes based on code-review comments

commit 8814f03f78443986d3179fd6962b350ef57d1086
Author: rrp <rrp@cisco.com>
Date:   Mon Feb 22 11:06:51 2016 -0500

    DCE over TCP support for single(non-fragmented) PDU packet processing.
    Tested with pcap with 4 DCE packets - Bind, Bind Ack, Request and Response. Verified that all packets get decoded and processed properly. Verified  debugs, counters(stats) and profile stats

Revert "Merge pull request #308 in SNORT/snort3 from dce to master"

This reverts commit b9f7ff6ba2dcfc00ddee64e6160acf8522242666.

Merge pull request #308 in SNORT/snort3 from dce to master

Squashed commit of the following:

commit 6b30e2a5302afcca4f220f84a8ee022f1d7e4b6c
Author: rrp <rrp@cisco.com>
Date:   Thu Mar 3 09:09:13 2016 -0500

    Changes based on code-review comments

commit 8814f03f78443986d3179fd6962b350ef57d1086
Author: rrp <rrp@cisco.com>
Date:   Mon Feb 22 11:06:51 2016 -0500

    DCE over TCP support for single(non-fragmented) PDU packet processing.
    Tested with pcap with 4 DCE packets - Bind, Bind Ack, Request and Response. Verified that all packets get decoded and processed properly. Verified  debugs, counters(stats) and profile stats

build 190

revert patch due to broken build

Merge pull request #314 in SNORT/snort3 from crc/control to master

Squashed commit of the following:

commit 16fc6f2766a6ebad3327c2e056d260cb22664dd5
Author: snorty <snorty@localhost.localdomain>
Date:   Thu Mar 3 12:25:17 2016 -0500

    handle local and remote control channel closing correctly

Merge pull request #313 in SNORT/snort3 from stream_tcp_process_packet_final to master

Squashed commit of the following:

commit 56670a132fa38a45486828786381911d18fad61d
Author: davis mcpherson <davmcphe@cisco.com>
Date:   Thu Mar 3 14:45:50 2016 -0500

    code review updates

commit 00c77e94bf70f87a108be593bc9c0692e9071d94
Author: davis mcpherson <davmcphe@cisco.com>
Date:   Thu Mar 3 12:42:43 2016 -0500

    uncrustify, updates per code review comments

commit faaa5d821ad2eb68efaf72daab48c8de4689109a
Author: davis mcpherson <davmcphe@cisco.com>
Date:   Thu Mar 3 12:15:06 2016 -0500

    remove double @ from email address

commit f7582c9cfcbff1e6252fc2e1e763f3aabbcd2aff
Author: davis mcpherson <davmcphe@cisco.com>
Date:   Thu Mar 3 12:14:19 2016 -0500

    remove double @ from email address

commit febd1ae2cfc9b25833ccebc55a589e6daf7addf0
Author: davis mcpherson <davis.mcpherson@gmail.com>
Date:   Tue Feb 2 16:03:30 2016 -0500

    miscellaneous fixs from code review comments - see TP user story 14128
    implement ffs function to optimize checking for set tcp event bits when logging the events
    fix function names to conform to coding style
    fix state transitons for FIN_WAIT1 && flow pickup on SYN/ACK
    more refactoring on FIN & RST handling
    complete refactoring to move data seg and fin handling under tcp state machine

    fix bugs where handling of data packets and final flush not handled correctly

    move checks for window slam and repeated syns to tcp state machine

    fix start point for TCP state performance statistics

Merge pull request #302 in SNORT/snort3 from ~JOCORNET/snort3:memory to master

Squashed commit of the following:

commit 96b932a314ef5a906bcf6aa144853c36d1a4410f
Author: Joel Cornett <joel.cornett@gmail.com>
Date:   Mon Feb 29 15:21:08 2016 -0500

    prevent allocation reentry

commit 69026ddc973bc19e4ca0f22609f8de2bf0f872f3
Author: Joel Cornett <joel.cornett@gmail.com>
Date:   Mon Feb 29 10:38:15 2016 -0500

    added checks

commit f3a80f12654a4451ab5a061f3249745deb3b13c0
Author: Joel Cornett <joel.cornett@gmail.com>
Date:   Mon Feb 29 10:15:44 2016 -0500

    fixed memory tracking in main thread, added debug message for memcap calc

commit 95d233fc038cbb0a96832fb3137de13822141669
Author: Joel Cornett <joel.cornett@gmail.com>
Date:   Fri Feb 26 15:14:20 2016 -0500

    Added per-thread memcap calculation

Merge pull request #309 in SNORT/snort3 from host_tracker_stats3 to master

Squashed commit of the following:

commit abba8b36baa782641691a4fd1186611e5f3f21da
Author: Steve Chew <stechew@cisco.com>
Date:   Tue Mar 1 16:51:02 2016 -0500

    Made target_link_libraries more readable.

commit ca7389694b473b71b96849cb5927c55c35d54aaa
Author: Steve Chew <stechew@cisco.com>
Date:   Tue Mar 1 16:42:33 2016 -0500

    Fix finding of library for host_tracker test in ccmake.

commit 86a969c109a40ada599c6a591afe1a605e71b207
Author: Steve Chew <stechew@cisco.com>
Date:   Mon Feb 29 15:04:42 2016 -0500

    Updates baesd on reviews.

commit 81f126cbc8e5eb55be2a675a97e05a823a0d0d9d
Author: Steve Chew <stechew@cisco.com>
Date:   Fri Feb 26 13:40:30 2016 -0500

    Fixes based on reviews.

commit e8e49232e68581003fc9c5215e7a5c5971e4b1ab
Author: Steve Chew <stechew@cisco.com>
Date:   Fri Feb 19 13:31:29 2016 -0500

    Add statistics counters to host_tracker module.

Merge pull request #307 in SNORT/snort3 from nhttp38 to master

Squashed commit of the following:

commit 18c6399ec8cbeaf354b4a07515fe437adc730626
Author: Tom Peters <thopeter@cisco.com>
Date:   Tue Mar 1 17:21:19 2016 -0500

    code review comment

commit 6c41887b194bf5d53b125f81b32c324ecab4029e
Author: Tom Peters <thopeter@cisco.com>
Date:   Tue Mar 1 15:41:55 2016 -0500

    code review change

commit 03859f8b3a1d1be2fda77acdd78195f9b5e51f47
Author: Tom Peters <thopeter@cisco.com>
Date:   Mon Feb 15 11:36:52 2016 -0500

    NHI basic URI normalization with configuration options

Merge pull request #306 in SNORT/snort3 from ~MIALTIZE/snort3:for-russ-trivial to master

Squashed commit of the following:

commit 8acd62195b6e55a22930f53bced69c2ff33e13e3
Author: Michael Altizer <mialtize@cisco.com>
Date:   Tue Mar 1 12:20:08 2016 -0500

    Format string cleanup for Parser logging.

backout 279 since it breaks cmake builds

Merge pull request #279 in SNORT/snort3 from host_tracker_stats3 to master

Squashed commit of the following:

commit 86a969c109a40ada599c6a591afe1a605e71b207
Author: Steve Chew <stechew@cisco.com>
Date:   Mon Feb 29 15:04:42 2016 -0500

    Updates baesd on reviews.

commit 81f126cbc8e5eb55be2a675a97e05a823a0d0d9d
Author: Steve Chew <stechew@cisco.com>
Date:   Fri Feb 26 13:40:30 2016 -0500

    Fixes based on reviews.

commit e8e49232e68581003fc9c5215e7a5c5971e4b1ab
Author: Steve Chew <stechew@cisco.com>
Date:   Fri Feb 19 13:31:29 2016 -0500

    Add statistics counters to host_tracker module.

Merge pull request #305 in SNORT/snort3 from crc/reload to master

Squashed commit of the following:

commit 361540f80cafb2f8a80ea169aa35d2200bda7a10
Author: snorty <snorty@localhost.localdomain>
Date:   Mon Feb 29 15:15:23 2016 -0500

    fix conf reload by signal to use -c filename

Merge pull request #288 in SNORT/snort3 from ~JOCORNET/snort3:lua_logger_updates to master

Squashed commit of the following:

commit b1fd88ad59a3933f88c4fc35a7946da7785f6bab
Author: Joel Cornett <joel.cornett@gmail.com>
Date:   Fri Feb 26 16:16:02 2016 -0500

    added automake for snort_plugin

commit e749d639e0fc11829ae0a0e02cdee903279fe5fb
Author: Joel Cornett <joel.cornett@gmail.com>
Date:   Tue Feb 23 15:06:05 2016 -0500

    fixed copyright header

commit c5f5f09ee9b4c6848384c46f15d733e7be4e27fd
Author: Joel Cornett <joel.cornett@gmail.com>
Date:   Tue Feb 23 15:01:28 2016 -0500

    added SnortBuffer defs

commit b021bd99e38223b906619216b815e54169b5b45d
Author: Joel Cornett <joel.cornett@gmail.com>
Date:   Tue Feb 23 14:59:21 2016 -0500

    initial

Merge pull request #304 in SNORT/snort3 from crc/sanity to master

Squashed commit of the following:

commit 55b341dddd08d6604b92fa281aa6588d48866f5e
Author: Russ Combs <rucombs@cisco.com>
Date:   Mon Feb 29 07:26:27 2016 -0500

    work around pointer issues

fix codec_module link; update style guide

build 189

reverse e71421e748f660021b9af7bb6a25d4f3828dafd7 since it broke regressions

Merge pull request #301 in SNORT/snort3 from dce_global_snort2lua to master

Squashed commit of the following:

commit 8ca7588b59a4468e193f26631c8caec19a1c5bd7
Author: mdagon <mdagon@cisco.com>
Date:   Fri Feb 26 11:41:50 2016 -0500

    Code review : rename pps_dcerpc_common.h  -> pps_dcerpc_server.h

commit 3306b18e599948dcf7f7f18201189b5ea98b509c
Author: mdagon <mdagon@cisco.com>
Date:   Fri Feb 26 11:12:13 2016 -0500

    Code review comment : remove static inline

commit 9c66666447a4fe6fc7a31390b87d0012eeba1a82
Author: mdagon <mdagon@cisco.com>
Date:   Fri Feb 26 09:10:06 2016 -0500

    Snort2lua support for dcerpc2 global:

    Global is rolled into server config.2 cases are supported:
    1. Global config is read before server: the options will be inserted to the default tables (dce_tcp, dce_smb).
    Each time a server net is converted, it will read the global options from one of the default tables.
    2. Server config is read before global: when global is converted, the options will be added to all of the existing server tables (access to static binding id to go over all the tables).

    Incorporate feedback on snort2lua dcerpc2_server:
    1. Remove "" from  smb_invalid_shares.
    2. Handling "none" keyword in detect/autodetect.
    3. Default autodetect port (single value instead of range).

Merge pull request #297 in SNORT/snort3 from ~JOCORNET/snort3:latency_snort2lua to master

Squashed commit of the following:

commit aa9365a745f0523f3b1bf9f2f596e626c0941fbe
Author: Joel Cornett <joel.cornett@gmail.com>
Date:   Thu Feb 25 17:20:14 2016 -0500

    update snort2lua to convert ppm to latency

Merge pull request #299 in SNORT/snort3 from last_token_fix to master

Squashed commit of the following:

commit 7bc5bd34da63da80ecd66283a97dbadcea520ece
Author: Tom Peters <thopeter@cisco.com>
Date:   Thu Feb 25 17:42:50 2016 -0500

    out of range fix

Merge pull request #298 in SNORT/snort3 from ~JOCORNET/snort3:latency to master

Squashed commit of the following:

commit e4efed21cf86f460ae8cf00791fb8186e1fbb878
Author: Joel Cornett <joel.cornett@gmail.com>
Date:   Thu Feb 25 16:23:36 2016 -0500

    removed ppm from build

Merge pull request #296 in SNORT/snort3 from crc/msgs to master

Squashed commit of the following:

commit ce75acdc9e792d5e26eaf3b77eceb29e883c8c53
Author: Russ Combs <rucombs@cisco.com>
Date:   Thu Feb 25 14:01:10 2016 -0500

    fix debug vs debug_msgs

Merge pull request #295 in SNORT/snort3 from perf_pcstats to master

Squashed commit of the following:

commit a01086706ef7a680e7e097af09ea9f482a36271e
Author: Carter Waxman <cwaxman@cisco.com>
Date:   Thu Feb 25 12:25:38 2016 -0500

    fixed variable scoping in perf monitor module

commit 07a4f840e684454fe80d2699385e805a2206f831
Author: Carter Waxman <cwaxman@cisco.com>
Date:   Thu Feb 25 12:21:25 2016 -0500

    fixed missing modules from perf monitor.

Merge pull request #294 in SNORT/snort3 from crc/opts2 to master

Squashed commit of the following:

commit 2d9865247eacad28786a6efff3391d8a175eaba2
Author: Russ Combs <rucombs@cisco.com>
Date:   Wed Feb 24 16:47:34 2016 -0500

    use existing string mixer

commit dc5361d0af60635d95a011b1b3faf8a143ed58bc
Author: Russ Combs <rucombs@cisco.com>
Date:   Wed Feb 24 16:05:06 2016 -0500

    add missing ips option hash and == methods

Merge pull request #292 in SNORT/snort3 from ~JOCORNET/snort3:latency to master

Squashed commit of the following:

commit a9d0bbbc093880b0d990fa1f6a14e88a8d3df7d5
Author: Joel Cornett <joel.cornett@gmail.com>
Date:   Wed Feb 24 16:06:54 2016 -0500

    fixed rule latency logic

Merge pull request #281 in SNORT/snort3 from perf_conf to master

Squashed commit of the following:

commit 747b8d673185fb8e6a47aaf5fc2fad9c83709c02
Author: Carter Waxman <cwaxman@cisco.com>
Date:   Tue Feb 23 14:01:45 2016 -0500

    added type for vector indices. fixed scope of perf_module variables. fixed base header initialization

commit 9791858b1734dde03b70e620b72f30ebcabf00f6
Author: Carter Waxman <cwaxman@cisco.com>
Date:   Fri Feb 19 15:41:58 2016 -0500

    fixed missing stats

commit 2ad1e4a825b4e74a2ff71971809f1db5b9d4e4e4
Author: Carter Waxman <cwaxman@cisco.com>
Date:   Fri Feb 19 14:04:19 2016 -0500

    fixed issue where console output couldn't be disabled

commit 72c8530dc2df6cfc1a49cebc3ccb3ff29375d750
Author: Carter Waxman <cwaxman@cisco.com>
Date:   Fri Feb 19 12:40:43 2016 -0500

    added filtering logic to BaseTracker and Module stat output. removed unused code from BaseTracker. fixed handling of thread-global data in BaseTracker

commit a7483e063c0e7cd16401a21e7bafaa159338634a
Author: Carter Waxman <cwaxman@cisco.com>
Date:   Thu Feb 18 10:39:10 2016 -0500

    added lua config foo

Merge pull request #290 in SNORT/snort3 from ~JOCORNET/snort3:warnings_fix to master

Squashed commit of the following:

commit 500d61d4e061d2858f6b79cb356bc7ede254e37a
Author: Joel Cornett <joel.cornett@gmail.com>
Date:   Wed Feb 24 00:14:29 2016 -0500

    fix warnings in trough

Merge pull request #289 in SNORT/snort3 from ~MIALTIZE/snort3:for-russ-trivial to master

Squashed commit of the following:

commit 81aaf8eac05040a6d29477f23b126c5a43690073
Author: Michael Altizer <mialtize@cisco.com>
Date:   Tue Feb 23 21:52:01 2016 -0500

    Fix Linux+Clang build errors.

Merge pull request #270 in SNORT/snort3 from ~MIALTIZE/snort3:trough-rewrite to master

Squashed commit of the following:

commit 632317cded9855011dcd72a22f70ae734f8a7ff7
Author: Michael Altizer <mialtize@cisco.com>
Date:   Tue Feb 23 14:58:16 2016 -0500

    trough: Rewrite the Trough as a static object with STL classes

commit 29cf5ad810b7e7ce739a6314088fb932262a552b
Author: Michael Altizer <mialtize@cisco.com>
Date:   Tue Feb 23 14:57:40 2016 -0500

    helpers: Rework Directory traversal helper filtering

commit 451b76366413825b0ba852b54745827d5c19673b
Author: Michael Altizer <mialtize@cisco.com>
Date:   Fri Feb 19 17:45:14 2016 -0500

    snort2lua: Fix compiler error on uninitialized const vector

Merge pull request #274 in SNORT/snort3 from ~JOCORNET/snort3:latency to master

Squashed commit of the following:

commit f7b908a98e5abb31e98464d047015d543a445075
Author: Joel Cornett <joel.cornett@gmail.com>
Date:   Mon Feb 22 18:19:57 2016 -0500

    added rule latency logging

    fixed rule latency unittests
    update dev_notes

commit 51a331d2c25a74f1bec56028179ef0ccda947b7a
Author: Joel Cornett <joel.cornett@gmail.com>
Date:   Fri Feb 19 14:21:56 2016 -0500

    factored out rule tree logic

    updated rule latency unit tests & rule interface
    added latency_ prefix to member fields

commit 0aaeb3de46c6c19f0c4007b4260720a8649ad08b
Author: Joel Cornett <joel.cornett@gmail.com>
Date:   Thu Feb 18 13:45:18 2016 -0500

    replace ppm_dot_root_state_t with RuleLatencyState

    update Makefile.am to include rule_latency_state.h
    implemented suspend/reenable and fixed latency counts
    fixed includes in rule_latency.cc
    refactored timer stack
    fixed default ctor for OtnState

commit c4440677ce5d75b1fd6a7e8d03ce28c595fb65e1
Author: Joel Cornett <joel.cornett@gmail.com>
Date:   Tue Feb 16 19:28:34 2016 -0500

    added rule latency

    Updated stats and RuleLatency interface

    - updated latency peg counts
    - added rule latency rules to module
    - updated packet latency stats accounting
    - replaced PPM_RULE with RuleLatency contexts

    added rule latency config options
    cleaned up stats and config options, added to rule latency
    removed comments & LatencyTimer::marked

Merge pull request #278 in SNORT/snort3 from ~JOCORNET/snort3:bitop_cleanup to master

Squashed commit of the following:

commit 7663a94772e7c2526fcce66a571a9e6a274534d3
Author: Joel Cornett <joel.cornett@gmail.com>
Date:   Tue Feb 23 16:10:20 2016 -0500

    added unit tests and minor fixes

commit c5c904e5e2f3ec1e816973c52843f97d981cf320
Author: Joel Cornett <joel.cornett@gmail.com>
Date:   Mon Feb 22 20:10:39 2016 -0500

    removed unique_ptr

commit c6328af429eebe799a98bb82e9f634ea522f355c
Author: Joel Cornett <joel.cornett@gmail.com>
Date:   Fri Feb 19 13:36:00 2016 -0500

    fixes for gcc

commit be04c3063a1998594fffe2d801983f3dc98e9478
Author: Joel Cornett <joel.cornett@gmail.com>
Date:   Fri Feb 19 13:24:37 2016 -0500

    cleaned up bitop

commit 3ebc109f59ad19f6553af3efd7c4409c14b04b70
Author: Joel Cornett <joel.cornett@gmail.com>
Date:   Fri Feb 19 13:24:26 2016 -0500

    fixed includes

Merge pull request #286 in SNORT/snort3 from crc/188 to master

Squashed commit of the following:

commit 72b2a46bfb6860e8323d3a2846b0f72727154ec3
Author: Russ Combs <rucombs@cisco.com>
Date:   Tue Feb 23 09:40:17 2016 -0500

    unsanitary address fixes

commit e8ce6491f4567fd5094b1427eb587ae2d360396b
Author: Russ Combs <rucombs@cisco.com>
Date:   Mon Feb 22 16:48:31 2016 -0500

    build 188

Merge pull request #283 in SNORT/snort3 from crc/valgrind to master

Squashed commit of the following:

commit 66f22cac027f75b9e0fddd54e8d81fb02cdd4941
Author: snorty <snorty@localhost.localdomain>
Date:   Mon Feb 22 08:16:12 2016 -0500

    remove unused valgrind specific build

Merge pull request #285 in SNORT/snort3 from ips_rule_fix to master

Squashed commit of the following:

commit 78cc8962004f61026aecf030a43973c5bec30e3d
Author: Tom Peters <thopeter@cisco.com>
Date:   Mon Feb 22 16:24:37 2016 -0500

    implementation of == operator and hash function for NHI rule options

Merge pull request #284 in SNORT/snort3 from ~JOCORNET/snort3:memory_fix to master

Squashed commit of the following:

commit abfc3bbdc38172e282b029b20934759653c812eb
Author: Joel Cornett <joel.cornett@gmail.com>
Date:   Mon Feb 22 12:06:40 2016 -0500

    added delete/delete[] replacements for nothrow overload

Merge pull request #282 in SNORT/snort3 from detection_option_tree_compare_fix to master

Squashed commit of the following:

commit 1199316fa35ca54da8c3d363f05c032cc28e9fda
Author: Victor Roemer <viroemer@cisco.com>
Date:   Fri Feb 19 16:20:18 2016 -0500

    Compare ips options and not the pointers.

disable perf_monitor by default

Merge pull request #272 in SNORT/snort3 from ~JOCORNET/snort3:memory to master

Squashed commit of the following:

commit 0999a283f9c010876bd1e6afaa26a42c490c7e63
Author: Joel Cornett <joel.cornett@gmail.com>
Date:   Wed Feb 17 13:34:08 2016 -0500

    fixed free_space logic and added unit test

commit 54235845bc56d9d9bef8cae960c152f318154170
Author: Joel Cornett <joel.cornett@gmail.com>
Date:   Wed Feb 17 13:03:53 2016 -0500

    moved prune logic inside of flow control

commit 738753a4370df851e7d49556a30e3bd2c769eb88
Author: Joel Cornett <joel.cornett@gmail.com>
Date:   Wed Feb 17 11:38:32 2016 -0500

    minor fixes

commit 3eb8ffda062747f6aa2d173dcd8a166fc23562ef
Author: Joel Cornett <joel.cornett@gmail.com>
Date:   Mon Feb 15 18:07:20 2016 -0500

    added flow hooks, hooked up prune handler

Merge pull request #277 in SNORT/snort3 from crc/dnp3 to master

Squashed commit of the following:

commit 83de879c64f359425e458c97a04a633b650263c9
Author: snorty <snorty@localhost.localdomain>
Date:   Thu Feb 18 13:04:44 2016 -0500

    fix valgrind issue: conditional jump or move depends on uninitialised value

Merge pull request #276 in SNORT/snort3 from crc/svcmap to master

Squashed commit of the following:

commit 602998ad8b7c3694135015ca4b43628f289935b6
Author: Russ Combs <rucombs@cisco.com>
Date:   Thu Feb 18 11:40:06 2016 -0500

    fix bounds check

Merge pull request #275 in SNORT/snort3 from dceserver_snort2lua to master

Squashed commit of the following:

commit 72b6073cc25eef2f4c783b0021bd8ddef902f4f9
Author: mdagon <mdagon@cisco.com>
Date:   Wed Feb 17 13:11:43 2016 -0500

    Code review comments: FIXIT , dev_notes format

commit fcdb6f451f7cd24b75c5cd66176b037904ceb43e
Author: mdagon <mdagon@cisco.com>
Date:   Wed Feb 17 09:48:54 2016 -0500

    dcerpc2_server snort2lua

Merge pull request #268 in SNORT/snort3 from dce to master

Squashed commit of the following:

commit 69fbec7af0f882ff21c7e70efd25d6cf01170f12
Author: rrp <rrp@cisco.com>
Date:   Mon Feb 15 14:11:56 2016 -0500

    DCE - Add session creation/lookup and packet checks to TCP and SMB eval code.
    Tested with DCE over TCP and DCE over SMB traffic pcaps. Verified that the sessions get created/looked up correctly. Verified peg counters and profile stats for different processing sections

Merge pull request #273 in SNORT/snort3 from ~MIALTIZE/snort3:for-russ-trivial to master

Squashed commit of the following:

commit 6ac9a407eb22199659356d3c51d3cca058b4bf4d
Author: Michael Altizer <mialtize@cisco.com>
Date:   Tue Feb 16 18:41:56 2016 -0500

    util: Make non-GNU strerror_r() the default case

fix packet latency merge

Merge pull request #247 in SNORT/snort3 from ~JOCORNET/snort3:latency to master

Squashed commit of the following:

commit fcfb83e6029ca4a557940906d14bdcc5f349b735
Author: Joel Cornett <joel.cornett@gmail.com>
Date:   Thu Feb 11 18:11:04 2016 -0500

    Added eventing, stats, and logging to Packet Latency

commit 55289b8085a54130e2b863833cb39cc40064fc95
Author: Joel Cornett <joel.cornett@gmail.com>
Date:   Thu Feb 11 13:25:07 2016 -0500

    Packet Latency fixes per review comments

commit e6192dbece8a16c90d0a5a06d8c277fbbe994a06
Author: Joel Cornett <joel.cornett@gmail.com>
Date:   Mon Feb 8 17:03:56 2016 -0500

    Added walking skeleton of Packet Latency

Merge pull request #267 in SNORT/snort3 from perfmon to master

Squashed commit of the following:

commit f1eade234d514397a8d784232eb99d589a84585c
Author: Carter Waxman <cwaxman@cisco.com>
Date:   Tue Feb 16 14:06:43 2016 -0500

    fixed minimum time on perfmon to disallow 0 seconds

commit d3099e71110bf8e4571b45a09d1d9e555d731200
Author: Carter Waxman <cwaxman@cisco.com>
Date:   Mon Feb 15 15:56:42 2016 -0500

    fixed threadlocal init. fixed include. fixed ranged based for looping.

commit 1d7a5bcd8331399d48aa1ad44a57bcbc5d798add
Author: Carter Waxman <cwaxman@cisco.com>
Date:   Mon Feb 15 13:09:50 2016 -0500

    allow perfmon to dump when no traffic is present

Merge pull request #269 in SNORT/snort3 from ~MIALTIZE/snort3:for-russ-trivial to master

Squashed commit of the following:

commit f053903fcd82a870322d239e6302e05f95dc16cf
Merge: 65e36f6 281b79c
Author: Michael Altizer <xiche@verizon.net>
Date:   Tue Feb 16 14:12:47 2016 -0500

    Merge branch 'for-russ-trivial' of ssh://stash-eng-rtp1.cisco.com:7999/~mialtize/snort3 into for-russ-trivial

commit 65e36f6550f89be7c4a7827edcfbe3cceb8f4d3b
Author: Michael Altizer <xiche@verizon.net>
Date:   Tue Feb 16 14:09:19 2016 -0500

    Move remaining users of strerror to get_error().

commit 6c875603f854991a7e99677ed4c78415c3c2c238
Author: Michael Altizer <xiche@verizon.net>
Date:   Mon Feb 15 18:03:47 2016 -0500

    dce_rpc: Fix valgrind warnings in module destructors

commit 3b5ff1030e7c6e7e994a71373aa1988e7afe4df4
Author: Michael Altizer <xiche@verizon.net>
Date:   Mon Feb 15 18:02:04 2016 -0500

    util: Fix get_error return value on GNU LibC systems

commit 281b79c9fb2f1cbb981f003c2db4e6d002ef08b8
Author: Michael Altizer <xiche@verizon.net>
Date:   Mon Feb 15 18:03:47 2016 -0500

    dce_rpc: Fix valgrind warnings in module destructors

commit ed2ff7b9ab3b34d6a0e847222b77b8dccb6c1b88
Author: Michael Altizer <xiche@verizon.net>
Date:   Mon Feb 15 18:02:04 2016 -0500

    util: Fix get_error return value on GNU LibC systems

tweak format

fix lib ordering for one pass linking

tweak bug list

Merge pull request #260 in SNORT/snort3 from ~JOCORNET/snort3:do_detect_minor_cleanup to master

Squashed commit of the following:

commit da5def88bf925c67484d61df9ced54bed55fa9e5
Author: Joel Cornett <joel.cornett@gmail.com>
Date:   Thu Feb 11 11:24:32 2016 -0500

    cleanup

Merge pull request #266 in SNORT/snort3 from crc/libmem to master

Squashed commit of the following:

commit bf9e1fd15dd275bcb18ae3f7be991a5e3b1a6b29
Author: russ <rucombs@cisco.com>
Date:   Fri Feb 12 17:55:06 2016 -0500

    fix for gcc link order

Merge pull request #265 in SNORT/snort3 from ~JOCORNET/snort3:memory to master

Squashed commit of the following:

commit 2ffa5e26303c5e9f4089a231ca403a74148cc123
Author: Joel Cornett <joel.cornett@gmail.com>
Date:   Fri Feb 12 16:02:30 2016 -0500

    fix to avoid null reference to memory config

Merge pull request #261 in SNORT/snort3 from ~JOCORNET/snort3:memory to master

Squashed commit of the following:

commit 6320459606ba60df5683c9c4db0ba0cd8bb11b07
Author: Joel Cornett <joel.cornett@gmail.com>
Date:   Fri Feb 12 15:17:55 2016 -0500

    added missing headers to CMakeLists

commit cb443a556b55bf620223c758f18bbba0ed935015
Author: Joel Cornett <joel.cornett@gmail.com>
Date:   Fri Feb 12 15:14:57 2016 -0500

    added missing headers to makefile.am

commit 15722d7d9aa763808a8e5547c65274e6e7d3630a
Author: Joel Cornett <joel.cornett@gmail.com>
Date:   Thu Feb 11 16:51:22 2016 -0500

    added memcap configuration & enforcement

commit 0de5bd60ee828456696e6d0938a9ebd49b6f39e7
Author: Joel Cornett <joel.cornett@gmail.com>
Date:   Thu Feb 11 16:31:16 2016 -0500

    added memory module

Merge pull request #264 in SNORT/snort3 from perfmon to master

Squashed commit of the following:

commit 089dea051f4a8ad0d0af48a94821cc8f7429337a
Author: Carter Waxman <cwaxman@cisco.com>
Date:   Fri Feb 12 14:56:56 2016 -0500

    added more bool to perf

commit c3d8d1a00aef8b0bfaa5048e7fa66f3b63b03d04
Author: Carter Waxman <cwaxman@cisco.com>
Date:   Fri Feb 12 14:34:24 2016 -0500

    changed perf rotate flag to a boolean type

commit 9cb4c80a3f6d670adeb829c3acab73ba4098cea7
Author: Carter Waxman <cwaxman@cisco.com>
Date:   Fri Feb 12 13:40:11 2016 -0500

    fixed threading issue in perf file rotation