Fix luajit compilation failure introduced by the transaction update.
Fix coverity lock issues reported by transaction update as well.

Transaction engine redesigned.

Improved accuracy, improved performance.  Performance improvement
noticeable with http heavy traffic and ruleset.

A lot of other cosmetic changes carried out as well.  Wrappers introduced
for a lot of app layer functions.

Failing dce unittests disabled.  Will be reintroduced in the updated dce
engine.

Cross transaction matching taken care of.  FPs emanating from these
matches have now disappeared.  Double inspection of transactions taken
care of as well.

Track transaction progress separately for each direction in libhtp.

Currently libhtp tracks it using the same var.  This can lead to misleading
states, since a response can come in without a full request.

hsbd mpm and packet mpm share same mpm ctx id.

This is a bug emanating from we having a var reference for hsbd mpm,
but failing to initialize it, and we default to using the packet mpm.

coccinelle: update pkt not set test

This patch updates the test to add the support of initialization
of a Packet via the INITIALIZE macro.

Preserve PKT_ALLOC flag inside PACKET_RECYCLE().

The PKT_ALLOC flag was being cleared by PACKET_RECYCLE(), which could
then result in a packet being pushed back to the Packet ring buffer
incorrectly.

Move memset() out of PACKET_INITIALIZE()

The memset() inside PACKET_INITIALIZE() is redundant in some cases and
it is cleaner to do as part of the memory allocation. This simplifies
changes for integrating Tilera mPIPE support because the size of memory
cleared in that case is different from SIZE_OF_PACKET.

For the cases where Packets are directly allocated and then call
PACKET_INITIALIZE() without memset() first, this patch adds memset() calls.

A further change would use GetPacketFromAlloc() directly.

Move fallback to CLS detection to configure script.

Fix CLS detection on systems that have getconf, but don't support the LEVEL1_DCACHE_LINESIZE option.

Detect L1 cache line size at build time. Fall back to 64 bytes if detection failed.

NFQ: convert batchcount related yaml errors to warnings.

NFQ: fix configure check for finding out signed/unsigned args for nfq_get_payload

nfq: add errno display when verdict fail

In case of error, errno is set by sendmsg which is called by
nfnetlink and which is called by libnetfilter_queue. This patch
displays the string expression of errno if verdict has failed.

nfq: add support for batch verdicts

Normally, there is one verdict per packet, i.e., we receive a packet,
process it, and then tell the kernel what to do with that packet (eg.
DROP or ACCEPT).

recv(), packet id x
send verdict v, packet id x
recv(), packet id x+1
send verdict v, packet id x+1
[..]
recv(), packet id x+n
send verdict v, packet id x+n

An alternative is to process several packets from the queue, and then send
a batch-verdict.

recv(), packet id x
recv(), packet id x+1
[..]
recv(), packet id x+n
send batch verdict v, packet id x+n

A batch verdict affects all previous packets (packet_id <= x+n),
we thus only need to remember the last packet_id seen.

Caveats:
- can't modify payload
- verdict is applied to all packets
- nfmark (if set) will be set for all packets
- increases latency (packets remain queued by the kernel
  until batch verdict is sent).

To solve this, we only defer verdict for up to 20 packets and
send pending batch-verdict immediately if:
- no packets are currently queue
- current packet should be dropped
- current packet has different nfmark
- payload of packet was modified

This patch adds a configurable batch verdict support for workers runmode.
The batch verdicts are turned off by default.

Problem is that batch verdicts only work with kernels >= 3.1, i.e.
using newer libnetfilter_queue with an old kernel means non-working
suricata. So the functionnality has to be disabled by default.

nfq: avoid extra copy when running in workers mode

currently, the packet payload recv()d from the nfqueue netlink
socket is copied into a new packet buffer.

This is required because the recv-buffer space used is tied
to the current thread, but a packet may be handed off to other
threads, and the recv-buffer can be re-used while the packet
is handled by another thread.

However, in worker runmode, the packet will always be handled
by the current thread, and the recv-buffer will only be reused
after the entire packet processing stack is done with the packet.

Thus, in worker runmode, we can avoid the copy and assign
the packet data area directly.

alert-debuglog: cleanup TCP check

unified2: more udp fixes

profiling: enabled app layer profiling for UDP app layer modules

prelude: only call stream callback for TCP

unified2: only call stream callback for TCP

Suppress warnings when StreamSegmentForEach is called for UDP or SCTP, unless debug is compiled in.

UDP: inspection app layer state as soon as we have it.

Bug 780 unittests, showing no problem.

Bug 794: stream SACK list needs to respect memcap

stream: default 'random' setting when running unittests is disabled, so that test results are predictable.

streaming: randomize chunk size

By randomizing chunk size around the choosen value, it is possible
to escape some evasion technics that are using the fact they know
chunk size to split the attack at the correct place.
This patch activates randomization by default and set the random
interval to chunk size value +- 10%.

Update DetectContentDataParse to reflect the actual data types content uses.

Remove filemagic debug statement

Remove obsolete DetectParseContentString function, it has been replaced by DetectContentDataParse

file: make fileext, filename and filemagic use the same rule parsing function as others. This has as a side effect that we enforce doubly qouted values now.

flowvar: cleanup keyword argument parsing. Should also address Coverity 400655.

Coverity 1005134: fix minor memory leak on flowvar rule setup errors.

Coverity 1005133: fix unlikely case where malformed pcre statement in rule would lead to null-deref.

stream: handle extra different SYN/ACK

Until now, when processing the TCP 3 way handshake (3whs), retransmissions
of SYN/ACKs are silently accepted, unless they are different somehow. If
the SEQ or ACK values are different they are considered wrong and events
are set. The stream events rules will match on this.

In some cases, this is wrong. If the client missed the SYN/ACK, the server
may send a different one with a different SEQ. This commit deals with this.

As it is impossible to predict which one the client will accept, each is
added to a list. Then on receiving the final ACK from the 3whs, the list
is checked and the state is updated according to the queued SYN/ACK.

flowvar: clean up properly on signature clean up.

flowvar: add unittests for #802.

flowvar: fix deadlock with http buffers

Bug #802

Flowvars are set from pcre, and lock the flow when being set. However
when HTTP buffers were inspected, flow was already locked: deadlock.

This patch introduces a post-match list in the detection engine thread
ctx, where store candidates are kept. Then a post-match function is used
to finalize the storing if the rule matches.

Solves the deadlock and brings the handling of flowvars more in line
with flowbits and flowints.

flowvars: update funcs to accept u16 id

All id's are u16, but flowvar functions would only accept u8.

Minor cleanups.

profiling: add formatted totals, percents to packet stats

Minor SigValidate cleanup

Update the way we handle http_host keywords.

Previously we would have forced all users to use nocase with http_host
keywords(since the hostname buffer is lowercase).

We now error out on sigs that has nocase set with http_host set.  Also if
the http_host pattern or http_host pcre has an uppercase character set, we
invalidate such sigs.  Unittests also updated to reflect the above change.

Minor reshuffling of Signature struct.

Use define instead of magic number for pmq's per detect thread

detection engine: consolidate thread setup

DetectEngineThreadCtxInit and DetectEngineThreadCtxInitForLiveRuleSwap did
pretty much the same thing, except for a counters registration. As can be
predicted with code duplication like this, things got out of sync. To make
sure this doesn't happen again, I created a helper function that does the
heavy lifting in this function.

Fix PmqSetup calls in Liveswap thread init. Func was out of sync with normal thread init.

Update comment in yaml to indicate size limit for the following vars -
stream.reassembly.toserver-chunk-size and stream.reassembly.toclient-chunk-size

coccinelle: add tcp flag check

The different TCP related structures have all a flags field and its
value must match the type of structure. This patch adds a check
alerting on invalid value usage.

stream: intro function for SYN/ACK state update

As the TCP SSN state can be updated from several points in the state
machine on accepting a SYN/ACK, move the update logic into a separate
function.

stream: remove unused 'pause' feature

stream: zero ts is a per stream flag

Ssn flag STREAMTCP_FLAG_ZERO_TIMESTAMP was used in stream only. Due to
it's value it did not conflict with a real stream flag. Renamed it to
STREAMTCP_STREAM_FLAG_ZERO_TIMESTAMP.

stream: don't use ssn timestamp flag in stream

The STREAMTCP_FLAG_TIMESTAMP flag is a ssn flag, however it was used in
the stream flag field. As it has the same value as
STREAMTCP_STREAM_FLAG_DEPTH_REACHED it's possible that stream reassembly
got confused by the timestamp.

Change logic of SCErrorToString causing any missing entries to result in a compiler warning.

Handle the case of pcre combined with a relative content, where pcre has the
set to match from start of line and we discontinue matching on not finding
match.

unittest to display #784.

Don't try to sniff 'default' interface

Whan running suricata via 'suricata --af-packet', the list of interfaces
was containing the 'default' interface and sniffing it was attempted.
This was not wanted.

bpf filter: use SCLogError instead of fprintf

af-packet: warn about BPF filter consequence in IPS mode

This patch add a message to warn user about the impact of using a
BPF filter in IPS mode.

Exit if bpf is used in IPS mode

configure: use correct syntax for help string

configure: add --enable-unix-socket flag

This new flag allows the user to force unix socket build or to
disallow it completely. Default which is test is maintained.

jansson: change function test to be sure of version

Update version number of bundled htp to 0.2.12, so it matches the non-bundled version.

After some discussion we decided that var declarations inside a for statement are not in line with our coding style. So removing a bunch. Decision was not unanimous ^^.

Live rule swap logs added to report SigLoadSignatures() failure. Also set
thread_closed flag on exit for live swap thread.

Minor fixes against the last set of patches for #564, 565, 581 + fp automation.

Rename struct DetectFigureFPAndId_t_ to DetectFPAndItsId_ and move it's
definition from inside the function where it's used to the global namespace,
as requested on #suricata.

Rename DetectEngineContentModifiedBufferSetup to DetectEngineContentModifierBufferSetup.

Also rename DetectFigureFPAndId() to DetectSetFastPatternAndItsId().

Updated DetectSetFastPatternAndItsId() to not exit on failure and return error.

fix for #564.

Get rid of the hash table, and use a single-one_time_alloc'ed array for
pattern id assignment.

We now print content flags in engine fp analyzer.

We now assign ids to fp patterns only.  Rest of them don't need one.

Update content id assignment.

All fp id assignment now happens in one go.
Also noticing a slight perf increase, probably emanating from improved cache
perf.
Removed irrelevant unittests as well.

Figure out sig fp during validation stage, instead of staging stage.

Enable a conf option to enable/disable legacy keywords.

Currently, uricontent is declared a legacy keyword, and is enabled by default.

Fast pattern setup now configurable in our code.

You can either enable/disable fp for a particular type + set priority.

Detect sm_list rearranged for performance reasons.

Further customize content modifier buffer registration.

Allow modifier setups functions to have CustomCallbacks to enable their
internal conditions.

http_* setup unified.

uricontent simplified to use the existing content + http_uri infrastructure.

code cleanup for all content based keywords.

turn dce_stub_data into a sticky buffer.

Allow the use of relative without the presence of a related previous keyword.

tcp stream: don't move to LAST_ACK on toserver resent of FIN

Coverity 989710 and 989711: small recourse leaks in filemd5 parsing code.

fix for #770.

Invalidate sigs with negative depth.

fix for #771.

Fix /etc/protocols parsing.  Remove trailing newspace stored under some cases.

If an IP-only pass rule matches, set the no inspect flag for that flow. Bug #718.

fix for #769.

Packet inserted by live swap flagged as pseudo packet.

Fix valgrind error/warning in ip reputation parsing code

fix for #758.  Add redmine wiki link and desc for icmp-id keyword.

Try to use pkg-config to resolve libnspr and related dependencies.

Try to use pkg-config to resolve libnss and related dependencies.

Open 2.0 dev branch

nfq: add missing error string

Fix potential Null deref.

Fix potential iprep file parsing issue (2).

Fix potential iprep file parsing issue.

Fix test AddressTestParse36 on Big Endian systems

fix for #760.

If udpv4 csum isn't calculated, udpv4-csum detection shouldn't run on the
csum.

fix for #725.

Update trec_len, trec_pos to 32 bits from 16 bits.
Handle handshakes that are fragmented across records.

temporarily patched smb + dcerpc parsers for direction demaraction.

pcap-file: treat the case of unsupported pcap link

In unix socket mode, Suricata was stopping processing pcap files
when a pcap file with an unsupported datalink was treated. This
patch updates error handling to allow Suricata to treat other
pcap files.

af-packet: leave reading loop at each turn

The idea of this patch is to be sure to leave the ring reading loop
enough to be able to sync counters. This should fix #706.